Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 29,486 | 0 | C | A | 43.6% | 84.3 / 33.8 | 55 | intergenic (+291/‑165) | dapB/carA | dihydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase small subunit, glutamine amidotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/7); new base A (0/24); total (24/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.11e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAAT > NC_000913/29338‑29633 | tttGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCcaca < 1:14963/150‑1 (MQ=255) tgttgtTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACaaa < 2:462629/150‑1 (MQ=255) gttgttTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACaaaa < 2:676379/150‑1 (MQ=255) gttgttTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACAAaat > 1:686935/1‑151 (MQ=255) ttgttTTAATGTAAATTTTGACCTTTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCTTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGCTCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGCGCCCCAAaat < 2:806572/150‑1 (MQ=255) ttgttTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACAAaat < 2:549072/150‑1 (MQ=255) gttTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACAAaataat < 2:111681/151‑1 (MQ=255) aaTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCTTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCCCAAGCGTTTCCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGACCCACAAAATAATATaat < 2:187112/151‑2 (MQ=255) gttaaTTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACAAAATAATATaaaaa > 1:657746/4‑150 (MQ=255) tAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAt > 2:773162/1‑151 (MQ=255) ttttGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCg > 2:880846/1‑151 (MQ=255) gACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCAt > 1:40347/1‑151 (MQ=255) aCCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCAtt > 2:15010/1‑151 (MQ=255) tGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTg > 2:631693/1‑151 (MQ=255) gTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGAc > 1:439322/1‑151 (MQ=255) gTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGAc > 1:816724/1‑151 (MQ=255) tttttttCTGCTCTTTTTTATTCATTGCATTCTTCTTGTTGCACAAGCTTTTTCA‑AAAA‑CAGGTT‑AGATGATTTTTTTGCCTTTTAATGCCTGAAAAACA‑TCCATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACtttt < 1:58940/149‑1 (MQ=255) gCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCat > 2:146073/1‑150 (MQ=255) 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aTCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGttt > 1:472859/1‑151 (MQ=255) ttcttGTTGCACAGGCTTTTCCA‑AGAA‑CGGTTT‑AAATTATTTTTTTGCCTCTAAATACTTTAAAAACA‑TGAAGGGCCCAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGtt < 1:522495/147‑1 (MQ=255) ttcttGCTGCGCAAGCTTTTTCA‑AGAA‑TAGTTA‑AGTTTATTTTTTTGTCGTTAAATGCCTGAAAAACA‑TGCAGGAGCCAAAAAAAAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgccg < 1:501493/142‑1 (MQ=255) tcttGCTGCGAAAGC‑TTTTCC‑AAAA‑ACGGTTAAAATTTTTTTTTTTTCTTTTAATGCTTAAAAAACA‑TGAATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTg < 2:819956/148‑1 (MQ=255) ttcctgcGCAAGCTTTTCCC‑AAAA‑CAGGTT‑AGATGATTTTTTTGTCGTTTAATCCTTGAAAAACA‑TGCATGAGCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGc < 1:809194/144‑1 (MQ=255) ctgcACAAGCTTTTCCC‑AGAA‑CGGTTA‑AGATGATTTTTTTGTCGTTAAATGCCTGAAAAACA‑TCCATGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCa < 1:843467/146‑1 (MQ=255) tgcGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAAtt > 1:449547/1‑151 (MQ=255) gcgcAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATtc > 1:494663/1‑151 (MQ=255) cgaaaGCTTTTTCA‑AAAA‑CAGGTT‑AGATGATTTTTTTTTCGTTTAATGCTTAAAAAACA‑TGCATGAGCCAAAAAATAAAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAAt < 2:381053/145‑1 (MQ=255) aggctttttCA‑AAAA‑CAGGTT‑AGATTTTTTTTTTGTCTTTTAATCCTTAAAAAACA‑TGAATGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATtcgtc < 2:570214/145‑1 (MQ=255) ttttCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTa > 1:859010/1‑149 (MQ=255) tttCCAAGAA‑CAGGTA‑AGATGATTTTTTTGTCGCTTAATGCCTGAAAAACA‑TGCAGGAGCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTaa < 1:461663/150‑1 (MQ=255) tttCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAg > 1:193240/1‑150 (MQ=255) tcccaaaaagggTT‑AGATGATTTTTTTGTCGCTTAATGCTTAAAAAAAA‑TGAAGGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGc < 1:278690/140‑1 (MQ=255) aGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGAtt > 2:480255/1‑151 (MQ=255) 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cTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtc > 2:566640/1‑150 (MQ=255) ttttttTCCTTTAATCCCTTAAAAACT‑TGCATGCCCAAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGt < 2:33467/148‑1 (MQ=255) ttttttCGCTTAATCCCTATAAAACA‑TGCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtc < 1:189468/148‑1 (MQ=255) gTCGTTTAAGGCCTGTAAAACA‑TGCAGGAGCAAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCAtt < 2:137151/150‑1 (MQ=255) gTCACTTAATGCCTGAAAAACT‑TGCATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTcatcat < 1:551707/149‑1 (MQ=255) 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atgACCCAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATaaa < 1:752781/146‑1 (MQ=255) aGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagtgagtg > 2:227492/1‑150 (MQ=255) ccACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAat > 1:594779/1‑151 (MQ=255) | TTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACA‑TGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAAT > NC_000913/29338‑29633 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |