| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,594,256 | (C)8→9 | pseudogene (3732/3861 nt) | yneO ← | pseudogene, AidA homolog |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,594,248 | 1 | . | C | 96.7% | 103.8 / ‑3.9 | 30 | pseudogene (3740/3861 nt) | yneO | pseudogene, AidA homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (13/16); total (13/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑CC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTGGAGATGGTGAGC > NC_000913/1594106‑1594391 | gTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑cc‑cccccc > 1:629275/1‑151 (MQ=255) tAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑cc‑cccccccacg > 2:844384/1‑147 (MQ=255) gACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CC‑CCCCCCACGatat < 2:430687/151‑1 (MQ=255) cacGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CC‑CCCCCCACGATATcc < 2:177724/151‑1 (MQ=255) cGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CC‑CCCCCCACGATATcc > 1:780964/1‑149 (MQ=255) gCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTAcc > 2:554440/1‑151 (MQ=255) ccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGAt < 2:593738/151‑1 (MQ=255) ccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATAc < 2:803808/151‑1 (MQ=255) aGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATAcgc < 2:265286/151‑1 (MQ=255) cATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATAcgccgc > 1:698910/1‑151 (MQ=255) aTAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCcgcg > 2:210171/1‑151 (MQ=255) cATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgtt < 1:646179/151‑1 (MQ=255) tCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttgtt > 2:780055/1‑150 (MQ=255) aCCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTa > 2:579954/1‑150 (MQ=255) cTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAag > 1:229325/1‑149 (MQ=255) gtggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAgg < 1:17344/151‑1 (MQ=255) gaaataccacCTCTGTGATGGATATTAATGTGTTTACTTGTCATCTTTATTGCAGAGTTGGAATCGAAAGCAATGT‑‑CCTCCCCCCACGATATCCGTCGTACCTTGATCCGCCTCGGCACCGTTGTTAAGAGTCTTGATCCTGGTaatcatc < 1:758348/144‑7 (MQ=255) gACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTAccc > 2:442817/1‑149 (MQ=255) 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aTGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct > 1:618287/1‑151 (MQ=255) aaTGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGAt < 1:608761/151‑1 (MQ=255) aaTGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGc < 2:428755/150‑1 (MQ=255) aaTGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCt > 1:719328/1‑151 (MQ=255) ggCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACg < 2:249859/151‑1 (MQ=255) gCAGAGTCGGAACCGAAAGCCATTTC‑CC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTAc < 1:184722/149‑1 (MQ=255) gTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGt < 1:844326/151‑1 (MQ=255) cGGAACCGAAAGCAATTTC‑CC‑CCCCCCCCGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTgg > 1:307323/1‑151 (MQ=255) aaTTTC‑CC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTGGAGATGGTGAGc > 1:340892/1‑149 (MQ=255) | GTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑CC‑CCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTGGAGATGGTGAGC > NC_000913/1594106‑1594391 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |