| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,604,237 | 0 | C | T | 47.1% | 41.3 / 24.0 | 51 | S64L (TCG→TTG) | lsrD | autoinducer 2 import system permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/21); new base T (24/0); total (30/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCA‑TTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTA > NC_000913/1604091‑1604386 | cGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGttt < 1:641790/151‑1 (MQ=255) tGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGGTATTTTGttttggt > 2:319584/1‑145 (MQ=255) gagaTTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTTGttt > 2:541197/1‑144 (MQ=255) gaTTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGAcc < 2:849646/151‑1 (MQ=255) cGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTTGACCATCgg > 2:655406/1‑150 (MQ=255) gCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTTGTTTTGTTCGACCATCGGcc > 2:392345/1‑151 (MQ=255) aTTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGGTATTTTGTTTGGTTCGGCCCTCGGCct > 1:514085/1‑150 (MQ=255) aTTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCctc < 2:341205/151‑1 (MQ=255) gCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCca < 1:543125/151‑1 (MQ=255) aTTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTTGTTTGGTTTGGCCAACGGCCTCTGCGCcatt > 1:791910/1‑150 (MQ=255) tAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGTTTTGTTTGAACATCGGCCTCTTCGCcatt > 2:173955/1‑148 (MQ=255) aaCCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGGTATTTTGTTTGGTTCGACCAACGGCCTCTGCGCcctttca‑t > 1:813679/1‑151 (MQ=255) aCCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCcattgca‑tt < 2:433355/151‑1 (MQ=255) 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cattggcattgTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGCACGGTGTTTCGTTTTGTTCGACCATCAGCCCCCCCGCCATTTCA‑TTGGGGGTACTGTTTTCAAGTGGGGGGCCCATGCCGCTGGCGGTACCCCTGagc > 2:82935/1‑146 (MQ=255) attggcattgTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGAGAGAACTTTTCTTTTGTTCGGCCCACCGCCCCTGCGCCCTTGGC‑TTTGGCGCTCTGTTTTTAAAGGGGGTGCCCGAGCCGCCGGCgg > 1:12397/1‑135 (MQ=255) tCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCTTTTGGTTTGGCCATCGGCCTCTGGGCCCTTTCA‑TTTGGCGTACTGTTTTTAAGGGGGGGGCCGAAGCCGCTGGCGGTACTCCTGGCCTTActcctccg > 1:31091/1‑146 (MQ=255) cGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCA‑TTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCa < 1:630138/151‑1 (MQ=255) tACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCCGCGCCACTTCC‑TTTGGCGTTCTGTTTTAAAGGGGGGTGGCGGTGCCGCCGGCGGAACTCCTGACCTTAATtctccg > 1:811678/1‑140 (MQ=255) 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CGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCA‑TTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTA > NC_000913/1604091‑1604386 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |