| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,604,698 | A→G | T218A (ACG→GCG) | lsrD → | autoinducer 2 import system permease protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,604,698 | 0 | A | G | 98.2% | 181.5 / ‑4.2 | 55 | T218A (ACG→GCG) | lsrD | autoinducer 2 import system permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (26/28); total (27/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.59e-01 | |||||||||||
ATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTTCTGGCTCTGGCTGCATAAAACCCATGCCGGACGTAATGTGTTTTTGATTGGGCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCA > NC_000913/1604551‑1604842 | aTCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTTCTGGCTCTGGCTGCATAAAACCCATGCCGGACGTAATGTGTTTTTGATTGGGCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGGCg < 1:147946/150‑1 (MQ=255) tCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTTCTGGCTCTGGCTGCATAAAACCCATGCCGGACGTAATGTGTTTTTGATTGGGCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGGCg < 2:828563/149‑1 (MQ=255) tCCTGATATGTCTCCTCGTTTTCTGGCTCTGGCTGCATAAAACCCATGCCGGACGTAATGTGTTTTTGATTGGGCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGGCGGGGc < 2:642002/150‑1 (MQ=255) 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ccATGGCGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGGTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTggttccggttcc > 2:11242/1‑149 (MQ=255) | ATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTTCTGGCTCTGGCTGCATAAAACCCATGCCGGACGTAATGTGTTTTTGATTGGGCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCA > NC_000913/1604551‑1604842 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |