| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,813,385 | A→G | N257S (AAC→AGC) | emrB → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,813,385 | 0 | A | G | 97.1% | 101.0 / ‑3.6 | 34 | N257S (AAC→AGC) | emrB | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (17/16); total (18/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.16e-01 | |||||||||||
TGGTTATTGGTATCGGCAGCCTGCAGATTATGCTCGACCGCGGTAAAGAGCTGGACTGGTTTTCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAACCCGATAGTCGATCTGTCGTTGTTTAAGTCGCGCAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTATTGTTCTGCTGCCGCAGTTGTTGCAGGAGGTCTACGGTTACACG > NC_000913/2813241‑2813521 | tgGTTATTGGTATCGGCAGCCTGCAGATTATGCTCGACCGCGGTAAAGAGCTGGACTGGTTTTCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAAccc > 2:735020/1‑148 (MQ=255) ggTTATTGGTATCGGCAGCCTGCAGATTATGCTCGACCGCGGTAAAGAGCTGGACTGGTTTTCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGAt > 2:693238/1‑150 (MQ=255) ggTTATTGGTATCGGCAGCCTGCAGATTATGCTCGACCGCGGTAAAGAGCTGGACTGGTTTTCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATa < 2:407524/151‑1 (MQ=255) ttATTGGTATCGGCAGCCTGCAGATTATGCTCGACCGCGGTAAAGAGCTGGACTGGTTTTCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATa > 2:482004/1‑149 (MQ=255) ttATTGGTATCGGCAGCCTGCAGATTATGCTCGACCGCGGTAAAGAGCTGGACTGGTTTTCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGt > 2:120691/1‑151 (MQ=255) tGGTATCGGCAGCCTGCAGATTATGCTCGACCGCGGTAAAGAGCTGGACTGGTTTTCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGa < 1:473842/150‑1 (MQ=255) ggTATCGGCAGCCTGCAGATTATGCTCGACCGCGGTAAAGAGCTGGACTGGTTTTCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGAt < 2:807069/150‑1 (MQ=255) gTATCGGCAGCCTGCAGATTATGCTCGACCGCGGTAAAGAGCTGGACTGGTTTTCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCt < 2:92872/151‑1 (MQ=255) gTATCGGCAGCCTGCAGATTATGCTCGACCGCGGTAAAGAGCTGGACTGGTTTTCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCt > 2:837641/1‑151 (MQ=255) cGGCAGCCTGCAGATTATGCTCGACCGCGGTAAAGAGCTGGACTGGTTTTCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCTGTCg < 1:538806/151‑1 (MQ=255) cGGCAGCCTGCAGATTATGCTCGACCGCGGTAAAGAGCTGGACTGGTTTTCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCTGTCg > 2:266094/1‑151 (MQ=255) aGATTATGCTCGACCGCGGTAAAGAGCTGGACTGGTTTTCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCTGTCGTTGTTTAAGTc < 2:559079/151‑1 (MQ=255) tATGCTCGACCGCGGTAAAGAGCTGGACTGGTTTTCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCTGTCGTTGTTTAAGTcgcg < 1:617861/150‑1 (MQ=255) tCGACCGCGGTAAAGAGCTGGACTGGTTTTCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCTGTCGTTGTTTAAGTCGCGCAACtt > 2:495108/1‑151 (MQ=255) cGACCGCGGTAAAGAGCTGGACTGGTTTTCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCTGTCGTTGTTTAAGTCGCGCAACTTc < 1:745908/151‑1 (MQ=255) cgGTAAAGAGCTGGACTGGTTTTCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCTGTCGTTGTTTAAGTCGCGCAACTTCACCATc < 2:265126/151‑1 (MQ=255) ggTAAAGAGCTGGACTGGTTTTCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCTGTCGTTGTTTAAGTCGAGCAACTTCACCATCg > 2:121149/1‑151 (MQ=255) aaaGAGCTGGACTGGTTTTCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCTGTCGTTGTTTAAGTCGCGCAACTTCACCATCGgc > 2:370621/1‑150 (MQ=255) ggACTGGTTTTCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCTGTCGTTGTTTAAGTCGCGCAACTTCACCATCGGCTGCTtgt < 1:638456/149‑1 (MQ=255) 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ttCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCCATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCTGTCGTTGTTTAAGTCGCGCAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTc > 2:236121/1‑151 (MQ=255) catcaCAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCTGTCGTTGTTTAAGTCGCGCAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTcgc > 2:239736/1‑151 (MQ=255) catcaCAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCTGTCGTTGTTTAAGTCGCGCAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTcg < 2:125019/150‑1 (MQ=255) caGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCTGTCGTTGTTTAAGTCGCGCAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGtat > 1:377359/1‑150 (MQ=255) tcatcCTTACCGTGGTGGCGGGGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCTGTCGTTGTTTAAGTCGCGCAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACtt > 1:450086/1‑151 (MQ=255) cGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCTGTCGTTGTTTAAGTCGCGCAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt < 2:110513/151‑1 (MQ=255) gtggtgGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCTGTCGTTGTTTAAGTCGCGCAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt > 2:620292/1‑150 (MQ=255) ggtggtGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCTGTCGTTGTTTAAGTCGCGCAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTATTGTTctgctg > 2:569633/1‑151 (MQ=255) gAGCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCTGTCGTTGTTTAAGTCGCGCAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTATTGTTCTGCTGCCGCAGTTGTTGCAGGAGGTCTACGGTTac > 1:468301/1‑150 (MQ=255) gCTGACCGACGATAGCCCGATAGTCGATCTGTCGTTGTTTAAGTCGCGCAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTATTGTTCTGCTGCCGCAGTTGTTGCAGGAGGTCTACGGTTACACg < 2:231516/151‑1 (MQ=255) | TGGTTATTGGTATCGGCAGCCTGCAGATTATGCTCGACCGCGGTAAAGAGCTGGACTGGTTTTCATCACAGGAAATTATCATCCTTACCGTGGTGGCGGTGGTGGCTATCTGCTTCCTGATTGTCTGGGAGCTGACCGACGATAACCCGATAGTCGATCTGTCGTTGTTTAAGTCGCGCAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTATTGTTCTGCTGCCGCAGTTGTTGCAGGAGGTCTACGGTTACACG > NC_000913/2813241‑2813521 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |