| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,369,520 | T→C | V43A (GTT→GCT) | pspD → | peripheral inner membrane phage‑shock protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,369,520 | 0 | T | C | 95.1% | 138.2 / ‑6.3 | 41 | V43A (GTT→GCT) | pspD | peripheral inner membrane phage‑shock protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (9/30); minor base A (2/0); total (11/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
ATGAATACTCGCTGGCAACAGGCCGGGCAAAAGGTAAAGCCTGGTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGCGGGCTGGGCGATAAAATCAG‑TTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGCGTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGTATAATGGATGGCAATTT > NC_000913/1369393‑1369666 | aTGAATAATCGCTGGCAACAGGCCGGGCAAAAGGTAAAGCCTGGTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGCGGGGTAGGGGATTAAAACAG‑ACGATCGcccccc > 1:253672/1‑136 (MQ=255) gCTGGCAACAGGCCGGGCAAAAGGTAAAGCCTGGTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGCGGGGCGGGGGGTAAAAACAA‑CTGCTCGCCGACCCCCGAAAAtttt > 2:661002/1‑142 (MQ=255) ggCAACAGGCCGGGCAAAAGGTAAAGCCTGGTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGCGGGCTGGGCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCtgtg < 2:160152/149‑1 (MQ=255) ccGGGCAAAAGGTAAAGCCTGGTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGCGGGCTGGGCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAAcc < 1:473939/151‑1 (MQ=255) gggCAAAAGGTAAAGCCTGGTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGCGGGCTGGGCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGc < 1:202148/151‑1 (MQ=255) gggCAAAAGGTAAAGCCTGGTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGCGGGCTGGGCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGc < 2:336181/151‑1 (MQ=255) aaaaGGTAAAGCCTGGTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGCGGCGGGCTTGGTGCTTAAATTAC‑CTGCTCCCCGCCCCCGGAAAATTTTGCCGGCTGGGGC‑GCT‑GGaaactccgtt > 2:63697/1‑143 (MQ=255) gTAAAGCCTGGTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGCGGGCTGGGCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTc < 2:404152/151‑1 (MQ=255) gCCTGGTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGCGGGCTGGGCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGgct < 1:506760/151‑1 (MQ=255) ggTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGCGGGCTGGGCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGgctgct < 1:553833/150‑1 (MQ=255) cAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGCGGGGTGGGGGGTAAAAATAA‑CCGCTTGCCCACCCCTGGAAAAATTGGTGGGTGGGGCGGCT‑GG‑ACCCCCGTTTAATCGGGGTGGtaataa > 2:42915/1‑150 (MQ=255) cAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGCGGGCTGGGCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCtaataa < 2:14478/150‑1 (MQ=255) aGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGCGGGCTGGGCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACC‑CTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGc < 1:111047/151‑1 (MQ=255) ggCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGCGGGCTGGGCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGc < 1:209132/151‑1 (MQ=255) cAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGCGGGGTGGGCGTTTAAATTAG‑ATTCCAGCCGACCACTGAAAAAATTTCTTGCTTTGGG‑GGC‑GGAACCCCTGTTTAGTCGGGCCGCTaaaaaaactgaac > 2:781273/1‑139 (MQ=255) aaGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGCGGGCTGGGCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGCGtt < 1:411905/151‑1 (MQ=255) gCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGCGGGCTGGGCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGCGTtat < 2:309644/151‑1 (MQ=255) ttcttACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGGGTGGCGGGGTTGGGGGTAAAAAAAGACGGCTCCCCGCCCCCGGAAAAGGTTGTGGGGGGGGGG‑GCG‑GGAACCGCGGTTAATCGGGGCGGCT‑ATAAAATGGGCCCGCGGTTTaaaaaggg > 1:354704/1‑147 (MQ=255) gCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGCGGGCTGGGCGGTAAAAACAG‑CTGCTCGCCCACCGCCGGAAAAGGTGGTGGGGGTGGC‑GCT‑GGGACCGCTGTTTAATCTGGGTGCTAATAAAACGGCACAGCGGTATAAAAAgggggggg > 1:240895/1‑148 (MQ=255) 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cccGGCGGGTGTGGCGGGCTGGGCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGCGTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGt < 1:619278/151‑1 (MQ=255) gtgGCGGGCTGGGCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGCGTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCa < 1:229538/150‑1 (MQ=255) gtgGCGGGCTGGGCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGCGTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAg < 2:410819/151‑1 (MQ=255) gCGGGCTGGGCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGCGTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCg < 2:776202/151‑1 (MQ=255) cGGGCTGGGCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGCGTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGt < 1:781217/151‑1 (MQ=255) cGGGCTGGGCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGCGTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGt < 2:730730/151‑1 (MQ=255) ggCTGGGCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGCGTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGtat > 1:150633/1‑151 (MQ=255) ggCTGGGCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGCGTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGtat < 2:95560/151‑1 (MQ=255) tGGGCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGCGTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGTATAat > 2:426239/1‑151 (MQ=255) gggCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGGTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGGCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGCGTTATAAAAGATGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGTATaa < 1:15427/149‑1 (MQ=255) gggCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGCGTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGTATaa < 1:190201/149‑1 (MQ=255) gggCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGCGTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGTATAatg < 2:210369/151‑1 (MQ=255) gggCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGCGTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGTATAat < 1:14392/150‑1 (MQ=255) gCGATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGCGTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGTATAatgg > 1:390802/1‑150 (MQ=255) gATAAAATCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGCGTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGTATAatggatg < 2:240914/151‑1 (MQ=255) aTCAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGCGTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGTATAATGGATGGCAAtt < 1:187829/151‑1 (MQ=255) cAG‑CTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGCGTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGTATAATGGATGGCAAttt < 1:597388/150‑1 (MQ=255) | ATGAATACTCGCTGGCAACAGGCCGGGCAAAAGGTAAAGCCTGGTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGCGGGCTGGGCGATAAAATCAG‑TTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGC‑GCT‑GGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGCGTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGTATAATGGATGGCAATTT > NC_000913/1369393‑1369666 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |