Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	802,118	0	A	C	48.7%	44.8 / 12.6	39	T78P (ACC→CCC)	ybhI	putative DASS family tricarboxylate or dicarboxylate transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (16/4);  new base C (0/19);  total (16/23)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-07
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

AAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAA‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACG  >  NC_000913/801970‑802258                                                                                                                                                       |                                                                                                                                             aaGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAA‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAacc                                                                                                                                            <  1:279946/151‑1 (MQ=255)    cGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAA‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAaccacc                                                                                                                                         >  2:468303/1‑151 (MQ=255)       aCTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAA‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccgcc                                                                                                                                      <  1:586857/151‑1 (MQ=255)             gTGGGTGTTTTTTGGTATTTCCCTGGCGGCTATTGTGGGGCTGTTTATCAAGCCTTTCCCGGAA‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGTTAACTTACCCGACGTTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTa                                                                                                                                <  1:744216/151‑1 (MQ=255)                     tttttGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGTTGGTTATCAAGCTTTTCCCGGAA‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGGGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGtt                                                                                                                         <  2:173051/150‑1 (MQ=255)                       tttGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAA‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTAct                                                                                                                      >  2:220521/1‑151 (MQ=255)                       tttGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAA‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTAct                                                                                                                      >  1:541935/1‑151 (MQ=255)                              tttccggggcgccCTTTGTGGGTTGGTTTAAAAAGCTTTCCCGGGAA‑CT‑TTTCGTTCGTTTAATTCCGTTTGCTCCCTAAAGGGTGGTGGTCGGAACTTTACCCGAGGTGGCGTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTc                                                                                                                  <  1:581634/141‑1 (MQ=255)                              tttCCCGGGCGGCCATTGGGGGGCTGTTTATCAACCCTTCCCCGGAC‑CC‑TGTCGTACTTTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAATTTATCCGACGGTGCGTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAg                                                                                                                <  1:586306/150‑1 (MQ=255)                               ttACCGGGCGGCCTTTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAA‑CC‑TGTCGTATTGTTAATTGCCTTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTACCCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAgg                                                                                                               <  2:722047/150‑1 (MQ=255)                                  ccgggcggcCTTTGTGGGGTTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAC‑CC‑TGTCGTCCTGTTATTTGCCGTTGCTCCCTCAATGGTGGGGGTCGGTACCTTATCCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTac                                                                                                            <  2:655748/147‑1 (MQ=255)                                  ccgggcggcCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAC‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTac                                                                                                            <  2:439173/147‑1 (MQ=255)                                  ccTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTCCCCGGAC‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTACCCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGt                                                                                                              <  2:229369/148‑1 (MQ=255)                                     ggcggcCTTTGTGGGGCTGGTTATCAAGCTTTTCCCGGAC‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTGGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTacca                                                                                                          <  2:733703/149‑1 (MQ=255)                                                   ggttgtttATAAAG‑CTTTCCCGGAATCC‑TTTCTTATTTTTAATTGCCGTTTCTGCCTAAATGGTGGGGGTGGTTAATTTACCCGACGGTGTGTTAAAACCCGCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTtctc                                                                                          <  1:589726/145‑1 (MQ=255)                                                      tGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAA‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGc                                                                                       >  2:181893/1‑151 (MQ=255)                                                        gTTATCAAGCCTTTCCCGGAA‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTActc                                                                                                                     >  2:313156/1‑119 (MQ=255)                                                         ttATCAAGCCTTCCCCGGAC‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTAAAGGGTGGTGGTCGGTAATTTATCCGACGGTGCGTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTActc                                                                                                                     <  1:313123/118‑1 (MQ=255)                                                               atccTTTCCCGGAC‑CC‑TGTCTTTCTGTTAATTCCCGTTGCTCCCCCAAGGTTGGTGGTGGTTAATTTATCCGACGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCtt                                                                              <  1:100502/149‑1 (MQ=255)                                                                     tCCCGGAA‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAgcgc                                                                        >  1:609225/1‑151 (MQ=255)                                                                       ccGGAA‑CCTTGTCGTACTTTTATTTGCTGTTGCGCCCCCAATGTTGTTGGCGGGTACTTTACCCGACGGTGCGTTAAAACCCGCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGcgcc                                                                       <  2:638458/151‑1 (MQ=255)                                                                              cc‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCAttt                                                                 >  1:647360/1‑150 (MQ=255)                                                                                 tGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTtgtg                                                              >  1:143431/1‑151 (MQ=255)                                                                                       aCTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccacc                                                        >  2:277768/1‑151 (MQ=255)                                                                                               ttGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAgg                                                >  1:376363/1‑151 (MQ=255)                                                                                                  ccGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGTTAATTTATCCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGt                                               <  2:432534/149‑1 (MQ=255)                                                                                                        ctgcCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTAt                                       >  1:9250/1‑151 (MQ=255)                                                                                                         tgcCTCATTGGGGGTGTTCGTTAACTTACCCGCCGGTGCTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGt                                         <  2:221796/148‑1 (MQ=255)                                                                                                          gcCTAAATGGTGGTGGTGGTTAATTTATCCGACGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTa                                        <  2:445647/148‑1 (MQ=255)                                                                                                           ccTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTg                                     <  2:374347/150‑1 (MQ=255)                                                                                                               aaTGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTAt                                >  2:494687/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                    tggtggtCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATctgc                            >  2:317722/1‑150 (MQ=255)                                                                                                                     ggtgttCGTTAACTTATCCGTCGGTGCTTTTAAACCCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATctgc                            <  2:39387/149‑1 (MQ=255)                                                                                                                       tggtCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGAt                        >  2:170228/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                            ggTACCTTCTCCGACGGTGGTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTa                   <  1:260738/151‑1 (MQ=255)                                                                                                                            ggTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGt                    >  2:53827/1‑150 (MQ=255)                                                                                                                              tAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTaa                  >  2:46603/1‑150 (MQ=255)                                                                                                                               atcTTACCCGAGGGTGTTTTTAAACCCGCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTaaa                 <  1:218000/148‑1 (MQ=255)                                                                                                                                    aTCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCgg            >  2:552752/1‑150 (MQ=255)                                                                                                                                              gCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACg  <  2:581805/150‑1 (MQ=255)                                                                                                                                              gCGTTAAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACg  <  2:335584/150‑1 (MQ=255)                                                                                                                                                       |                                                                                                                                             AAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAA‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACG  >  NC_000913/801970‑802258

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑