| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,191,240 | T→C | K136E (AAG→GAG) | yehC ← | putative periplasmic pilin chaperone |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,191,240 | 0 | T | C | 96.2% | 182.5 / ‑1.5 | 53 | K136E (AAG→GAG) | yehC | putative periplasmic pilin chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base C (23/28); total (23/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
CTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTTACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGCTTTCTTTATTAGTGGGCAGTTTATTCGGCATAATTTTGATTTTTACTTGCTGCCCGGAATTTGCCCCTATTTTTGCCACTGG > NC_000913/2191099‑2191378 | cTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTg > 2:285184/1‑151 (MQ=255) ttttttATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGAc > 1:558594/1‑151 (MQ=255) aTCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTAttt < 1:622961/150‑1 (MQ=255) aCCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTtggtg > 2:337801/1‑151 (MQ=255) ccAACCCGTTGCCACTCCGATTTACCACCAATTTTTTCAATGTCGCTTCATCTACCGCAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCTCCTTCCTGCTCTTGACTATTtgaggg > 1:410215/1‑147 (MQ=255) ccAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTtggtgg > 1:90324/1‑151 (MQ=255) aaCCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAat > 2:291966/1‑151 (MQ=255) aaCCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAat < 1:688732/151‑1 (MQ=255) aCCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAata < 1:396373/151‑1 (MQ=255) ccATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCGCCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAatat < 2:753899/151‑1 (MQ=255) tGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATcc > 2:123499/1‑149 (MQ=255) gCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTTACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAg < 2:391561/150‑1 (MQ=255) gCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGa < 1:173295/151‑1 (MQ=255) ccACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGaa < 2:571514/151‑1 (MQ=255) cACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAAc < 1:23960/151‑1 (MQ=255) gCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATCCCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACAtt < 2:179670/150‑1 (MQ=255) gCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACAtt < 2:310009/150‑1 (MQ=255) gCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTc < 1:291933/151‑1 (MQ=255) ttACCAGCAATTTTTTAAATGTCTCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTTCCCTTCTTGCTCTTGACTATTTTGTGGAATATCCTGAACATTCAGAt < 1:82085/150‑1 (MQ=255) 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ttttttAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGctt > 2:568969/1‑151 (MQ=255) ttttAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGctttc > 1:764082/1‑151 (MQ=255) ttAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGctttctt > 2:559033/1‑151 (MQ=255) tAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGctttctt < 2:561810/150‑1 (MQ=255) aaTGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGCTTTCTttat < 2:546708/151‑1 (MQ=255) aTGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGCTTTCTttatt < 2:443726/151‑1 (MQ=255) gTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGCTTTCTTTATTAg < 1:389230/151‑1 (MQ=255) taCCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGCTTTCTTTATTAGTGGGCAGttt < 1:754649/150‑1 (MQ=255) ccGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGCTTTCTTTATTAGTGGGCAGTTTAtt < 2:646626/151‑1 (MQ=255) ggAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGCTTTCTTTATTAGTGGGCAGTTTATTCg < 2:440011/151‑1 (MQ=255) 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gTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGCTTTCTTTATTAGTGGGCAGTTTATTCGGCATAATTTTGATTTTTACt < 1:40412/151‑1 (MQ=255) tAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGCTTTCTTTATTAGTGGGCAGTTTATTCGGCATAATTTTGATTTTTACtt > 1:150549/1‑151 (MQ=255) tCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGCTTTCTTTATTAGTGGGCAGTTTATTCGGCATAATTTTGATTTTTACTTGCTGCCCGGAAttt > 2:276625/1‑151 (MQ=255) gTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGCTTTCTTTATTAGTGGGCAGTTTATTCGGCATAATTTTGATTTTTACTTGCTGCCCGGAAttt < 1:459966/148‑1 (MQ=255) aTCGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGCTTTCTTTATTAGTGGGCAGTTTATTCGGCATAATTTTGATTTTTACTTGCTGCCCGGAATTTGCCCCTAttt < 1:744830/151‑1 (MQ=255) cGCAAACTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGCTTTCTTTATTAGTGGGCAGTTTATTCGGCATAATTTTGATTTTTACTTGCTGCCCGGAATTTGCCCCTAtttt < 2:49/150‑1 (MQ=255) aCTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGCTTTCTTTATTAGTGGGCAGTTTATTCGGCATAATTTTGATTTTTACTTGCTGCCCGGAATTTGCCCCTATTTTTGCCAc > 1:756812/1‑151 (MQ=255) aCTTCAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGCTTTCTTTATTAGTGGGCAGTTTATTCGGCATAATTTTGATTTTTACTTGCTGCCCGGAATTTGCCCCTATTTTTGCCAc > 1:397405/1‑151 (MQ=255) cAGTGCATTCTCACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGCTTTCTTTATTAGTGGGCAGTTTATTCGGCATAATTTTGATTTTTACTTGCTGCCCGGAATTTGCCCCTATTTTTGCCACtgg > 2:382791/1‑150 (MQ=255) | CTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTTACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGCTTTCTTTATTAGTGGGCAGTTTATTCGGCATAATTTTGATTTTTACTTGCTGCCCGGAATTTGCCCCTATTTTTGCCACTGG > NC_000913/2191099‑2191378 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |