| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,369,520 | T→C | V43A (GTT→GCT) | pspD → | peripheral inner membrane phage‑shock protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,369,520 | 0 | T | C | 97.6% | 130.5 / NA | 41 | V43A (GTT→GCT) | pspD | peripheral inner membrane phage‑shock protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (11/29); minor base G (1/0); total (12/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAGTTATGAATACTCGCTGGCAACAGGCCGGGCAAAAGGTAAAGCCTGGTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGTTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGTATAATGGATGGCAATT > NC_000913/1369388‑1369665 | aaGTTATGAATACTCGCTGGCAACAGGCCGGGCAAAAGGTAAAGCCTGGTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGTGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGaa < 2:79329/151‑1 (MQ=255)aaGTTATGAATACTCGCTGGCAACAGGCCGGGCAAAAGGTAAAGCCTGGTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGaa < 2:659306/151‑1 (MQ=255) aGTTATGAATACTCGCTGGCAACAGGCCGGGCAAAAGGTAAAGCCTGGTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGGGTGGCGGGGGTGGGCG‑TAAAAACAAGCGCTCCCCGAcccccgg > 1:536368/1‑144 (MQ=255) tATGAATACTCGCTGGCAACAGGCCGGGCAAAAGGTAAAGCCTGGTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGGTAAAAATAGCTTCTCCCCGACCGCCGgaaa > 2:224553/1‑149 (MQ=255) gCTGGCAACAGGCCGGGCAAAAGGTAAAGCCTGGTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGGGGGGGGGGAAAAACAGCCGCTCGCCCCCCGCCGGAAAAGGTgctgg > 1:181168/1‑147 (MQ=255) cAAAAGGTAAAGCCTGGTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGGGGTAAAAATAACTGCTCGCCCCCCCCTGGAAATTTTTCTGGCCGTGGGG‑CTTGGAcccccgt > 2:295539/1‑146 (MQ=255) aaaaGGTAAAGCCTGGTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGGGTGGG‑GGGCTGGGGGGTAAAATTACCAGCTCGCCCGCCGCTGGAAAAGTTTGTGGGGTTGGGG‑CTGGGAGCGCCGtt > 2:759838/1‑151 (MQ=255) aaaaGGTAAAGCCTGGTTTCAAATTAGCAGGCAAGATGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGtt < 2:184860/151‑1 (MQ=255) ggTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGgctgct < 2:703665/150‑1 (MQ=255) tCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCtaata < 2:563682/150‑1 (MQ=255) ttAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGGCGGGGGGTAAAAAAAACCGCTCCCCGCCCGCTGAAAAAGTTGCTGGCTGTGGGG‑CTGGGACCGCCGTTTAATCGGGGTGGTAATaaaattg > 1:88332/1‑147 (MQ=255) ggCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGc < 1:352101/151‑1 (MQ=255) gCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑g < 1:594174/151‑1 (MQ=255) ggTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATaaa < 1:541468/151‑1 (MQ=255) cttcttACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAgg < 1:473404/150‑1 (MQ=255) tcttACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTg < 1:350544/150‑1 (MQ=255) cttACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGGGGTAAAAACAGCTGCTCCCCCACCGCTGGAAAAGGTGCTGGGTGTGGGGCCGGGAACCCCGGTTAA‑TCGGGGTGCTAATAAAATGGGGCAGC‑GTTATaaaaaggg > 2:337505/1‑145 (MQ=255) cgtACCGCACTGCGCTATGGGCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTGGCCGACCGCGGAAAAGGTTGCTGGCGGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGAg < 1:602024/149‑1 (MQ=255) tACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGa < 2:400910/148‑1 (MQ=255) tACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGAgg < 1:653033/150‑1 (MQ=255) tACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGAg < 2:101842/149‑1 (MQ=255) ccGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGGGGTAAAAAAAGCCGCTCGCCCCCCGCCGGAAAAGTTTTTGGGTGGGGGG‑CCGGGACCGCTGTTTAGTCGGGGTGCTAATAAAATGGGACAGCGGTTTTAAAAGgggggggg > 1:650506/1‑151 (MQ=255) cACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGAGGGGAGtt < 2:757361/151‑1 (MQ=255) gcgcTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGGCGGGCGATAAAAACAGCCTCTCGCCCACCCCCGGAAAAGTTGCTGGGGGGGGGG‑CCGGGAACGCTGGTTAGTCGGGCCGCTAATAAAATTGCACAGC‑CTTTTTAAAAGGGAgggggggtt > 1:367650/1‑143 (MQ=255) gcgcTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGTCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCg < 1:104145/150‑1 (MQ=255) gcgcTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCg < 1:56568/150‑1 (MQ=255) ggCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAAtt < 2:38907/151‑1 (MQ=255) cccGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGt < 2:293914/151‑1 (MQ=255) ccGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCAGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGtt < 1:31765/151‑1 (MQ=255) cggcggGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTa < 1:535288/151‑1 (MQ=255) cggGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAAt < 2:650564/151‑1 (MQ=255) gggTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCCACCGCTGGAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTTAATCGGGCTGCTAATAAAATGGCACAGC‑GTTATAAAAGGGGAGGGGAGGTTCGCAAAAAATGTTAAAt > 1:288674/1‑150 (MQ=255) gtgGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAg < 1:107336/151‑1 (MQ=255) tgGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAgg > 1:360575/1‑151 (MQ=255) gggCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGta < 2:146623/151‑1 (MQ=255) ggCTGGGCGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGtat < 2:722106/151‑1 (MQ=255) cGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGTATAatggat > 1:85221/1‑151 (MQ=255) cGATAAAATCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGTATAatggat < 2:73071/151‑1 (MQ=255) aaaaTCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGTATAATGGATGGc < 2:577024/150‑1 (MQ=255) aaTCAGCTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGTATAATGGATGGCAAt < 1:530443/151‑1 (MQ=255) aTCAGCTGCGCGCCGACCGCTGAAAATGATGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑TATATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGTATCATGGATGGCCAtt < 1:416698/151‑1 (MQ=255) | AAGTTATGAATACTCGCTGGCAACAGGCCGGGCAAAAGGTAAAGCCTGGTTTCAAATTAGCAGGCAAGCTGGTACTTCTTACCGCACTGCGCTATGGCCCGGCGGGTGTGGC‑GGGCTGGGCGATAAAATCAGTTGCTCGCCGACCGCTGAAAATGTTGCTGGCTGTGGCG‑CTGGAACCGCTGTTAAGTCGGGCTGCTAATAAACTGGCACAGC‑GTTATAAAAGGTGAGGGGAGTTTCGCAAAAATTGTTAAATCTCAGGCGTATAATGGATGGCAATT > NC_000913/1369388‑1369665 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |