Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,621,321 | C→T | intergenic (‑184/‑11) | eamA ← / → ydeE | cysteine and O‑acetyl‑L‑serine efflux system/putative transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,621,321 | 0 | C | T | 98.3% | 214.2 / ‑4.5 | 59 | intergenic (‑184/‑11) | eamA/ydeE | cysteine and O‑acetyl‑L‑serine efflux system/putative transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (34/24); total (35/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
AACTTAGCTGAATTTACTTTTCTTTAACAGTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCCGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCG > NC_000913/1621174‑1621467 | aaCTTAGCTGAATTTACTTTTCTTTAACAGTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGGAACGCACTGCTgg > 1:330499/1‑150 (MQ=255) aaCTTAGCTGAATTTACTTTTCTTTAACAGTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTgg > 1:474517/1‑150 (MQ=255) cTTAGCTGAATTTACTTTTCTTTAACAGTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGgac > 1:146239/1‑150 (MQ=255) cTTAGCTGAATTTACTTTTCTTTAACAGTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGgac > 2:596511/1‑150 (MQ=255) ttAGCTGAATTTACTTTTCTTTAACAGTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGgac > 2:374930/1‑149 (MQ=255) tAGCTGAATTTACTTTTCTTTAACAGTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGgaca < 2:704624/149‑1 (MQ=255) tAGCTGAATTTACTTTTCTTTAACAGTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGgac > 2:157136/1‑148 (MQ=255) cTGAATTTACTTTTCTTTAACAGTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGgacagaca > 2:829694/1‑150 (MQ=255) aaTTTACTTTTCTTTAACAGTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATg > 2:424983/1‑151 (MQ=255) aCTTTTCTTTAACAGTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACtt < 1:374956/151‑1 (MQ=255) tttCTTTAACAGTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATc > 1:576000/1‑151 (MQ=255) tAACAGTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTac < 1:311170/150‑1 (MQ=255) aaCAGTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTacg > 1:596999/1‑150 (MQ=255) aaCAGTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTacg > 2:409413/1‑150 (MQ=255) cAGTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTacgacg < 1:518237/151‑1 (MQ=255) gTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGct > 1:806433/1‑151 (MQ=255) ttGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGctc > 2:853941/1‑151 (MQ=255) tCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTAcc > 2:591215/1‑150 (MQ=255) tCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTAcc < 1:901455/150‑1 (MQ=255) cGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAg < 1:886092/151‑1 (MQ=255) tCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCct > 1:439466/1‑151 (MQ=255) cGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCctt > 1:237041/1‑151 (MQ=255) gCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCcttc < 1:869912/151‑1 (MQ=255) gCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCcttc < 1:182918/151‑1 (MQ=255) gacgGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCtcgt < 1:225768/151‑1 (MQ=255) gacgGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCtcgt > 2:354050/1‑151 (MQ=255) acgGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCtcgtc > 2:644130/1‑151 (MQ=255) cATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGAACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCgtt < 1:776763/150‑1 (MQ=255) tAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCgttgtt > 1:402139/1‑150 (MQ=255) aaTGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGtta < 2:907093/150‑1 (MQ=255) aaaTAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCAt > 2:185581/1‑151 (MQ=255) aaTAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATc < 2:809646/151‑1 (MQ=255) aTAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCg > 2:407382/1‑151 (MQ=255) aaGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGa < 1:63485/151‑1 (MQ=255) aGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGAc < 2:659149/151‑1 (MQ=255) cGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGAcgcg > 2:162039/1‑151 (MQ=255) ataCTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACgcggc < 2:575950/149‑1 (MQ=255) aCTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCt < 1:185606/150‑1 (MQ=255) cGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCt < 2:93333/151‑1 (MQ=255) ggATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTg < 1:273661/151‑1 (MQ=255) tGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCCAttt > 2:303083/1‑150 (MQ=255) gCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCCATTTAt > 1:509886/1‑151 (MQ=255) ccATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCCATTTATg < 1:252113/151‑1 (MQ=255) ccATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCCATTTATg > 1:616436/1‑151 (MQ=255) tGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCCATTTATGAc < 2:30464/150‑1 (MQ=255) gCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCCATTTATGAcc > 1:656543/1‑150 (MQ=255) cTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCCATTTATGACCAt > 1:770270/1‑151 (MQ=255) aTTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCCATTTATGACCAt < 1:54004/149‑1 (MQ=255) cTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCCATTTATGACCATTTACtt > 1:403784/1‑151 (MQ=255) cTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCCATTTATGACCATTTACtt > 2:642995/1‑151 (MQ=255) aaacaaaacaTAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTa > 1:153227/1‑150 (MQ=255) aacaaaacaTAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTAc > 1:849564/1‑150 (MQ=255) acaaaacaTAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAg < 2:439419/151‑1 (MQ=255) caaaacaTAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGc > 2:489405/1‑151 (MQ=255) caaaacaTAACGAAACGCACTGCCGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGCTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTGCa > 1:582262/1‑149 (MQ=255) caTAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTg > 1:632330/1‑149 (MQ=255) caTAACGAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAg < 1:533553/151‑1 (MQ=255) gAAACGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGa < 1:675649/151‑1 (MQ=255) aaCGCACTGCTGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATc > 2:768967/1‑151 (MQ=255) ctgctgGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCAATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCg > 2:469451/1‑151 (MQ=255) | AACTTAGCTGAATTTACTTTTCTTTAACAGTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCCGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGACGCGGCGCTACGCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCG > NC_000913/1621174‑1621467 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |