| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 308,755 | C→T | S193N (AGC→AAC) | ecpC ← | ECP production outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 308,755 | 0 | C | T | 95.7% | 167.6 / NA | 47 | S193N (AGC→AAC) | ecpC | ECP production outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (34/11); minor base G (0/2); total (34/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.22e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGGCAAATCGGTGACCGGCAAAATCGCGTTCATACATCGCTTTATATAATTCACTGTCCTGTTGACCGCTACCGATCCCGTACAGCGAGCCGTCGAGCACCACATGATGTT‑CGCGCAGTGCAGTAACGTTATTCAGCGACAGATAGCTGGATGTGTTGCTCCCGCCGTTACGCAACTGGTTGTTATAGACGCCCAAGTTATAGCTCAGATTACTGCTGAGGGTGTTAACACTGGACTGCCCGATGTCTTCGCTACGTGAGCGTAGTACGGTGCCCAGCGCTTCGCGCTTG > NC_000913/308609‑308898 | cGGCAAATCGGTGACCGGCAAAATCGCGTTCATACATCGCTTTATATAATTCACTGTCCTGTTGACCGCTACCGATCCCGTACAGCGAGCCGTCGAGCACCACATGATGTT‑CGCGCAGTGCAGTAACGTTATTCAGCGACAGATAGTTgg > 1:396913/1‑150 (MQ=255) aaaTCGGTGACCGGCAAAATCGCGTTCATACATCGCTTTATATAATTCACTGTCCTGTTGACCGCTACCGATCCCGTACAGCGAGCCGTCGAGCACCACATGATGTT‑CGCGCAGTGCAGTAACGTTATTCAGCGACAGATAGTTGGAtgtg < 2:73017/151‑1 (MQ=255) aTCGGTGACCGGCAAAATCGCGTTCATACATCGCTTTATATAATTCACTGTCCTGTTGACCGCTACCGATCCCGTACAGCGAGCCGTCGAGCACCACATGATGTT‑CGCGCAGTGCAGTAACGTTATTCAGCGACAGATAGTTGGATGTGtt < 1:301691/151‑1 (MQ=255) 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CGGCAAATCGGTGACCGGCAAAATCGCGTTCATACATCGCTTTATATAATTCACTGTCCTGTTGACCGCTACCGATCCCGTACAGCGAGCCGTCGAGCACCACATGATGTT‑CGCGCAGTGCAGTAACGTTATTCAGCGACAGATAGCTGGATGTGTTGCTCCCGCCGTTACGCAACTGGTTGTTATAGACGCCCAAGTTATAGCTCAGATTACTGCTGAGGGTGTTAACACTGGACTGCCCGATGTCTTCGCTACGTGAGCGTAGTACGGTGCCCAGCGCTTCGCGCTTG > NC_000913/308609‑308898 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |