| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,287,209 | A→G | pseudogene (1706/2525 nt) | yejO ← | pseudogene, autotransporter outer membrane homology;putative transport; Not classified; putative ATP‑binding component of a transport system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,287,209 | 0 | A | G | 97.5% | 124.9 / NA | 40 | pseudogene (1706/2525 nt) | yejO | pseudogene, autotransporter outer membrane homology;putative transport; Not classified; putative ATP‑binding component of a transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (20/19); minor base C (0/1); total (20/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCACGGGAGAAACGGCTATCGATACCGAGCGTCAGGCCCGTCAATGTTTGCTCAAAACCAGCTCCCGCATCAGTGGTCACGTTGTTGCGGGTGTTAATTGCCGAACTCCACATCGCCGTATCGTAACTAACGCCTTTTACGCTACCAAGACGCTCACGCACGGTGTCCAGTTCTGCATCAAATACCAGCGGTTGTGCGGCCGCCATATTCAGCACATCAGTGGTTGAAGGGGTAATTTGCGCGCGATTCTCTGCCAGACTCCAGCTATGGTTGCCATTATCCAGCAAGGTA > NC_000913/2287065‑2287356 | ttcACGGGAGAAACGGCTATCGATACCGAGCGTCAGGCCCGTCAATGTTTGCTCAAAACCAGCTCCCGCATCAGTGGTCACGTTGTTGCGGGTGTTAATTGCCGAACTCCACATCGCCGTATCGTAACTAACGCCTTTTACGCTGCCa > 2:163808/1‑148 (MQ=255) aCGGGAGAAACGGCTATCGATACCGAGCGTCAGGCCCGTCAATGTTTGCTCAAAACCAGCTCCCGCATCAGTGGTCACGTTGTTGCGGGTGTTAATTGCCGAACTCCACATCGCCGTATCGTAACTAACGCCTTTTACGCTGCCAAGACGc > 2:885432/1‑151 (MQ=255) gggAGAAACGGCTATCGATACCGAGCGTCAGGCCCGTCAATGTTTGCTCAAAACCAGCTCCCGCATCAGTGGTCACGTTGTTGCGGGTGTTAATTGCCGAACTCCACATCGCCGTATCGTAACTAACGCCTTTTACGCTGCCAAGACGCTc > 2:686170/1‑151 (MQ=255) cGGCTATCGATACCGAGCGTCAGGCCCGTCAATGTTTGCTCAAAACCAGCTCCCGCATCAGTGGTCACGTTGTTGCGGGTGTTAATTGCCGAACTCCACATCGCCGTATCGTAACTAACGCCTTTTACGCTGCCAAGACGCTCACGCACgg > 2:162177/1‑151 (MQ=255) gCTATCGATACCGAGCGTCAGGCCCGTCAATGTTTGCTCAAAACCAGCTCCCGCATCAGTGGTCACGTTGTTGCGGGTGTTAATTGCCGAACTCCACATCGCCGTATCGTAACTAACGCCTTTTACGCTGCCAAGACGCTCACGCACGgtg < 2:519015/151‑1 (MQ=255) gTCAGGCCCGTCAATGTTTGCTCAAAACCAGCTCCCGCATCAGTGGTCACGTTGTTGCGGGTGTTAATTGCCGAACTCCACATCGCCGTATCGTAACTAACGCCTTTTACGCTGCCAAGACGCTCACGCACGGTGTCCAGTTCTGCATCa > 2:208610/1‑150 (MQ=255) aGGCCCGTCAATGTTTGCTCAAAACCAGCTCCCGCATCAGTGGTCACGTTGTTGCGGGTGTTAATTGCCGAACTCCACATCGCCGTATCGTAACTAACGCCTTTTACGCTGCCAAGACGCTCACGCACGGTGTCCAGTTCTGCATCAAATa < 2:442929/151‑1 (MQ=255) gCCCGTCAATGTTTGCTCAAAACCAGCTCCCGCATCAGTGGTCACGTTGTTGCGGGTGTTAATTGCCGAACTCCACATCGCCGTATCGTAACTAACGCCTTTTACGCTGCCAAGACGCTCACGCACGGTGTCCAGTTCTGCATCAAATAcc > 2:280487/1‑151 (MQ=255) 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ccGAACTCCACATCGCCGTATCGTAACTAACGCCTTTTACGCTGCCAAGACGCTCACGCCCGGTGTCCAGTTCTGCATCAAATACCAGCGGTTGTGCGGCCGCCATATTCAGCACATCAGTGGTTGAAGGGGTAATTTGCGCGCGATtct < 2:380737/150‑1 (MQ=255) ccGAACTCCACATCGCCGTATCGTAACTAACGCCTTTTACGCTGCCAAGACGCTCACGCACGGTGTCCAGTTCTGCATCAAATACCAGCGGTTGTGCGGCCGCCATATTCAGCACATCAGTGGTTGAAGGGGTAATTTGCGCGCGATtc < 2:887976/149‑1 (MQ=255) cGAACTCCACATCGCCGTATCGTAACTACCGCCTTTTACGCTGCCAAGACGCTCACGCACGGTGTCCAGTTCTGCATCAAATACCAGCGGTTGGGCGGCCGCCATATTCAGCACATCAGTGGTTGAAGGGGTAATTTGCGCGCGATTctct < 2:628883/151‑1 (MQ=255) gagcTCCACATCGCCGTATCTTAACTAACGCCTTTTACGCTGCCAAGACGCTCACGCACGGTGTCCAGTTCTGCATCAAATACCAGCGGTTGTGCGGCCGCCATATTCAGCACATCAGTGGTTGAAGGGGTAATTTGCGCGCGATTctct < 2:240486/147‑1 (MQ=255) ccACATCGCCGTATTGTAACTAACTCCTTTTACGCTGCCAAGACGCTCACGCACGGTGTCCAGTTCTGCAGCAAATACCAGCGTTTGTGCGACCGCCATATTCAGCACATCAGTGGTTGAAGGGGTAATTTGCGCGCGATTCTCTGCCAGa < 1:353842/151‑1 (MQ=255) 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tttACGCTGCCAAGACGCTCACGCACGGTGTCCAGTTCTGCATCAAATACCAGCGGTTGTGCGGCCGCCATATTCAGCACATCAGTGGTTGAAGGGGTAATTTGCGCGCGATTCTCTGCCAGACTCCAGCTATGGTTGCCATTATCCAg < 1:280513/149‑1 (MQ=255) gCTGCCAAGACGCTCACGCACGGTGTCCAGTTCTGCATCAAATACCAGCGGTTGTGCGGCCGCCATATTCAGCACATCAGTGGTTGAAGGGGTAATTTGCGCGCGATTCTCTGCCAGACTCCAGCTATGGTTGCCATTATCCAGCAAGGta < 1:492805/151‑1 (MQ=255) | TTCACGGGAGAAACGGCTATCGATACCGAGCGTCAGGCCCGTCAATGTTTGCTCAAAACCAGCTCCCGCATCAGTGGTCACGTTGTTGCGGGTGTTAATTGCCGAACTCCACATCGCCGTATCGTAACTAACGCCTTTTACGCTACCAAGACGCTCACGCACGGTGTCCAGTTCTGCATCAAATACCAGCGGTTGTGCGGCCGCCATATTCAGCACATCAGTGGTTGAAGGGGTAATTTGCGCGCGATTCTCTGCCAGACTCCAGCTATGGTTGCCATTATCCAGCAAGGTA > NC_000913/2287065‑2287356 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |