| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,509,859 | G→A | S77N (AGC→AAC) | yfeO → | putative ion channel protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,509,859 | 0 | G | A | 82.1% | 150.8 / ‑3.0 | 56 | S77N (AGC→AAC) | yfeO | putative ion channel protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (26/20); minor base C (0/10); total (26/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.93e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTGATGAAAATCGCCTCGGTATTACAGAATTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTCTGGGGATAGCCCAGGATTCACCCCTCTGGATCATCGGTGTATTAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCATGACCG > NC_000913/2509716‑2510005 | ggtgATGAAAATCGCCTCGGTATTACAGAATTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTCTGGGGATAGCCCAGGATTCACCCCTCTGGATCATCGGTGTATTAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAACCAGGGt < 1:660780/151‑1 (MQ=255) gatgaAAATCGCCTCGGTATTACAGAATTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTCTGGGGATAGCCCAGGATTCACCCCTCTGGATCATCGGTGTATTAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAACCAGGGTCa < 1:278064/150‑1 (MQ=255) atgaAAATCGCCTCGGTATTACAGAATTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTCTGGGGATAGCCCAGGATTCACCCCTCTGGATCATCGGTGTATTAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAACCAGGGTCATg < 1:143795/151‑1 (MQ=255) 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ccGTTTCAACCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCAt < 1:182207/150‑1 (MQ=255) gTTTCAACCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCATGAc > 2:700167/1‑151 (MQ=255) tCAACCAGGGTCATGCCGGCCCAGCCCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCATGACCg < 2:137669/150‑1 (MQ=255) | GGTGATGAAAATCGCCTCGGTATTACAGAATTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTCTGGGGATAGCCCAGGATTCACCCCTCTGGATCATCGGTGTATTAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCATGACCG > NC_000913/2509716‑2510005 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |