| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 573,991 | A→G | G12G (GGA→GGG) | quuD → | DLP12 prophage; putative antitermination protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 573,991 | 0 | A | G | 98.5% | 222.2 / ‑4.2 | 66 | G12G (GGA→GGG) | quuD | DLP12 prophage; putative antitermination protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (45/20); total (46/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01 | |||||||||||
CAAAACCCTGACAGGAGCAGGAGTATGAAGTCAGAGATAACAATCAACTAATACTGTTTTGTTGATTTTTGCTTGTAATTGGCGTTCTGGTCTGATTTTTGTGGAGTAAGTTGATGCGTGATATTCAGATGGTTCTTGAGCGTTGGGGAGCGTGGGCGGCTAATAATCATGAAGATGTGACCTGGTCGTCCATTGCCGCCGGTTTTAAGGGATTAATTACTTCAAAAGTAAAATCTCGCCCGCAATGTTGTGACGATGACGCGATGATCATTTGCGGGTGCATGGCCCGTCTGA > NC_000913/573843‑574136 | cAAAACCCTGACAGGAGCAGGAGTATGAAGTCAGAGATAACAATCAACTAATACTGTTTTGTTGATTTTTGCTTGTAATTGGCGTTCTGGTCTGATTTTTGTGGAGTAAGTTGATGCGTGATATTCAGATGGTTCTTGAGCGTTGGGGGGc > 2:663933/1‑151 (MQ=255)cAAAACCCTGACAGGAGCAGGAGTATGAAGTCAGAGATAACAATCAACTAATACTGTTTTGTTGATTTTTGCTTGTAATTGGCGTTCTGGTCTGATTTTTGTGGAGTAAGTTGATGCGTGATATTCAGATGGTTCTTGAGCGTTGGGGGGc > 1:808967/1‑151 (MQ=255) aaaCCCTGACAGGAGCAGGAGTATGAAGTCAGAGATAACAATCAACTAATACTGTTTTGTTGATTTTTGCTTGTAATTGGCGTTCTGGTCTGATTTTTGTGGAGTAAGTTGATGCGTGATATTCAGATGGTTCTTGAGCGTTGGGGGGCGt < 2:237936/151‑1 (MQ=255) 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gAGCGTTGGGGGGCGTGGGCGGCTAATAATCATGAAGATGTGACCTGGTCGTCCATTGCCGCCGGTTTTAAGGGATTAATTACTTCAAAAGTAAAATCTCGCCCGCAATGTTGTGACGATGACGCGATGATCATTTGCGGGTGCATGGcc < 2:496257/150‑1 (MQ=255) ttGGGGGGCGTGGGCGGCTAATAATCATGAAGATGTGACCTGGTCGTCCATTGCCGCCGGTTTTAAGGGATTAATTACTTCAAAAGTAAAATCTCGCCCGCAATGTTGTGACGATGACGCGATGATCATTTGCGGGTGCATGGCCCGTCTg > 2:828042/1‑151 (MQ=255) tGGGGGGCGTGGGCGGCTAATAATCATGAAGATGTGACCTGGTCGTCCATTGCCGCCGGTTTTAAGGGATTAATTACTTCAAAAGTAAAATCTCGCCCGCAATGTTGTGACGATGACGCGATGATCATTTGCGGGTGCATGGCCCGTCTg < 2:717853/150‑1 (MQ=255) ggggggCGTGGGCGGCTAATAATCATGAAGATGTGACCTGGTCGTCCATTGCCGCCGGTTTTAAGGGATTAATTACTTCAAAAGTAAAATCTCGCCCGCAATGTTGTGACGATGACGCGATGATCATTTGCGGGTGCATGGCCCGTCTGa < 1:623422/150‑1 (MQ=255) | CAAAACCCTGACAGGAGCAGGAGTATGAAGTCAGAGATAACAATCAACTAATACTGTTTTGTTGATTTTTGCTTGTAATTGGCGTTCTGGTCTGATTTTTGTGGAGTAAGTTGATGCGTGATATTCAGATGGTTCTTGAGCGTTGGGGAGCGTGGGCGGCTAATAATCATGAAGATGTGACCTGGTCGTCCATTGCCGCCGGTTTTAAGGGATTAATTACTTCAAAAGTAAAATCTCGCCCGCAATGTTGTGACGATGACGCGATGATCATTTGCGGGTGCATGGCCCGTCTGA > NC_000913/573843‑574136 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |