| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 29,486 | 0 | C | A | 37.8% | 80.6 / 21.9 | 45 | intergenic (+291/‑165) | dapB/carA | dihydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase small subunit, glutamine amidotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/4); new base A (0/17); total (24/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.43e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑GTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCA‑TGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATAT > NC_000913/29336‑29635 | tttttGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑GTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCA‑TGAGCcac > 2:124369/1‑151 (MQ=255) ttttAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑GTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCA‑TGAGCCACAAaataat > 2:661046/1‑150 (MQ=255) tttAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑GTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCA‑TGAGCCACAAAataata < 1:1093/150‑1 (MQ=255) aTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑GTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCA‑TGAGCCACAAAATAATATaaa > 1:577989/1‑150 (MQ=255) gTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑GTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCA‑TGAGCCACAAAATAATATaaaaa > 2:18715/1‑150 (MQ=255) aTTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑GTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCA‑TGAGCCACAAAATAATATAAAAAATccc > 2:433988/1‑151 (MQ=255) aTTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑GTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCA‑TGAGCCACAAAATAATATAAAAAATccc > 1:613654/1‑151 (MQ=255) tttGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑GTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCA‑TGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCg < 1:124332/150‑1 (MQ=255) ggTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑GTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCA‑TGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTg > 2:793037/1‑150 (MQ=255) cctcTTTTTTCTCCTTTTTTTTATTTCATCCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCTTTTCCAAAAACGG‑TTT‑AAATTATTTTTTTGTCCCTAAATCCCTTAAAAACATGCA‑TGACCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGAc < 2:139244/146‑1 (MQ=255) ccATTTTTTTCTTTTTTTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGAAAGC‑TTTTCCAAAAACG‑GTTAAAATAATTTTTTTGTCTTTTAATCCCTTTAAAACATGCA‑TGAGCCAAAAAATAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACt < 1:282949/150‑1 (MQ=255) ttttttttGCTCTTTTTTTTTTAATGCATTTTTTTTGCTCCAAATGCTTTTTCAAAAAAAG‑GTA‑AGATAATTTTTTTGTCGTTTATTCCCGAAAAAAGTTGCT‑TGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACtttt < 1:169831/149‑1 (MQ=255) ttttCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑GTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCA‑TGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAgcg > 2:52126/1‑151 (MQ=255) gTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑GTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCA‑TGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtctc > 1:279304/1‑151 (MQ=255) tttttATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑GTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCA‑TGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtctc > 1:754187/1‑150 (MQ=255) ttttATTTCATGCATTTTTTTTGCTGCGAAAGCTTTTCCAAAAACAG‑GTT‑AGATATTTTTTTTGCCGTTTATTCCCTAAAAAACATGAA‑TGACCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTcc < 1:784151/150‑1 (MQ=255) tCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑GTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCA‑TGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgcc > 2:780930/1‑151 (MQ=255) aTGCATTCTTCTTGCGGCG‑AAGGCTTTTACAAAAAAGTGTT‑AAAAAATTTTTTTGACGTTTAGGCCCTAAAAAACGTGTT‑GGAGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgcc < 1:660987/149‑1 (MQ=255) 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aaattatttttttGTCGCTTAATGCTTAAAAAACAGGAA‑TGAGCCAAAAAATAAAAAAAAAACCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGa < 1:106500/141‑1 (MQ=255) atgtttttttttGCGCTAAATGCCTTAAAAACAGGTA‑GGAGCCAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGa < 2:485951/141‑1 (MQ=255) taatttttttGGCGAATATTGCCTTAAAAACAAGCA‑GGACCAAAAAAAAAAAATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTa < 1:708301/145‑1 (MQ=255) tttttttGTCATTTATTCCTTGAAAAACATGAA‑TGAGCAAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGt < 2:790300/148‑1 (MQ=255) tCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCA‑TGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGTAGATTTGCATTGATTTACGtc > 2:423739/1‑151 (MQ=255) 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TTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑GTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCA‑TGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATAT > NC_000913/29336‑29635 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |