| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,015,516 | 0 | G | T | 37.9% | 79.1 / 21.0 | 58 | intergenic (+57/‑199) | pqiC/rmf | DUF330 family putative lipoprotein/ribosome modulation factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/21); new base T (22/0); total (37/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.15e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGT‑GAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTATTGCTTAACTGTGATTGCACATT > NC_000913/1015373‑1015662 | ggTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGATTTTTTTTctct > 2:57778/1‑149 (MQ=255) aCGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGt < 1:58649/150‑1 (MQ=255) gATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCg < 1:800651/151‑1 (MQ=255) aTGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑aaaa > 2:159198/1‑150 (MQ=255) tAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTTTTTCTAACGTGCGG‑AAAAAttttt > 1:520265/1‑149 (MQ=255) aGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTTTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTcc > 2:781505/1‑151 (MQ=255) aGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTTTCTCTAACGGGCGG‑AAAAATTTTTTcc > 1:142268/1‑151 (MQ=255) gCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTTTCTCTAACGTGCGG‑GAAAAtttttttc > 2:627047/1‑146 (MQ=255) ggCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGGCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCtt < 1:616261/149‑1 (MQ=255) gCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGCTTTTTTGTCTCTCACCGGCGG‑GAAAATTTGTTTcttct > 2:618058/1‑145 (MQ=255) ccGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTc‑aca < 2:377209/151‑1 (MQ=255) ccGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTc‑aca < 1:53957/151‑1 (MQ=255) ggAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTTTCTCTAAAGTGCGG‑GAAAATTTTTTCCTCTTC‑CCCtttttttt > 1:210468/1‑148 (MQ=255) ggAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGAGCGG‑AAAAATTTTTTCCTCTTC‑CCATTTTTTGTTCAAcc > 1:185235/1‑149 (MQ=255) aaGCCGCTTCTATTGCACCCGCGCTCCAGCGTCTCCCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTTTCTCTAAAGTGGGGAAAAAATTTGTT‑CTCTTT‑ACATTTTTTGTaaaaacaaa > 2:361268/1‑145 (MQ=255) aaGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTTTCTCTAACGTGCGG‑GAAAATTTTTTCCTCTTC‑CCATTTTTTGTTCAACCCAc > 2:273267/1‑150 (MQ=255) aGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTTTCTCTAACGAGGGG‑GAAAATTTTTTTCCCTTT‑ACCTTTTTTGTTCAAACGAc > 2:647119/1‑149 (MQ=255) gCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGATTTTTTTTTTTTAACGTGCGG‑AAAAAATTTTTTCTCTTT‑ACATTTTTTTTACaa > 1:253677/1‑143 (MQ=255) cGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAAAGTGCGG‑GAAAAATTGTTTCTCTTC‑ACATTTTTTTTACAACCCACATTcc > 2:729798/1‑151 (MQ=255) tCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTTTCTCTAACGTGCGG‑GAAAATTTGTTTCTCTTC‑ACATTTTTTGTTCAAACGACATGCCCgtg > 2:611003/1‑151 (MQ=255) tCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTTTTCCTCTTT‑ACATTTTTTGTAAAAACGACATTcccccg > 2:699251/1‑148 (MQ=255) ttGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTTTCTCTTACTTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTTTACAACCGACATTCCCgtgt > 1:366565/1‑148 (MQ=255) cacaAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTTTTTCTAACGGGCGG‑GAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAAACGACATTCCCGTGTAGc > 1:469903/1‑148 (MQ=255) caAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAAAGGGCGG‑AAAAATTTTTTTCTCTTC‑ACATTTTTTTTACAACCGACATGCCCGGGTAGCTccc > 1:145169/1‑148 (MQ=255) gaTAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAatat < 2:196194/151‑1 (MQ=255) tACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTTTCTCTAACGTGGGG‑AAAAATTTGTTTCTCTTC‑ACATTTTTTTTACAAACGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCg > 2:599809/1‑150 (MQ=255) tACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTTTCTCTAACGGGCGG‑AAAAATTTTTTCCTCTTC‑ACATTTTTTTTACAACAGACATGCCCGTGTAGGTCACAAATATGACAGTGGCg > 1:363395/1‑150 (MQ=255) tACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTATTTTTGTATATAACGGGGGG‑GAAAAATTTTTTCTCTGCAACATTTTTT‑TACAAACGACAGTCCCGTGTAGCTACCAAATAAGATAGAGGCg > 1:135074/1‑150 (MQ=255) aCCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCg < 1:781420/149‑1 (MQ=255) ccTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGc < 2:323861/147‑1 (MQ=255) tAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGT‑Gaa < 2:458079/149‑1 (MQ=255) aTTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTTTCTCTAAAGTGCGG‑GAAAATTTTTTTCTCTTC‑ACATTTTTTTTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATTACAGTGGCggggaattt > 1:348974/1‑143 (MQ=255) aTTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGT‑GAAtttt < 1:7678/151‑1 (MQ=255) ttATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTTTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTTTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGT‑GAAattt > 2:506975/1‑150 (MQ=255) ataAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGAGG‑AAAAATTTTTTTCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGGCCGTGTAGGTCACAAATATGACAGTGGCGT‑GAAtttttgg > 2:588043/1‑148 (MQ=255) aaGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACCGGCGG‑GAAAATTTTTTCCTCTTT‑ACATTTTTTTTACAACCGACATTCCCGTGTAGGTCACAAATATTAAAGTGGCggggaattt > 1:672118/1‑137 (MQ=255) gATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTTTCTCTAACGTGCGG‑GAAAATTTTTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCCCAAATATGACAGTGGCGT‑GAAATTTtcgccat > 2:564421/1‑147 (MQ=255) gATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGT‑GAATTTTGCGCATTg < 2:597489/151‑1 (MQ=255) aTTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGT‑GGATTTTTTGCAtt > 2:747976/1‑149 (MQ=255) tGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTTTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTTTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCCTGTAGCTCACAAATATAACAGTGGCGT‑GAAtttt > 1:553040/1‑139 (MQ=255) aaTATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTTTCTCTAACGTGCGG‑GAAAATTTTTTTCTCTTC‑CCATTTTTTTTTCAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATTACAGTGGCGT‑GAAATTTTCGCCTTGTCGGGAg > 1:532507/1‑150 (MQ=255) aaTATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCCCTAACGGGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑AAATTTTTTTTTGAACCGACCTGACCGTTTTTGGCACAAATATGACAGCGGGGT‑GAACTTTTTGCAtt > 2:589560/1‑142 (MQ=255) atatAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTTTTTCTAACGGGCGG‑AAAAATTTTTTCTTCTTC‑AAATTTTTTTTTCAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGAAAGTGGGGTGGAATTTTGGCCAttacgg > 1:743015/1‑142 (MQ=255) cGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTGTGTCTCTAACGTGTGG‑CAAAATTGGTTCGTCTTC‑AGATTTTTGGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGT‑TAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTc < 1:618697/151‑1 (MQ=255) gTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATAGGACAGTGGCGT‑GAATTTTGCGCAGTGACGGCAGTTATGATGcg < 1:662934/151‑1 (MQ=255) gTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGT‑GAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTAtt < 2:122419/151‑1 (MQ=255) gTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAAAGGGGGG‑AAAAATTTGGTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGGGTAGCTCACAAATATGACAGGGGGGT‑GAAATTTGCGCCTTGACGGCAGTTATGGTTTGCGGGAtt > 2:277052/1‑151 (MQ=255) tATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTTTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGT‑GAATTTTTTGCATTTAAGGCAGGTTTTATTTGCGGTAtt > 2:376667/1‑150 (MQ=255) gTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGT‑GAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTATTGCtt < 1:257487/151‑1 (MQ=255) ttGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGT‑GAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTATTGCtt < 2:201330/150‑1 (MQ=255) gCCTGAGGCGGTTTTTTTTTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGT‑GAATTTTTCGCCTTGACGGCAGTTATGATTTGCGGGATTGCttta > 2:647588/1‑148 (MQ=255) ccTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGT‑GAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTATTGCTTAACt < 2:80282/151‑1 (MQ=255) gCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGT‑GAATTTTGCGCATTGAAGGCAGTTATGATTCGAGGTATTGCTTAACTGTGAtt > 1:631354/1‑151 (MQ=255) cGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGT‑GAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTATTGCTTAACTGTGATTg < 2:688453/151‑1 (MQ=255) tttttttGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGT‑GAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTATTGCTTAACTGTGATTGca > 2:233990/1‑150 (MQ=255) ttttttGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGT‑GAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTATTGCTTAACTGTGATTGcac < 1:111638/150‑1 (MQ=255) ttttGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGT‑GAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTATTGCTTAACTGTGATTGCACAt < 1:626988/150‑1 (MQ=255) tttGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGT‑GAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTATTGCTTAACTGTGATTGCACAtt < 2:621389/150‑1 (MQ=255) | GGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAATTTGTTCCTCTTC‑ACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGT‑GAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTATTGCTTAACTGTGATTGCACATT > NC_000913/1015373‑1015662 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |