| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,604,237 | 0 | C | T | 44.2% | 43.2 / 18.5 | 43 | S64L (TCG→TTG) | lsrD | autoinducer 2 import system permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/18); new base T (19/0); total (25/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCA‑TTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAA > NC_000913/1604091‑1604387 | cGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGttt > 2:127083/1‑151 (MQ=255)cGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGtt < 2:807668/150‑1 (MQ=255) aTTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGtt < 2:579176/151‑1 (MQ=255) gagaTTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTTGTTTGGtt > 2:558514/1‑148 (MQ=255) tGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATTGTTATTTCTTTTTGtt > 1:4178/1‑143 (MQ=255) gTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGACGATATTTTTTTTGGTTCGGACATc > 2:90811/1‑150 (MQ=255) tGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGAACTTTTTTTTGTTTTGTTTGGCCATCCGcc > 2:667171/1‑146 (MQ=255) tAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCca‑ttgc < 2:22801/150‑1 (MQ=255) aaCCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATTTTTTGTTTTGTTTGGCCATCGGGCTCCGCGCcc‑ttgcct > 1:414147/1‑149 (MQ=255) ccGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTTTTTTGTTTGACCATCCGCTCTTGCGCca‑gtgcctt > 1:790804/1‑149 (MQ=255) gTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCA‑TTGCATTGGGCGTACt < 1:731167/150‑1 (MQ=255) gTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCA‑TTGCATTGGGCGTACTg < 2:79131/151‑1 (MQ=255) tataTCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGGCGGTATTTTGTTTTGTTTGACCACCCGGCTCTTCGCCC‑TTTGCTTGGGCGTAATGtt > 1:86368/4‑151 (MQ=255) cAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACTATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCA‑TTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAgt < 2:781303/151‑1 (MQ=255) aaTATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGAGCGGTATTTTTTTTTGTTTGCCCATCGGCCCCTGCGCCC‑TTGGATTTGGCGGACTGtttttaa > 1:527306/1‑144 (MQ=255) tatGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGGTATTTTGTTTTGTTCGACCATCGGCCTCTTCGCCC‑CTTCATTGGGGGTACTTTTTCaaaaggg > 2:539762/1‑146 (MQ=255) atGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCA‑TTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAgtggt < 2:110478/150‑1 (MQ=255) tGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCCTTTTGTTCGACCATCGGCCTCTGGCCCC‑TTGCCTTTGGCGGGCTGTTTCTAAGTGgggt > 1:380539/1‑151 (MQ=255) 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ccAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTTGTTTGGTTCGACCATCTGCCCCTGCGCCC‑TTGCATTGGGGGTACTGTTTTTAAGAGGGGTgccgctgccgct > 2:378252/1‑148 (MQ=255) gTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTTGTTTTGTTTGACCATCGGCCTCTGCGCCC‑TTGCATTTGGGGGACTGTTTCAAAAAGGGGGGGCGATGCCGCCggggg > 2:84210/1‑147 (MQ=255) tGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGTTTTGGTTGACCATCGGCCTCTGCGCCC‑TTGCCTTGGGCGGACTGTTTTAAAAGGGGGTGCCGATGCCGCTgggg > 2:541117/1‑146 (MQ=255) ttATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCA‑TTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTcc < 2:276814/150‑1 (MQ=255) tATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCA‑TTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCt < 2:95725/150‑1 (MQ=255) tGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGTTTTGTTTTACCCTCCGCCCCTTCGCCA‑TTGCATTTGGGGTACTGTTTTTAAGTGGGGGGCCGATGCCGCCGGCGATACTCCTGAcc > 1:743875/1‑150 (MQ=255) gcattggcattgTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCA‑TTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCt < 1:211154/150‑1 (MQ=255) tggcattgTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCA‑TTGCATTGGGCCTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACt < 1:540600/150‑1 (MQ=255) tgTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGGTATTTTGTTTGGTTCTTCCCTCGGCCTCTGCGGCC‑TTGGATTTGGGGTGCTGTTTTTAAGGGGTGTGCCGGTGCCGCTGGCGGTACCCCCGACCtt > 1:297874/1‑141 (MQ=255) gCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGAGCGATATTTTTTTTTGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCA‑GTGCATTTGGCGTGCTGTTTCAAAGGGGTGTGCCGAGGGCGCTGGCGGTACTCCCGGCCCTTCTTCTCCGCGCa > 1:40505/1‑142 (MQ=255) 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cGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCA‑TTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTaa < 2:775939/151‑1 (MQ=255) | CGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCA‑TTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAA > NC_000913/1604091‑1604387 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |