| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 4,187,816 | Δ15 bp | coding (2467‑2481/4224 nt) | rpoC → | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 4187816 | 4187830 | 15 | 35 [0] | [0] 34 | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4187815 | 0 (0.000) | 33 (0.640) | 31/296 | 1.1 | 100% | coding (2466/4224 nt) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| ? | NC_000913 | 4187831 = | 0 (0.000) | coding (2482/4224 nt) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit | |||||
GTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGAACAGTGGTGTGACCTGCTGGAAGAGAACTCTGTC > NC_000913/4187682‑4187980 | tcatctccacccacggtgctcgtaaaggtctggcggataccgcactgaaaactgcgaactccggttacctgactcgtcgtctggttgacgtggcgcaggacctggtggttaccgaagacgattgtggtacccatgaaggtatcatgatgg < 2:566423‑M2/1‑1 (MQ=255) catctccacccacggtgctcgtaaaggtctggcggataccgcactgaaaactgcgaactccggttacctgactcgtcgtctggttgacgtggcgcaggacctggtggttaccgaagacgattgtggtacccatgaaggtatcatgatgggt > 1:793712‑M2/149‑151 (MQ=255) cacggtgctcgtaaaggtctggcggataccgcactgaaaactgcgaactccggttacctgactcgtcgtctggttgacgtggcgcaggacctggtggttaccgaagacgattgtggtacccatgaaggtatcatgatgGGTGGTGACGTTa < 1:77363‑M2/13‑1 (MQ=255) gctcgtaaaggtctggcggataccgcactgaaaactgcgaactccggttacctgactcgtcgtctggttgacgtggcgcaggacctggtggttaccgaagacgattgtggtacccatgaaggtatcatgatgGGTGGTGACGTTAAagag < 2:808723‑M2/18‑1 (MQ=255) tggcggataccgcactgaaaactgcgaactccggttacctgactcgtcgtctggttgacgtggcgcaggacctggtggttaccgaagacgattgtggtacccatgaaggtatcatgatgGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATcg > 1:635188‑M2/120‑151 (MQ=255) ggcggataccgcactgaaaactgcgaactccggttacctgactcgtcgtctggttgacgtggcgcaggacctggtggttaccgaagacgattgtggtacccatgaaggtatcatgatgGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGAt < 1:792560‑M2/30‑1 (MQ=255) ggcggataccgcactgaaaactgcgaactccggttacctgactcgtcgtctggttgacgtggcgcaggacctggtggttaccgaagacgattgtggtacccatgaaggtatcatgatgGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGAt < 1:609635‑M2/30‑1 (MQ=255) taccgcactgaaaactgcgaactccggttacctgactcgtcgtctggttgacgtggcgcaggacctggtggttaccgaagacgattgtggtacccatgaaggtatcatgatgGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTg > 1:756762‑M2/113‑151 (MQ=255) 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aaactgcgaactccggttacctgactcgtcgtctggttgacgtggcgcaggacctggtggttaccgaagacgattgtggtacccatgaaggtatcatgatgGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAAc < 1:611472‑M2/50‑1 (MQ=255) cggttacctgactcgtcgtctggttgacgtggcgcaggacctggtggttaccgaagacgattgtggtacccatgaaggtatcatgatgGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGtt > 1:99359‑M2/89‑151 (MQ=255) tacctgactcgtcgtctggttgacgtggcgcaggacctggtggttaccgaagacgattgtggtacccatgaaggtatcatgatgGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTg > 1:371226‑M2/85‑150 (MQ=255) cgtctggttgacgtggcgcaggacctggtggttaccgaagacgattgtggtacccatgaaggtatcatgatgGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTActg > 2:783866‑M2/73‑151 (MQ=255) cgcaggacctggtggttaccgaagacgattgtggtacccatgaaggtatcatgatgGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTcc < 2:39230‑M2/95‑1 (MQ=255) 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tgaaggtatcatgatgGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGAACAGTGGTGTGACctgctg > 2:351345‑M2/17‑151 (MQ=255) aggtatcatgatgGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGAACAGTGGTGTGACCTGCTGGa > 2:394581‑M2/14‑150 (MQ=255) atgatgGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGAACAGTGGTGTGACCTGCTGGAAGAGAAct > 1:561466‑M2/7‑151 (MQ=255) gatgGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGAACAGTGGTGTGACCTGCTGGAAGAGAActct < 2:251995‑M2/147‑1 (MQ=255) gatgGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGAACAGTGGTGTGACCTGCTGGAAGAGAActct < 1:505692‑M2/147‑1 (MQ=255) gGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGAACAGTGGTGTGACCTGCTGGAAGAGAACTCTGTc < 1:9904‑M2/150‑1 (MQ=255) | GTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGAACAGTGGTGTGACCTGCTGGAAGAGAACTCTGTC > NC_000913/4187682‑4187980 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |