| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,764,783 | 0 | C | A | 44.7% | 53.3 / 16.9 | 38 | intergenic (‑397/+151) | sufA/ydiH | Fe‑S cluster assembly protein/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/8); new base A (0/17); total (13/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.20e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAA‑CCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTAAGTCAGG > NC_000913/1764640‑1764932 | gagaTAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGc < 2:461117/151‑1 (MQ=255) gaTAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTa < 2:449456/151‑1 (MQ=255) aaaaaaGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAA‑Cccgcc < 1:648639/151‑1 (MQ=255) aaaaGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAA‑CCCGCCGt > 1:252252/1‑151 (MQ=255) gCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAA‑CCCGCCGTTTTAac > 1:702127/1‑151 (MQ=255) gCGTACAAAAATAAAAAACCCCTTAAGTCTGTGCGACACGGGTTTAAGGGTTTCTCCCCCATCCGGCGCTTATCCCCGGCCCTCTCAGTGGTTTAGCTCTTGAG‑GGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAC‑CCCGCCGTTTTAAcaca < 1:804224/151‑1 (MQ=255) gTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAA‑CCCGCCGTTTTAACACaa > 2:328215/1‑150 (MQ=255) aaaaaTAAGAAACCCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGTTAAAGGTTTTCTCCCCCACCCGGCGTTTATCTCCGGCCCTCCCAGTGGCTTAGCTTTTAAA‑GGGGCGATAAGAATAATCTAAAAAAGCTAC‑CCCGCCGTTTTAACACAAACTg < 2:213763/148‑1 (MQ=255) 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ggggCGAAAAAAATAATCTAAAAAAGATAC‑CCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGaa < 2:66666/150‑1 (MQ=255) ggcaaaaaGAATAATCTAAAAAAGCAAC‑CCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACtt < 1:258614/145‑1 (MQ=255) ggCAATAAAAATAATCTAAAAAAGCTAA‑CCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACtt < 1:142545/151‑1 (MQ=255) aaGAATAATCTCATAAAGCTAA‑CCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGc > 2:803574/1‑150 (MQ=255) aaGAATAATCTCATAAAGCTAA‑CCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGc > 2:185457/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |