| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 29,496 | 0 | T | A | 48.1% | 62.9 / 30.9 | 54 | intergenic (+301/‑155) | dapB/carA | dihydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase small subunit, glutamine amidotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/3); new base A (0/26); total (25/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGG > NC_000913/29352‑29646 | gTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATaaaaa < 2:751656/150‑1 (MQ=255) ttGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGcc > 1:457976/1‑151 (MQ=255) ttGACCATTTAGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGc < 1:303665/150‑1 (MQ=255) gACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCAt > 2:461300/1‑151 (MQ=255) tttttttCTTCTCTTTTTTTTTTCAGGCAATCTTCGTGCGGCGCAAGCTTTTCCCAAAACAGGTTAGTGGA‑TTTTTTTTTCTTTTAGT‑CCGTTAAAAACTGCCGGAACCCAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACtttt < 2:547882/149‑1 (MQ=255) tttttttCTCCTTTTTTTATTTTAATAAAATCTTTTTGCTGCAAAAGCTTTTCCAAAAACAGTTTAAATAT‑TTTTTTTTTCGTTTATTCCTTAAAAAATTTGAATG‑CCCAAAAAAATAATAAAAAAACTCCCGCCATTAAGTTGACtt < 1:205919/147‑1 (MQ=255) ttttttCTGTTCTTTTTTATTTCATGCATTTTTCTTGGTGCGAAAGCTTTTTCCAGAACAGTTTAAATGA‑TTTTTTTTTCTCTAAATCCTTAAAAAACATGAATG‑AGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTa < 2:72124/150‑1 (MQ=255) ttttttCTGCTCTTTTTTTTTTCATGAATTCTTCTTGCTGCGCAAGCTTTTTCAAGAACAGGTTAG‑TGATTTTTTTTGTCTCTTAATCCTTGAAAAACATGCATG‑AGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACtttt < 2:587661/149‑1 (MQ=255) ttttttCTGCTCTTTTTTTTTTAATAAATTCTTCTTGCTGCGCAAGTTTTTTCAAAAACAGGTTAGATTA‑TTTTTTTGTCGTTTAATGCTTTAAAAACATGCATG‑ACCAAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACt < 1:968778/146‑1 (MQ=255) ttttCTTCTGTTTTTTATTTCATGCATTCTTTTTGCCGCAAAAGCTTTTACCAAAAATGGTAAAATAA‑TTTTTTTCTCTTTAAATCCTTAAAAAAAATGAATG‑CCCAAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAgc < 1:139101/150‑1 (MQ=255) ttttCTGCTCGTTTTTTTTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGAAAGCTTTTTCCAGAACAGTTTAGATGA‑TTTTTTTGTCGTTTAATGCCTAAAAAACATGCATG‑AGCCAAAAAATAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAgc < 2:3942/150‑1 (MQ=255) gCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCat > 2:313283/1‑150 (MQ=255) tCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtc > 2:645112/1‑151 (MQ=255) ttttttttCATGCTATTTCCTTACGGGGCACTTGTCTCCAAGAACCGGTTAGACTA‑TCTTTTTATCGTTTATGCCCTTTAAACCCTGCATG‑TCCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTcc < 2:585262/150‑1 (MQ=255) ttttATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTcc > 1:702675/1‑150 (MQ=255) tttATTTCATGAATTCTTTTTGCGGCAAAGGCTTTTCCAAGAACAGTTAAGATGA‑TTTTTTTGTCGCTAAATGCTTGAAAAACATGCAGG‑GGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCa < 2:753848/150‑1 (MQ=255) ttCATGCATTCTTTTTGCTCCGCAAGCGTTTCCCAAAACATGTTAAATGT‑TTTTTTTGTCGTTTAATCCTTAAAAAACTGGCATG‑ACCCAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATg < 2:590540/150‑1 (MQ=255) tttttGCGGCGCAAGCTTTTCCCAAAACGGGTTAGATAT‑TTTTTTTGTCGCTAAATGCCTAAAAAACTTGCATG‑AGCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGccgccg < 2:213932/142‑1 (MQ=255) ttcttccccagcAAGGTTTTTCCAAAAGAGTTTGGATCT‑TTTTTTTGTGATTTATTCCGTAAAAAACTTGCAGG‑ACCAAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGtt < 2:474487/137‑1 (MQ=255) ttcttGCTGCGCTAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGcc > 1:876814/1‑151 (MQ=255) ttcttGCTGCGCAGGCTTTTCCCAAAACAGGTTAGATGA‑TTTTTTTGCCGTTTATTGCCTTAAAAACATGCATG‑AGCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACCTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGccgccg < 2:225649/145‑1 (MQ=255) ttcttGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGcc > 2:579763/1‑151 (MQ=255) tcttGCTGCGCAAGCTTTTCCCAAAACAGTTTAGTGGA‑TTTTTTTGTCTCTTAATGCCTGAAAAACTGCCAGG‑ACCAAAAAAATAAAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGttt < 2:911196/147‑1 (MQ=255) cttGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGcc > 1:855726/1‑149 (MQ=255) aaggttttaCCAGAATGGGTTAGTTGA‑TTTTTTTTTCGCTTAATCCCTGAAAAAAACGCAGG‑AGCCAAAAAATAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATtc < 2:798738/142‑1 (MQ=255) aaGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATtcgtcg > 1:149687/1‑151 (MQ=255) ttttcCCAGAACAGTTTAGTTGA‑TTTTTTTGTCGTTTAATGCTTGAAAAACATGCAGG‑AGCAAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGt < 2:540266/148‑1 (MQ=255) tttCCAGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGc > 2:775248/1‑151 (MQ=255) tCCAGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGc > 2:909760/1‑149 (MQ=255) ccAGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGc > 1:500979/1‑148 (MQ=255) cAGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGc > 2:852346/1‑147 (MQ=255) aGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCCCAAAATAATATACAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTACAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGAtt > 1:799490/1‑151 (MQ=255) aaCAGGTTAGATGA‑TTTTTTTGTCGCTTAATGCCTGAAAAACATGCATG‑ACCCAAAAAATAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGAttt < 2:687493/150‑1 (MQ=255) aCAGGTTATATGT‑TTTTTTTGTCCCTTAATGCGTGTAAAACATGCATG‑ACCCAAAAAAAAATAAAAAAACTCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGc < 2:398491/151‑1 (MQ=255) cAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGc > 1:969742/1‑150 (MQ=255) aGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCAt > 1:445919/1‑151 (MQ=255) ttAGATAT‑TTTTTTTGTCGCTTATTCCCTGTAAAACATGCATG‑ACCAAAAAAATATAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCa < 1:874322/147‑1 (MQ=255) tAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGAt > 2:460741/1‑151 (MQ=255) tCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtc > 1:44922/1‑151 (MQ=255) tCTTTTTGTCGCTAATTGCTTTAAAAACATGCAGG‑ACCAAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTAc < 2:232146/148‑1 (MQ=255) tttttGTCGTTTAATGCCTAAAAAACATGCATG‑ACCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtc < 2:849894/149‑1 (MQ=255) tttttGTCGCTTAATCCCTAAAAAACATGAATG‑ACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtc < 2:637059/149‑1 (MQ=255) ttttGTCGTTTAATGCCTGAAAAACAGGAATG‑GCCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtcat < 2:364605/150‑1 (MQ=255) aaTGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAAtt > 1:188901/1‑150 (MQ=255) ccTGAAAAACACGCAGG‑GCCCAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAatat < 2:431570/151‑1 (MQ=255) tAAAACATGCATG‑AGACACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTTCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCa > 1:798910/1‑150 (MQ=255) aaaCATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAAt > 2:39251/1‑151 (MQ=255) aaCATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAAt > 2:570225/1‑150 (MQ=255) 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taataTAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTg > 2:421159/1‑151 (MQ=255) aataAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTg < 2:251281/150‑1 (MQ=255) atatAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTgg > 2:349112/1‑150 (MQ=255) ataAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAgg > 2:393544/1‑151 (MQ=255) taAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAggg > 1:514152/1‑151 (MQ=255) | GTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGG > NC_000913/29352‑29646 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |