| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,228,222 | 0 | T | G | 47.6% | 38.4 / 10.1 | 43 | pseudogene (388/1287 nt) | mdtQ | pseudogene; putative channel/filament proteins |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/13); new base G (20/0); total (30/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.25e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCTCG‑C‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TACCCAGGCGGGCAGTAACCT‑C‑C‑GCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACC‑GTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATC > NC_000913/2228074‑2228372 | gaagTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGttt < 1:573362/151‑1 (MQ=255) tAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGACCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGgtt > 1:401552/1‑147 (MQ=255) aaTCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATGATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCTcg < 1:531439/151‑1 (MQ=255) aTCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCTcg‑c < 1:645210/151‑1 (MQ=255) cccGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCTcg‑c‑g < 1:164474/150‑1 (MQ=255) cGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTTCTCG‑C‑Gtt > 1:397758/1‑150 (MQ=255) ttCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTTCTCG‑C‑Gtt > 1:13379/1‑148 (MQ=255) ttCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGCTTGGTccccgtcc > 1:104377/1‑143 (MQ=255) tGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTTCTCC‑C‑GTTtcgcc > 2:167097/1‑150 (MQ=255) tGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTGCTCG‑C‑GTTccgcc > 2:345220/1‑150 (MQ=255) gATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTTGC‑CG‑C‑GGTtcgcc > 2:432114/1‑149 (MQ=255) gATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTTCGCC‑C‑Gtttc > 1:664758/1‑144 (MQ=255) cTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTGCTCG‑C‑GGTCCGCCCCCCggg > 2:191640/1‑147 (MQ=255) gcgATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTTCTCG‑C‑GGTCCGCCCCCCGCGGTTTTACCG‑GAccc > 2:75691/1‑150 (MQ=255) cgATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTTCTCG‑C‑GTTTCCCCCCCCCGGCTTTTACCG‑TAccc > 2:61546/1‑149 (MQ=255) gCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCTCG‑C‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TACCCAGGCGGGCAGTAAc < 1:667757/148‑1 (MQ=255) gCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCTCG‑C‑GGTCCGCCCCCCGCGCTTTAACCC‑TACCCCGGCGGGGAGTAAcccc > 1:641285/1‑149 (MQ=255) tttttCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCCGCAATTGGC‑GGGGTTGCTCG‑C‑GGTCCCCCCCCCGCGCCTTTACCC‑CACCCCCGCGGGCGGGAAccc‑c‑c‑ccc > 1:13201/1‑151 (MQ=255) tttCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCTCG‑C‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TACCCAGGCGGGCAGTAACCT‑C‑C‑Gccc < 1:183274/150‑1 (MQ=255) ttCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTTCTCG‑C‑GTTTCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TACCCAGGCGGGCAGGAACCT‑C‑C‑Gccc > 2:743195/1‑149 (MQ=255) ttGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTGCTCG‑C‑GTTCCCCCGCCCCGGCTTTTACCC‑TACCCCGGCGGGGAGGGACCT‑C‑C‑CCCCGGTTCttt > 2:181460/1‑151 (MQ=255) ctgcAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCCGCAATTGGC‑GGGTTTGGTCC‑G‑GGTCCCCCGCCCCTGCTTTAAACG‑TACCCAGGCGGGGCGTCAACT‑C‑CGGCCGGATTTTTTc > 2:240674/1‑150 (MQ=255) tgcAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTGCTCG‑C‑GTTTCCCCGCCCGGGCTTTTACCG‑TACCCCGGCGGGGAGTAAACT‑C‑C‑CCCCGATTCTTTcccc > 2:148133/1‑151 (MQ=255) gcAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCTCG‑C‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TACCCAGGCGGGCAGTAACCT‑C‑C‑GCCCGATTCTTTCCCCa < 2:273260/151‑1 (MQ=255) aaGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCTCG‑C‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TACCCAGGCGGGCAGTAACCT‑C‑C‑GCCCGATTCTTTCCCCAGa < 2:397804/151‑1 (MQ=255) gACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCTCG‑C‑GTTCCGCCCCCCCTTCTTTAAACC‑GACCCAGGCGGGGCGGAAACC‑C‑C‑CCCCCCTTCTTTCCCCCGat > 1:487863/1‑150 (MQ=255) gACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTGCTCG‑C‑GGTCCGCCCCCCGTGCTTTTACCC‑GACCCCGGCGGGGAGTAACCT‑C‑C‑GCCCGATTCTTTcccc > 2:105116/1‑146 (MQ=255) ccGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTTCTCC‑C‑GGTCCGCCCCCCCTGCTTTTAACC‑CACCCCGGCGGGGAGGAAACT‑C‑C‑CCCCCATTTTTTtccc > 1:260113/1‑144 (MQ=255) tgtTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTTCTCGCC‑GTTCC‑CCGCCCCTGCTTTTACCC‑TACCCCCGCGGGCAGGAAACTCC‑C‑CCCCGATTTTTTcccccatattcgg > 1:19504/1‑142 (MQ=255) ttAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCTCG‑C‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TACCCAGGCGGGCAGTAACCT‑C‑C‑GCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGAt < 1:188766/150‑1 (MQ=255) tAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCTCG‑C‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TACCCAGGCGGGCAGTAACCT‑C‑C‑GCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGAt < 2:642376/149‑1 (MQ=255) aaCGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCCACGCTCCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTTCCCG‑C‑GGTCCCCCGCCCGCGGCTTAACCC‑TGCCCCGGGGGGGCGTAAACT‑CTC‑CCCCGATTTTTTCCCCaagaatgag > 1:141522/1‑138 (MQ=255) cTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTGCTCG‑C‑GTTTCCCCGCCCGGGCTTTAACCGTTAACCAGG‑GGGCAATAACAC‑C‑C‑CCCCGCTTTTTTTCCCCAAAATTGAGATG‑GCCGccccc > 2:566191/1‑148 (MQ=255) ggTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTGCTCC‑C‑GTTCCGCCGCCCCGGCTTTTACCG‑CACCCCGGCGGGGAGGAAACT‑C‑C‑CCCCCATTTTTTTCCCCGATATTGAGATG‑GCCGcccccccgt > 1:171633/1‑148 (MQ=255) ccACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTTCTCC‑C‑GGTCCCCCGCCCCTGCTTTTACCG‑TACCCCCGCGGGCAGTAAACT‑C‑C‑GCCCCCTTCTTTTCCCCCATATTGAGATG‑CCAGcccccccctaaacc > 1:448981/1‑142 (MQ=255) aCTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTGCTCG‑C‑GTTCCCCCCCCCCTGCTTTAAACG‑TAACCAGGCGGGCAGTAAACT‑C‑C‑GCCCGATTTTTTCCCCAGATATCCAGATG‑CCAACCCCCCCTTAAAccca > 2:232422/1‑148 (MQ=255) ccccAGTACGGGCGGGCTCCGCTCCCAGCCAGAAATGGGC‑GGGTTTGCTCG‑C‑GTCCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TCCCCAGGCGGGAAGTACCCC‑C‑C‑GCCCGATTCTTCCCCCAGATATCGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAg < 2:755678/150‑1 (MQ=255) ccatgacgggCGGGCCACCCTCCCCCCCGGCATTTGGC‑GGGTTTCCCCG‑C‑TTCCCGCCGCCCTTGCTTTACCCG‑TCCCCGGGCGGGCTGTCCCCT‑C‑C‑GCCCGATTCTTCCCCCAGATATGGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGt < 1:205313/142‑1 (MQ=255) aCAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTGCTCC‑CGGTTCCCCCCCCCCGGCTTTACCCG‑‑ACCCCGGGGGGCCGGAAACC‑C‑C‑CCCCCCCTCTTTTCCCCCATATCCGGAAGTCCACCCCCCCCTTAACCCaaaaaaac > 1:398553/1‑144 (MQ=255) ggCGGGTTCCGCTGCCCACCAGAAATTGGC‑GGGTTTTCTCG‑C‑CTCCCCCCGCCCGTGTTTTACCCG‑TACCAAGGCGGGAAGTATCCT‑C‑C‑GCCCGATTCTTCCCCCAGATTTCGAGTTG‑CCCACCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACC‑GTTGgt < 1:741180/151‑1 (MQ=255) gggCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTTCTCG‑C‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TACCCAGGCGGGCAGTAACCT‑C‑C‑GCCCGATTCTTTTCCCAGATATCGAGATG‑CCAGCCCCCCGGTAAGCCAAAAGTACC‑GTTGgtgt > 2:374511/1‑150 (MQ=255) gcAATTGGC‑GGGGTTGCTCG‑C‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TACCCAGGCGGGGAGGAACCT‑C‑C‑CGCCCATTCTTTCGCCCCATATCGAGAGG‑CCAGCCCCGCGTTAAGGCCACAGTACCGGTTGGTG‑ACCAACGGCCGGGCggtcc > 1:203923/1‑147 (MQ=255) ggggggTTGGCTCG‑C‑GTCCCCCCGCCCGTGCTTTACCCG‑TCCCCGGGCGGGCATAACCCC‑C‑C‑GCCCGATTCTTCCCCCAGATATCGAGAGG‑CCGGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACC‑GTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGc < 1:61519/145‑1 (MQ=255) gggTTTGCTCG‑C‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TACCCAGGCGGGCAGTAACCT‑C‑C‑GCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACC‑GTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCgg > 1:173389/1‑151 (MQ=255) gTTTGCTCG‑C‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TACCCAGGCGGGCAGTAACCT‑C‑C‑GCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACC‑GTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGAt > 1:107823/1‑151 (MQ=255) tttGCTCG‑C‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TACCCAGGCGGGCAGTAACCT‑C‑C‑GCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACC‑GTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATc > 1:524340/1‑151 (MQ=255) | GAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCTCG‑C‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TACCCAGGCGGGCAGTAACCT‑C‑C‑GCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACC‑GTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATC > NC_000913/2228074‑2228372 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |