| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,378,802 | 0 | A | C | 43.6% | 96.3 / 11.8 | 55 | V48G (GTA→GGA) | ampC | penicillin‑binding protein; beta‑lactamase, intrinsically weak |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/1); new base C (0/24); total (30/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAAC > NC_000913/4378655‑4378942 | ccTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑accg > 1:492574/1‑151 (MQ=255) cGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑accgcca < 2:717719/151‑1 (MQ=255) gAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑accgccac > 2:955667/1‑151 (MQ=255) cAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑accgccaccgc > 2:1095322/1‑151 (MQ=255) cGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATAcc > 1:976647/1‑151 (MQ=255) accaAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATc > 2:251843/1‑151 (MQ=255) cGCCATTAATTTTTTTGCGGCCCGAACCTACCCCAAACACCTTTTGCTGTGTGACGGGCTTTTTTTGGGCGATGCCCGCATGCCCCCAGGAAAAGAAATAAGTTTTCCCCT‑AATAATTT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATc < 2:113756/143‑1 (MQ=255) cGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTttgttg > 2:664564/1‑151 (MQ=255) cGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTttgttg > 1:995629/1‑151 (MQ=255) gCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGc > 2:1019175/1‑151 (MQ=255) gCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGc > 2:471182/1‑151 (MQ=255) aGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGctct > 2:105601/1‑151 (MQ=255) aGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGctct > 2:726734/1‑151 (MQ=255) ttttttGCTGCCCAACCCAAACACAAACACCTTTTGCTGTGTGACGGGCTTTTTTTGGGCGATGCCCGCATAGCCCCAGGAAAAGTAAAAAGTTTTCCCCT‑AAAAAATT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAg < 2:340603/148‑1 (MQ=255) cTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTa > 1:372073/1‑150 (MQ=255) ccaaactaacctaaaaCACCGTTTGTTGTGTGGCGGGTTTTTTTTGGGCGTTGTCCGCAAACCCCCAGGAAAAGAAATAAGTTTTCCCCA‑AATAAATC‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTaa < 2:1120473/134‑1 (MQ=255) ccGACCCAAACCCAAACAATTTTTGTGGTGTGAGGGGTTGTTTTTTGGCGTTGCCCGCATCCCCCCAGGAAAAGAAATAGGTTTTCCCCT‑AAAAATTT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCggg < 1:45055/143‑1 (MQ=255) ccGAACCAACCTAAAACAACTTTGGCTGTGTGAGGGGTTTTTTTTGGGCGATGTCCCCATACCCCAAGGAAAAGTAATAAGTTTTCCCTT‑AATAAATT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATtg < 2:429996/150‑1 (MQ=255) ccaaacaaaaaaaaCTTTTGTTGTGTGACGGGCTTTTTTTTGGCGTTGCCCGCAGCCCCCAAGAAAAAGTAAAAAGTTTTACCCT‑AAAAATTG‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGa < 1:830345/142‑1 (MQ=255) cTAACTCAAACAACGTTTGCTGCGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATg > 1:168414/1‑151 (MQ=255) aaCTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGc > 1:217550/1‑150 (MQ=255) aCTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGcac > 1:216125/1‑151 (MQ=255) aaaCAACTTTTGCTGGGTAACGGTCTTTTTTTTGGAG‑TGTCCCCCACACCCCATTAAAAAGAAAAAAGTTTTCCCTAAAAAAATT‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAata < 1:680864/151‑1 (MQ=255) acaacTTTTGCTGGGTGAGGGGTTTTTTTTTGGCGTTGCCCGCATACCCCAAGGAAAAGAAAAATGTTTTCCCCT‑AAAAATTC‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATc < 2:89628/151‑1 (MQ=255) aacGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGt > 1:351043/1‑151 (MQ=255) tttGGTGTGTGGGGGGCTTTTTTTTGGCGATGCCCGCATCGCCCGAGAAAAAGTAATAAGTTTTCCCCT‑GAAAAATC‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGtt < 1:104747/148‑1 (MQ=255) tttGCTGTGTGACGGGCTTTTTTTTGGGGATGCCCGCATACCCCCGGAAAAAAAAAAAAGTTTTCCCTT‑AAAAAATC‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGa < 2:348084/150‑1 (MQ=255) tgttgtgggAGGGGCTTTTTTTTGGCAATGCCCCCAACCCCCCAGAAAAAGAAATAGTTTTTCCCCT‑AAAAAATC‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTg < 1:150465/144‑1 (MQ=255) gctgttgggggggCTTTTTTTTGGGGATGTCCCCATGCCCCGAGAAAAAGTAAAAGGGTTTCCCTT‑AAAAAATC‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGAttt < 2:861270/140‑1 (MQ=255) gctgctTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAat > 1:232787/1‑127 (MQ=255) ctgctTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGgcagc > 2:284972/1‑150 (MQ=255) ctTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAt > 2:292548/1‑151 (MQ=255) tttttGGCGTTGCCCACATACCCCCAGAAAAAGAAAAAGGTTTTCCCCT‑AAAAAATC‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGATAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCaa < 2:285001/148‑1 (MQ=255) ttttgGGCGATGCCCGCAAAGCCCCGGGAAAAGTAATAGGGTTTCCCCT‑GATAAATT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCaa < 2:623396/148‑1 (MQ=255) ttttgGGCGATGCCCGCA‑AACCCCAGGAAAAATAAAAAGGTTTTCCCC‑AAAAAATTCCCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGgcagca < 1:270583/147‑1 (MQ=255) ttttGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAtg > 1:685116/1‑150 (MQ=255) ttttGGCAATGCCCGCAACGCCCCAGTAAAAGTAA‑AAAGTTTTCCCT‑TAAAAATTCCCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAtg < 1:946313/150‑1 (MQ=255) tttgggcgagtcccGCATGCCCCCGGAAAAAGTAATGAGTTTTCCCGG‑AAAAAATC‑CCCGCAACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAtg < 2:1010318/138‑1 (MQ=255) tttGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAtgtg > 1:1082135/1‑151 (MQ=255) tttGGCGATCCCCGCATACCCCAAGGAAAATTAATAATGTTTCCCCT‑GAAAAATT‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAtgt < 1:423831/150‑1 (MQ=255) tGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTgg > 2:543467/1‑150 (MQ=255) ggggATGCCCGAATAGCCCCAGATAAAGAAATAAGTTTTCCCCT‑AAAAATTC‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAg < 2:74521/148‑1 (MQ=255) ggCGATGCCCCCACACCCCCAGTAAAAGTAATAAGGTTTCCCCT‑AATAAATT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAtgtg < 2:913837/148‑1 (MQ=255) tCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGGTGCTCTATAAGCGGGGGAATTGTGCGAGGCACAATATCGGTGATTTGTTGAAGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAgg > 2:72955/1‑151 (MQ=255) tAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGta > 1:507200/1‑150 (MQ=255) aGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGtaat > 1:274078/1‑151 (MQ=255) gaaaaagaaaaagtttttCCCCT‑GAAAATTC‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATtaataa < 2:1013455/135‑1 (MQ=255) tAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAgg > 1:216490/1‑150 (MQ=255) aaGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGgcgc > 2:304032/1‑151 (MQ=255) aaGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGgcg > 2:477143/1‑150 (MQ=255) gTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGgcgc > 1:543380/1‑149 (MQ=255) aataaGTTTTCCCTT‑AATAAATT‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCaga < 2:543440/150‑1 (MQ=255) aaaaaGTTTTCCCCT‑AAAAAATC‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCaga < 2:293330/147‑1 (MQ=255) ataaGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCagag > 1:795838/1‑150 (MQ=255) gTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGcgtcg > 1:230165/1‑150 (MQ=255) tttACCCT‑AAAAAATC‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGcgtc < 1:673957/148‑1 (MQ=255) tcccccT‑AAAAATTT‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGtt < 2:1109787/147‑1 (MQ=255) cccT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTg > 1:301544/1‑150 (MQ=255) t‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAAc > 2:395356/1‑150 (MQ=255) | CCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAAC > NC_000913/4378655‑4378942 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |