| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,903,692 | 0 | C | A | 41.8% | 84.3 / 27.6 | 55 | intergenic (+318/+1055) | ygcE/queE | putative kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase; queosine biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/30); new base A (23/0); total (25/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.61e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.79e-01 | |||||||||||
AAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGC‑TTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACG > NC_000913/2903550‑2903841 | aaGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCAtt < 1:355315/151‑1 (MQ=255) aGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTACAACCACTCATTa < 1:218335/151‑1 (MQ=255) aaCTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑aaa < 1:28700/150‑1 (MQ=255) tACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTTAAAACACTCCTTATCCT‑C‑aaaa > 1:502560/1‑148 (MQ=255) cTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTTAAAACACCCATTATACT‑C‑CAaaaaaaaa > 2:107049/1‑148 (MQ=255) aTGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGAC‑AAAc < 1:378833/151‑1 (MQ=255) cTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTTAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAAAACTCATTAGCCT‑C‑CAaaaaaaaaa‑aaa > 2:257595/1‑146 (MQ=255) aCAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGATTTATTACTTa < 1:313251/151‑1 (MQ=255) aaTACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTTTAAAAACACATTATACT‑C‑AAAACAAAAAA‑AAAATTCCAGATTTATTAttt > 1:47317/1‑148 (MQ=255) aCGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGATTTATTACTTAACCa < 2:859027/150‑1 (MQ=255) aCGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGATTTATTACTTAACCa < 2:134133/150‑1 (MQ=255) aaTCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAAACACTCATTAACCT‑C‑AAAAAAAAAAA‑AAAATTTCAGATTTTTTACTTAAACAATg > 2:152286/1‑150 (MQ=255) aTCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGaa < 1:474039/151‑1 (MQ=255) 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aaCCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGC‑TTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAAc < 2:718949/151‑1 (MQ=255) aaCCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGC‑TTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAAc > 1:83705/1‑151 (MQ=255) ccACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGC‑TTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACg > 2:485679/1‑150 (MQ=255) | AAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGC‑TTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACG > NC_000913/2903550‑2903841 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |