| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 17,041 | 0 | G | C | 43.9% | 48.1 / 20.9 | 41 | intergenic (‑81/‑448) | mokC/nhaA | regulatory protein for HokC, overlaps CDS of hokC/sodium‑proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/7); new base C (0/18); total (16/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.56e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCC‑TCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAG‑CACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTAT > NC_000913/16896‑17186 | tgctTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCC‑TCGGGTTGATGGTAAAATATAACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCt > 2:152787/1‑149 (MQ=255)tgctTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGCCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCC‑TCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGCCAAACAGCCTc > 2:641699/1‑150 (MQ=255) gCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCC‑TCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAG‑CACccgc > 1:188075/1‑151 (MQ=255) tcCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCC‑TCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAG‑CACCCGCCGCtattat > 1:478646/1‑151 (MQ=255) cTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCC‑TCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAG‑CACCCGCCGCTATTatat > 1:677641/1‑151 (MQ=255) ccTTCCGGAAAGTAAGAGGCCCTCTACAGGTGTTCAGAAAATAGGAGGCC‑GGGGTTGGATAAAAAAAAACCCCTCGGGCTTTTTCTCTATCTGCCGTCCAGCAAATGCCTGAAACAGACAGCCAAAAG‑CACCCGCCGCTATTATATCGct < 2:797674/150‑1 (MQ=255) ttACGGTCAGTAAGAGGCAATCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCC‑TCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAG‑CACCCGCCGCTATTATATCGctct > 2:250903/1‑150 (MQ=255) tACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCC‑TCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAG‑CACCCGCCGCTATTATATCActctct > 1:559921/1‑151 (MQ=255) ggTCATAAAGAGCCACTCTACATTTGTTCAGCATA‑AGGGGGCCTTGGGGTTGATGAAAAAATTCCCCTCGGGTTTTTTCTCTACCTCCCGTTCATTTAATCCCGGAGCCAGACACCCTAAAC‑CACCCGCCGCTATTATATCGctct < 2:365932/146‑1 (MQ=255) ggTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTTTTCAGCATATAGGGGCCC‑TGGGGTTGATGTTAAAATCTCACCCGGGGTTTTTCTCTTTCTGCCTTTCAGCAAATCCCGGAGACAGACACCCTCAAG‑CACCCGCCGCTATTATATCGctctct < 1:356089/148‑1 (MQ=255) ctACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCC‑TCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAG‑CACACGCCGCTATTATATCTCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTa < 1:609723/149‑1 (MQ=255) tgttTTCAGCATATAGGAGGCT‑GGGGGTGGAGGAAAAAATCTCACTCGGGTTTTTTCTCTTCCCGCCTTTCAGCAAATGCGTGACAAAACCACCTTCAAG‑CCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATc < 2:699734/146‑1 (MQ=255) gCATATAGGAGGCC‑TCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAG‑CACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTg > 1:234749/1‑151 (MQ=255) ggaggCC‑TCGGGTTAATGAAAAAATATCCCTCGGGTTTTTTCTCTATCTGCCTTTCATCAAACGCCGAACACACACACCCTCAGG‑CCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACg < 1:117098/150‑1 (MQ=255) ggagcCC‑TGGGTTTGATGGAAAAATACCCCGGGGGGTTTTCCTCTATCTCCCGTCCAGCAAAGGCCTGAGACAGACACCCTAAAG‑CCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGaa < 1:292165/146‑1 (MQ=255) gggccc‑TGGGTTTGATGATAAAATATCCCTCGGTTTTTTTCTTTCCCGCCCTTTCATTTAATCCCTGAAAAAAACACCCTAAAC‑CACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGa < 2:1393/140‑1 (MQ=255) gaccccttgtgTTGATAGAAAAATCTCCCTCGGGCTTTTTCTCTCTCTGCCTTTCAGTTAATCCCGGAGACAACCACCCTAAAG‑CCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTg < 2:804862/133‑1 (MQ=255) ggCC‑TCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAG‑CACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTc > 1:211033/1‑151 (MQ=255) c‑TCGGTTTGATAGTAAAATATCACGCGGGGTTTTTCTCTATCGCCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACACACAGCCTCAGG‑CCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGaa < 2:587165/140‑1 (MQ=255) c‑TCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAG‑CACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGaa > 1:587348/1‑140 (MQ=255) cGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAG‑CACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCAtt > 1:276228/1‑151 (MQ=255) ggTTTATGAAAAATTCTCCCTCGGGTTTTTTCTTTATCTGCCTTCCATCTATTCCCTGAGACACAC‑GCCTTAAGCCCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCAtttt < 2:427544/151‑1 (MQ=255) ttGATGGTAAAATATCCCGCGGGCTTTTTCTCTATCGGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAAACACCCTCAAG‑CCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCAtttt < 1:243835/149‑1 (MQ=255) 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cGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAG‑CACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATg > 1:567099/1‑150 (MQ=255) gggttttttCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAG‑CCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATg < 1:569240/144‑1 (MQ=255) gggttttttCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACACCCTCAAG‑CCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGa < 1:627052/145‑1 (MQ=255) ggttttttctttttctGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACACCCTCAAC‑CACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGAtt < 1:860974/147‑1 (MQ=255) ggttttttCTCTCTCTGCCTTTCAGCTAATGCCTGAGACAAACACCCTCAAG‑CACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGAt < 2:138142/146‑1 (MQ=255) ggCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAG‑CACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGAttt > 2:766419/1‑151 (MQ=255) ttttCTCTACCTGCCGTTCAGCTAATGCCGGAGACAGACACCCTAAAG‑CCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGAttt < 1:401658/148‑1 (MQ=255) tATCTGCCGTTAATCTAAGCCCTGAAACAGACCCCCTCAAC‑CCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAattatt < 1:19587/148‑1 (MQ=255) ttCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAG‑CACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAAt < 1:367280/149‑1 (MQ=255) cAGCAAATGCCTAAGAAAGACACCCACAAC‑CCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTa < 2:817820/139‑1 (MQ=255) 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TGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCC‑TCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAG‑CACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTAT > NC_000913/16896‑17186 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |