| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,665,702 | 0 | C | A | 46.1% | 83.5 / 54.5 | 76 | A37S (GCG→TCG) | gadX | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/6); new base A (0/35); total (35/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.14e-16 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGC‑ATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATG > NC_000913/3665557‑3665852 | tgaACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGC‑ATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCaaaa > 2:632170/1‑150 (MQ=255) gaACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGC‑ATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAAc > 1:406023/1‑151 (MQ=255) aaCGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGC‑ATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAAcc > 2:335989/1‑151 (MQ=255) tAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGC‑ATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑Tc > 1:942172/1‑150 (MQ=255) aaTGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGC‑ATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑TCAc > 1:544959/1‑151 (MQ=255) aagaaACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGC‑ATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑TCACCGcc < 1:783081/151‑1 (MQ=255) agaaACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGC‑ATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑TCACCGCCa < 1:457478/151‑1 (MQ=255) aaaCTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGC‑ATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑TCACCGCCAtt > 2:106011/1‑151 (MQ=255) cTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGC‑ATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTaa > 1:363844/1‑150 (MQ=255) ttttATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGC‑ATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAAt > 1:84437/1‑150 (MQ=255) gaataaatttttATTCCCCCCTCCTGAACC‑ATCGGAAAAAATAATAAAAGCGTTC‑CCTTTGACACAAATAAAAATTTTTCAACACCTTTTTCTACACAAATTTGGTTTGCACCCGAAAAACCAAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGata < 2:896195/140‑1 (MQ=255) gCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGC‑ATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATAtt > 1:767600/1‑151 (MQ=255) gCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGC‑ATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATAtt > 1:300997/1‑151 (MQ=255) aTGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGC‑ATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTc > 1:818011/1‑150 (MQ=255) aaaaTTAAATCCCTCC‑CCTTGAACAATGGGGAAAAATAATAAAAGCGTGC‑CCTTTAACAAAAATAAAAAATTTTAAACACACTTATCTCCTAGATTTTGGTTTCCATCCAAAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCAcc < 1:796172/147‑1 (MQ=255) gATTTAATGCCTCCTCCTTGAGC‑ATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCAtt > 2:550551/1‑151 (MQ=255) tttAATGCCTCCTCCTTGAGC‑ATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTa > 2:872775/1‑150 (MQ=255) tttAATCCCTCCTCCTTGAGC‑ATGGGGAAAAATAATAAAAGCGTGT‑CCCTTGACACAAATACAAAATTTTCAACACCTTTATCTCCTCAATTTTGGCTTGCATCCGAAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCAtt < 1:41342/149‑1 (MQ=255) ttAATCCCTCCTCTTTGAGC‑AGCGGGAAAAAAAATAAAAGCGTGT‑CCCTTGACACAAATAAAAAATTTTCAACACCTTTATCTCCTCAATTTTGGCTTGCACCCGAAAAACCCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTaa < 1:942475/150‑1 (MQ=255) aaTGCCCCCTCCTGGAGC‑ATGGGGAAAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACAAATAAAAAATTTTCAACCCACTTATCTACTCGATTTTGGCTTGCATCCGAAAAAACCGGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAcc < 1:256349/150‑1 (MQ=255) atccctcctcctTGAGC‑ATCGGGAAAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACAAATAAAAAATTTTCAACACCCTTATCTCCTCAATTTTGGCTTGCACCCGAAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCAt < 1:44363/148‑1 (MQ=255) cctcctcttTGAGC‑ATCGGGAAAAATAATAAAACCGTGC‑CCTTTGCCACAAACAAAAAATTTCAATCACACTTATCTACTCAAATTTTGCTCGCACCCTCAAAACCAAGG‑TCGCCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATg < 2:715471/149‑1 (MQ=255) ctcctcctTGAGC‑ATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTg > 1:529026/1‑151 (MQ=255) ctccccctGGAGC‑ATCGGGAAAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACAAGAAAAAAAAATTATAAACCCACTTATCTACTCGAATTTGCCTTGCACCCGAAAAACCCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATgg < 2:70065/149‑1 (MQ=255) tcctcctTGAGC‑ATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTg > 2:14283/1‑150 (MQ=255) cctcctTGAGC‑ATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTg > 1:587041/1‑149 (MQ=255) ctcctGGGGC‑ATGGGAATAAATAATCAAGGCGTCT‑CCTTTGACATAAAAAAAAAATTTAAAACACCCTTATCTCCTCGAATTTGGTTTGAATCCAAAAAACCCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCGCCATTAACCATGGt < 1:558526/147‑1 (MQ=255) gAGC‑ATGGGGAAAAAAAATAAAAGCGTTC‑CCCTTGACACAAAAAAAAAATTTCCACCACCTTTATCTCCTCAATTTTGGTTTGCACCCGAAAAACCCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAatat < 1:43737/149‑1 (MQ=255) gAGC‑ATCGGGAAAAAAAATAAAAGCGTGT‑CCCTTGACACAAATAAAAATTTTTCAACACACTTATCTACTCGATTTTGGCTTACACCCGAAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAat < 1:468138/147‑1 (MQ=255) aagcGGGAGAAATAAAGAAGGGTTGT‑CCAGAGACAAGAATAAAAAATTTAAAAACTTTTTTTCTCCTAGAGTTTGGTTGGCACCCGAAAAAAACGGG‑AAACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTa < 2:648344/148‑1 (MQ=255) tCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATg > 1:582975/1‑151 (MQ=255) cGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTCAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATg > 2:28993/1‑150 (MQ=255) gggAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTc > 2:853136/1‑151 (MQ=255) gggAAAAATAATAAAAGCGTGT‑CCTTTGACACAAATAAAAAATTTCCACCACTTTTATCTCCCCTATTTTGGCTTGCATCCGAAAAAACCGGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTa < 1:542344/147‑1 (MQ=255) gggaaaaaaaaagaaGCGTTTCCCCTTCACACAAATAAAAAATTTCAAACCCCCTTTTCTCCGCGAATTTGCCTTGCTTCCGCAAAACCCGGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGt < 1:948297/137‑1 (MQ=255) ggAAAAATAAGGAAAGCGTGT‑CCTTGGACACGAATAAAAAATTTTAAACACATTTCCCTCCCCGAATTTGGCTGGCACCCAAAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCt < 1:360153/151‑1 (MQ=255) gaaaaaaTAATAAAGGCGTGC‑CCCTTAACACAAAAAAAAAATTTTCAACACATTTATCTACTCAATTTTGTTTGGCATCCGAAAAACCAAGT‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATAtt < 2:803724/140‑1 (MQ=255) agaAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTg > 2:674712/1‑151 (MQ=255) aaaTAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACAAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTCCTCGATTTTGGCTTGCATCCGAAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCa < 1:246348/151‑1 (MQ=255) aaaTAAGGAAAGCGTGT‑CCTTTAACACAAATACAAAATTTTCAACACTCTTATCTACTCAAATTTGGTTTGCATCCGAAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGc < 2:136847/150‑1 (MQ=255) tGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGc > 1:370158/1‑150 (MQ=255) tGAAAGCGTGC‑CCCTTGAAACGAATACAAATTTTACAACACACTTATCTACAAAATTTTGGCTTGCACCCAAAAAACCCGGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGc < 2:628253/150‑1 (MQ=255) ataaaaccgctccccTTAAAACGAATCCAAATTTTTAAACTCATTTATCTTCAAAATTTTGTTTTGCCTCCGAAAAAACCAGC‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATAc < 1:254488/137‑1 (MQ=255) 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TGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGC‑ATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGT‑CCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGG‑TCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATG > NC_000913/3665557‑3665852 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |