| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,001,918 | 0 | A | C | 41.1% | 88.8 / 12.4 | 57 | intergenic (‑129/+192) | fliA/fliC | RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor/flagellar filament structural protein (flagellin) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/7); new base C (0/23); total (26/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.85e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAAT‑CGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGG > NC_000913/2001770‑2002065 | gCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAAT‑CGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAAcc > 2:743952/1‑151 (MQ=255) taGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAAT‑CGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCccgccg > 2:744944/1‑151 (MQ=255) taGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAAT‑CGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCccgcc < 1:918287/150‑1 (MQ=255) atttCACGAAAAACAGCCCGGCTTTATAGGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAAT‑CGGACGATTAGTGGGTAAAATGAGGGTTTATTTGGGGGTTACAGGAAAATTCCAGCCAGAAAAAAACCCCGCCGGTg < 1:537108/145‑1 (MQ=255) aTAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCGGGTTTTTTAAT‑CGGACGATTAGTGGGTGAAAGGGGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATCCCAGGCAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGaa < 2:960706/147‑1 (MQ=255) tAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAAT‑CGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACg > 1:877614/1‑151 (MQ=255) accAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCTTTTCTGCAGGGTTTTTAAT‑CGGACGATTAGTGGGTGAAATGGGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGt < 1:966119/148‑1 (MQ=255) aaCAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAAT‑CGGACGATTAGGGGGTGAAAGGAGGGTTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGtt < 2:820153/151‑1 (MQ=255) 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ggACGATTAGGGGGTAAAATGGGGGTTTTTTGGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACa < 2:301058/149‑1 (MQ=38) gACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaa > 2:462432/1‑150 (MQ=255) aaagATTAGTGGGTGAAATGAGGGTTTTTTTGGGGTTTACAGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaaa < 1:897544/148‑1 (MQ=38) aCGATTAGTGGGGGAAAGGAGGTGTTTTTTGGGTGTAACAGGTAAATCCCAGACAGAAAAACACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaaa < 1:128319/150‑1 (MQ=37) aTTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGGAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaaaa > 1:657768/1‑148 (MQ=255) 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ggTAAATTCCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCt < 2:644055/150‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATa < 1:705493/151‑1 (MQ=255) aaTTCCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATaa < 2:758397/151‑1 (MQ=255) ccAAGCAGAAAAAAACCCAGCCGGTGGCGGGGAAGGACGATCCTGGCAAAAGATGCTTTCTGTCGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTCAGCAGCTTTGCAAGTTGAATCAGTTCCAATTCAACGTGGAGGCCCGAGAagcgc > 1:526451/1‑151 (MQ=255) aaacCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAgg < 1:919766/151‑1 (MQ=255) | GCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAAT‑CGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGG > NC_000913/2001770‑2002065 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |