| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,206,435 | 0 | C | T | 44.6% | 50.2 / 36.4 | 58 | intergenic (‑179/‑28) | ttdR/ttdA | transcriptional activator of ttdABT/L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/24); new base T (25/0); total (34/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.52e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGC‑AAC‑AGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGA‑TTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAA > NC_000913/3206287‑3206583 | gtgtATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCa < 1:234744/151‑1 (MQ=255) gtATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGa < 2:494370/151‑1 (MQ=255) aaCATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACaaaa < 2:856727/151‑1 (MQ=255) tGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGGATTTTTTCAGACAAATACAAAAACTgg > 1:477432/1‑151 (MQ=255) tGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTg < 2:884691/150‑1 (MQ=255) ccATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTTAAACAAAAAAAAAAAc > 2:182769/1‑146 (MQ=255) ccATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAg < 2:923243/151‑1 (MQ=255) cATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGt < 2:688371/151‑1 (MQ=255) ttCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCAAACAAATAAAAAAACTGGAGGTg > 1:629567/1‑151 (MQ=255) tCCCTGCTCTGGCGCAATCTTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACTAACTGTTAATTACATATTCACGGTCGCAACTAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGTC‑GGTGTCATTTTCCTTACAACTAaaaaaaaatgggattt > 2:427731/1‑141 (MQ=255) tCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTg < 1:739886/150‑1 (MQ=255) cTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCAGAAAAAAAAAAAAAATGGAGTTGTCa > 2:374202/1‑150 (MQ=255) gCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCCGACAAAAAAAAAAAATGGAGGTGGCat > 1:813063/1‑149 (MQ=255) tGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAACAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTAAGTAAAAAATAAAAAATGGattggtgatg > 2:1026212/1‑137 (MQ=255) ggCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCAtgatga < 1:466118/149‑1 (MQ=255) cAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGaaa < 2:648186/151‑1 (MQ=255) atatTCATTCTTATTTTCGCTTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAgg < 2:337106/151‑2 (MQ=255) attcattcTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGtaa < 2:993514/151‑1 (MQ=255) ttcattcTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGAGAAATTTTTTAAAAAAAAATAAAAAATGGAGtttggatg > 2:270922/1‑130 (MQ=255) cattcTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGtaataa < 1:909702/151‑1 (MQ=255) aTTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGC‑AAC‑a < 1:885380/150‑1 (MQ=255) tttCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAAATTTTTCAGACAAATAAAAAAAATGGAGGTGGCATGATGAGCGGAAGGAATAAAC‑aaaa > 2:535652/1‑146 (MQ=255) tGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGGAATTTTTCAGACAAATAAAAAAAATTGAGTTGCCATGATGAGTGAAAAAAATAAAA‑AAA‑AGGCAGAGaa > 2:757849/1‑149 (MQ=255) gATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGC‑AAC‑AGGCAGTGAATaa < 1:687962/151‑1 (MQ=255) gATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGC‑AAC‑AGGCAGTGAATaa < 1:523334/151‑1 (MQ=255) aTTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGC‑AAC‑AGGCAGTGAATa < 1:603270/149‑1 (MQ=255) ttCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCCGACAAAAACAAAAACTGGAGGTGGCATGATGAGCGAAAGGAATAAAC‑AAC‑AAGCAGGGAATaa > 1:94484/1‑149 (MQ=255) aCGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCAGACAAAAAAAAAAAATGGAGGTGCCATGATGAGGGAAAAAAAAAAAC‑AAC‑AAGCAGGGAATaa > 1:452893/1‑146 (MQ=255) gAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGAGAATTTTTTCAGGCAAAAAAAAAAAATTGAGGTTGCATGGTGATAGAAAATAATAAGG‑AAA‑AGGCAGTggagaaagttaa > 1:321497/1‑139 (MQ=255) tAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGAGAAATTTTTCAGACAAAAACAAAAAATGGAGTTTCCATGATGAGCGCAAGAAAAAAAC‑AAA‑AAGCAGGGAATAAATTTACa > 2:389770/1‑144 (MQ=255) cATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGGAATTTTTTAGAAAAATAAAAAAAAAGGAGGTGCCATGATGGGCGAAAATAATAAAA‑AAC‑AAGCAGTGAAAAAGGTGTAAGAGA‑ATGGCGCt > 1:873878/1‑150 (MQ=255) atatTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAAATTTTCCAGCCAAATAAAAAAAATTGGGTTGGCATGATGAGGGAAAATAATAAGA‑AAA‑ACGGAAGGAAAAAATTTACAGAGA‑ATGtgg > 2:914222/1‑145 (MQ=255) atTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCAGACAAAAAAAAAAACAGGGGGTGGCCTGATTGGGGAAAGGAATAAAC‑AAC‑AAGCAGGGGATAAATTGACAGAGA‑TTGTCGCTaa > 1:50032/1‑149 (MQ=255) tCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGGTGAAATTTT‑AAAAAAAAAACAAAAAATAGAGTTGTCCTTTTGAGGGGAAGGAAAAAGA‑AAC‑AAGGAGAGGATAAGATGACAGAGAGTTGT‑GCTAAAttt > 2:698363/1‑151 (MQ=255) cACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGGAATTTTTCAGAAAAATAAAAAAAATGGAGTTGTTGTGATGAGGGAAAGGAAAAAAA‑AAA‑AAGCAAAGGATAAGTAGAAAGAGA‑ATGTTGGTAAAttt > 2:26800/1‑150 (MQ=255) aCGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCAAAAAAAAAACAAAAACAGGAGTTGTCATGGTGAGCGAAAGTAATAAAA‑AAC‑AAACAATGAAAAAATTGAAAAAGA‑TTTTCGCTAAAtt > 2:254053/1‑148 (MQ=255) aCGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGAAGTTTGTGGC‑GGTGAAAGTTTTAAGACCAATAAAAAAAATGGGGTGGGCATGATGGGAGGAAGGAAAAAGCAAAC‑AGGCGAGGAAAAAGTGGA‑AAAGA‑TTGtagggcacatt > 2:305820/1‑139 (MQ=255) cGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAAATTTTTCCGACAAAAACAAAAAATGGAGTTGGCATGATGGGCGGAAGAAATAAAC‑AAA‑AGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGA‑TTGTCGCTAACTTTAcc > 1:478964/1‑151 (MQ=255) cGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGGGAATTTTTTCCGAAAAAAAAAAAAAATGGAGTTGCCCTGATGAGCGGAAGTAATAAAC‑AAA‑CAGCAGGGAATAAAATGAACGAGA‑GTGTTGCTAACttt > 2:670026/1‑148 (MQ=255) gTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAAATTTTTCAAAAAAATACAAAAACTAGAGTTTGCCTGATTGGCGGAAATAATAAAC‑AAC‑AAGCAGTGGATAAAGTGACAGAGA‑TTGTTGCTAACTTTATCGc > 2:205167/1‑151 (MQ=255) aaaaaaTATAAAACCACATTTTGAGTGGTAGTTTGGGGG‑GGTGAATTTTTCAAGAAAAAAACAAAAACGGGGGTTGCCATGAAGCGCAAAAGTAATAAGC‑AAC‑AGGAAGTGAATAAGTTGACAGAGA‑TTGTCGCTATCTTTACCGCCATg < 2:976709/150‑1 (MQ=255) aaaaTATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCCGACAAATAAAAAAAATGGAGGTGCCATGATGAGCGAAAGAAATAAAA‑AAC‑AGGGCGTGAATAAAATGATAGAGA‑TTTTCGCTTACTTTTCCCCCATGAtt > 1:811954/1‑151 (MQ=255) aaaaTATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAAATTTTTCAGAAAAAAAAAAAAACTGGAGGTGGCATGATGAGCGAAAGAAAAAAAA‑AAA‑AGGCCGGGGAAAAATTGACAGAGA‑TTGTTGCTAACTTTACCGCCATGAtt > 1:2366/1‑151 (MQ=255) aaaTATAAAACCACATTTTAAGGGGTATTTTGTGGA‑GGTGAATTTTTCCAGAAAAATACAAAAACGGGGTTTGCCAGGATGAGAGAAAGTAATAATC‑AAC‑AGGCAGCGAATAAGTTGACAGAGA‑TTGTCTATACCTTTGCCGCCAGGAttg < 2:854424/151‑2 (MQ=255) aaTATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCAGAAAAATAAAAAAAATGGAGTTGGCATGGTGAGAGGAAGTAATAAAC‑AAA‑AAGCAGGGGAAAAGGTGAAAGAGA‑ATGTCGCTAACTTTTCCGCCATGAtttt > 2:31678/1‑150 (MQ=255) tataAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCAGACAAAAACAAAAAATGGAGTTGCCATGATGAGCGGAAGTAATAAAC‑AAC‑AAGCAGGGAATAAAGTGACAGAGA‑TTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCt > 1:193628/1‑150 (MQ=255) cacaTTTTTAGTGGTATTTTGTGGC‑GGTAAATTTTTCCAGACAAATACAAAACCGGGATTTGCCATGAGGAGCAAAAGTAATAAGC‑AAC‑AGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGA‑TTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATg < 2:700259/151‑1 (MQ=255) cacaTTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGGATTTTTCCCGACAAATACAAAAAATGGGGTTGGCATGATGGGCGGAAGAAAAAAAC‑AAC‑AGGAAGTGAATAAGTTGGAAGAGA‑TTGTCGCTAACTTTACCGCCCTGATTTTTAACCCaa > 2:214957/1‑149 (MQ=255) tttttAGTGGTAGTTTGTGGCGGGTGAATTTTT‑CAGACAAAAAAAAAAACTGGAGGTGGCATGATGAGGGAAAAAAAAAAAA‑AAC‑AGGGAAGGGAAAAAATGACAGAGA‑TTATTGCTAACTTTTCCACCCAGAATTTTACCCGaaagac > 2:119067/1‑145 (MQ=255) tttAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAAAAAAAAAACGGGAGTTGCCATGATGAGCAAAAGTAAAAAGC‑AAC‑AGGCAGTAAATAAGTTGACAGAGA‑TGGTCGTTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCtga < 2:960099/150‑1 (MQ=255) ttAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCAGACAAAAACAAAAAATGGAGGTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAAC‑AAC‑AGGCAGGGAATAAGTTGACAGAGA‑TTGTCGCTAACTTTACCCCCCTGATTTTTTCCCGAATGCCtg > 1:15563/1‑148 (MQ=255) tttGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACGGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGC‑AAC‑AGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGA‑TTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACgtggtg < 1:102285/149‑1 (MQ=255) ttGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAAAACAAAAACAGGAGTTTCCCTGAGGGGGGTAAATAATAAGC‑AACAAGGAAAGGAAAAAGTT‑ACAGAAA‑TTGGCGCTAACTTTAACCCCCTTATTTTTAACCCAAAACCTGATGGCGtggggg > 2:869712/1‑149 (MQ=255) tgtgGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGC‑AAC‑AGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGA‑TTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGAt < 1:525990/150‑1 (MQ=255) tgGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGC‑AAC‑AGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGA‑TTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATaa > 2:709739/1‑150 (MQ=255) gggggtaatttttcCCAAAAAAATACAAAAACGGGAGTGGCCATGATGAGCAAAAGTAATAGGC‑AAC‑GGCCATTGAATAAGTTGACGGGGA‑TTGTCGCTAACTTGACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGtggtgg < 2:568388/136‑1 (MQ=255) gAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGC‑AAC‑AGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGA‑TTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAAc > 1:11580/1‑151 (MQ=255) tttttCCAGAAAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGC‑AAC‑AGGAAGTGAATAAGTTGACAGAGA‑TTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAg < 1:645129/150‑1 (MQ=255) ccAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGC‑AAC‑AGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGA‑TTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTaa > 2:216675/1‑149 (MQ=255) | GTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGC‑AAC‑AGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGA‑TTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAA > NC_000913/3206287‑3206583 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |