| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 3,275,611 | 0 | A | C | 39.5% | 137.5 / 13.8 | 77 | E110D (GAA→GAC) | garD | D‑galactarate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/10); new base C (0/30); total (36/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.16e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGGCTAATGGTGAAATTATTCGTTATGGCGAAGTGATTGGTT‑ACGCCGTGCGTGCAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAATGGTTGTACTACCGG‑AAG‑CGCCGCCGTTACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGAACCCTTACCGCCGCTGGAAGGATACACCTTTGAGGGCTATCGCAATGCCGATGGCAGCGTGGGCACCAAAAACCTGCTCGGTATCACCACCAGCGTCCACTGTGTGGCAGGCGTGGTGGACTATGTAGTAAAAATCATTGA > NC_000913/3275462‑3275751 | ccGGCTAATGGTGAAATTATTCGTTATGGCGAAGTGATTGGTT‑ACGCCGTGCGTGCAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAATGGTTGTACTACCGG‑AAG‑CGCCGCCGTTACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGAAc < 2:794158/151‑1 (MQ=255) cGGCTAATGGTGAAATTATTCGTTATGGCGAAGTGATTGGTT‑ACGCCGTGCGTGCAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAATGGTTGTACTACCGG‑AAG‑CGCCGCCGTTACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGAAcc < 1:376555/151‑1 (MQ=255) ggCTAATGGTGAAATTATTCGTTATGGCGAAGTGATTGGTT‑ACGCCGTGCGGGCAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAATGGTTGTACTACCGG‑AAG‑CGCCGCCGTTACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGAAccc < 2:245372/151‑1 (MQ=255) gCTAATGGTGAAATTATTCGTTATGGCGAAGTGATTGGTT‑ACGCCGTGCGTGCAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAATGGTTGTACTACCGG‑AAG‑CGCCGCCGTTACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGAACCCt < 1:505702/151‑1 (MQ=255) gCTAATGGTGAAATTATTCGTTATGGCGAAGTGATTGGTT‑ACGCCGTGCGTGCAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAATGGTTGTACTACCGG‑AAG‑CGCCGCCGTTACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGAACCCt < 1:443063/151‑1 (MQ=255) gTGAAATTATTCGTTATGGCGAAGTGATTGGTT‑ACGCCGTGCGTGCAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAATGGTTGTACTACCGG‑AAG‑CGCCGCCGTTACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGAACCCTTAccgcc > 1:239286/1‑151 (MQ=255) gAAATTATTCGTTATGGCGAAGTGATTGGTT‑ACGCCGTGCGTGCAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAATGGTTGTACTACCGG‑AAG‑CGCCGCCGTTACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGAACCCTTACcgccgc > 2:120047/1‑151 (MQ=255) aaTTATTCGTTATGGCGAAGTGATTGGTT‑ACGCCGTGCGTGCAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAATGGTTGTACTACCGG‑AAG‑CGCCGCCGTTACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGAACCCTTACCGCCGCTg > 1:382026/1‑151 (MQ=255) attattCGTTATGGCGAAGTGATTGGTT‑ACGCCGTGCGTGCAATCCCACGCGAAAGCTGGATCGCCGAATCAATGGTTGTACTACCGG‑AAG‑CGCCGCCGTTACACACGCTGCCACTGGAAACCAAAGTCCCGGAACCCTTACCGCCGCTgg > 2:812451/1‑151 (MQ=255) ttattCGTTATGGCGAAGTGATTGGTT‑ACGCCGTGCGTGCAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAATGGTTGTACTACCGG‑AAG‑CGCCGCCGTTACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGAACCCTTACCGCCGCTgg > 1:876718/1‑150 (MQ=255) ttATGGCGAGGTG‑TTGGTTCGCGCCGGGGGTGCAACCCCCCGGGAAAGCTGATCCAACAAATAAATGTTTGTACTCCGGG‑AAG‑CGCCGCCTTTACACACGCTGCCACTGGCAACAAAAGTCCCGGACCCCTTACCGCCGCTGGaa < 2:622347/145‑1 (MQ=255) ttATGGCGAAGTGATTGGTT‑ACGCCGTGCGTGCAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAATGGTTGTACTACCGG‑AAG‑CGCCGCCGTTACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGAACCCTTACCGCCGCTGGAAGGATac > 2:732791/1‑151 (MQ=255) aTGGCGAAGTGATTGGTT‑ACGCCGTGCGTGCAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAATGGTTGTACTACCGG‑AAG‑CGCCGCCGTTACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGAACCCTTACCGCCGCTGGAAGGATacac > 1:116890/1‑151 (MQ=255) aaGTGATTGGTT‑ACGCCGTGCGTGCAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAATGGTTGTACTACCGG‑AAG‑CGCCGCCGTTACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGAACCCTTACCGCCGCTGGAAGGATACACCTTTg > 1:782053/1‑150 (MQ=255) gTGATGGGTT‑ACGCCGTGCGTGCAACCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAATGGTTGTACTCCCGG‑AAG‑CGCCGCCGTTACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGACCCCTTACCGCCGCTGGAAGGATACACCTTTGAg < 1:538605/150‑1 (MQ=255) gttt‑ACGCCGTGCGTGCAACCCCACGCGGAAGCTGGATCGACAAATAAATGGTTGTACTACCGG‑AAG‑CGCCGCCGTTACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGACCCCTTACCGCCGCTGGAAGGATACACCTTTGAGGGCTATc < 1:600366/149‑1 (MQ=255) tt‑ACGCCGTGCGTGCAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAATGGTTGTACTACCGG‑AAG‑CGCCGCCGTTACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGAACCCTTACCGCCGCTGGAAGGATACACCTTTGAGGGCTATCGc > 1:43261/1‑151 (MQ=255) ttccGCCGGGGGGGCAATCCCACGGGGAAGCTGGATCGACGAATCAATGGTTGTACTACCGG‑AAG‑CGCCCCCGTTACACACGCTGCCACTGGCAACAAAAGTCCCGGACCCCTTACCGCCGCTGGAAGGATACACCTTTGAGGGCTATCg < 2:325081/147‑1 (MQ=255) t‑ACGCCGTGCGTGCAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAATGGTTGTACTACCGG‑AAG‑CGCCGCCGTTACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGAACCCTTACCGCCGCTGGAAGGATACACCTTTGAGGGCTATCGc > 1:1010175/1‑150 (MQ=255) cgcctggcgggcAACCCCCCGCGGAAGCTGGACCAACGAATCAATGGTTGTACTACCGG‑AAG‑CGCCGCCGTTACCCCCGCTGCCACTGCCACCCAAAGTCCCGGAACCCTTACCGCCGCTGGAAGGATACACCTTTGAGGGCTATCGCaa < 2:65584/144‑1 (MQ=255) ccccgtccgtGCATCCCCACGGGGAAGCTGGATCGCCAATGCATTGGTTATA‑TACCGGAAAG‑CCCCGCTGTTGCACCCGCTGCCACTGGCAACCAAATTCCCGGACCCTTTACCGCCGCTGGAAGGATACACCTTTGAGGGCTATCGc < 1:1034077/146‑1 (MQ=255) cGCCGTGCGTGCAACCCCACGGGGAAGCTGGATCGCGAAACCAATGGTTGTACTCCCGG‑AAG‑CGCCGCCGTTACACCCGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGACCCCTTCCCGCCGCTGGAAGGATACACCTTTGAGGGCTATCGCAAt < 1:88469/151‑1 (MQ=255) gCCGTGCGTGCAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAATGGTTGTACTACCGG‑AAG‑CGCCGCCGTTACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGAACCCTTACCGCCGCTGGAAGGATACACCTTTGAGGGCTATCGCAATg > 1:728249/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |