| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,536,197 | 0 | A | T | 42.5% | 111.6 / 74.8 | 87 | intergenic (+166/+417) | yjhR/nanS | pseudogene, helicase family; putative frameshift suppressor/9‑O‑acetyl N‑acetylneuraminic acid esterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/46); new base T (37/0); total (41/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-20 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCC > NC_000913/4536047‑4536346 | cATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTa < 2:941285/151‑1 (MQ=255)cATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTa < 1:117286/151‑1 (MQ=255) gATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATTATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GAGTG‑CTTTTAgg < 1:103003/150‑1 (MQ=255) cAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATga < 2:283587/151‑1 (MQ=255) aGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATgaa < 1:524986/151‑1 (MQ=255) ggAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATgaaa < 2:349387/151‑1 (MQ=255) agtaAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTTGGAATgaaaaaaa > 2:432258/1‑150 (MQ=255) agtaAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATgaaagaaa < 2:247658/150‑1 (MQ=255) agtaAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATgaaagaaa < 1:579806/150‑1 (MQ=255) gtaAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑GTTTTTGGGATGaaaaaaaa > 2:892388/1‑150 (MQ=255) aaaGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATg < 1:88174/150‑1 (MQ=255) aaGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATgca < 2:1365099/151‑1 (MQ=255) aGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑GTTTTTTGAATGaaaaaaaaatga > 2:810306/1‑146 (MQ=255) aGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATgcaa < 2:371444/151‑1 (MQ=255) gCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATgcaagca < 2:510421/151‑1 (MQ=255) cATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑GGTTTTTGAATGaaaaaaaaaggaaaca > 2:712852/1‑142 (MQ=255) atatTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑GTTTTTTGTATTTAAAAAAAAgcaagaa > 1:303238/1‑147 (MQ=255) atTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCaataa < 1:91360/151‑1 (MQ=255) atTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑CTTTTTTGAATGAAAAAAAAAgaaaacaa > 2:354189/1‑148 (MQ=255) cAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAAtaatataata < 1:355353/151‑1 (MQ=255) aaTGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAtaataa < 2:12137/151‑1 (MQ=255) gTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAAT‑g < 2:527824/150‑1 (MQ=255) gTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGCG‑CTTTTTTCGATTAGAGAAAAATCCAGGAATAATAtaataaat > 1:291892/1‑148 (MQ=255) tAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGGCCTTTTTGAAATGAAA‑AAAATGGAAAAAAAAATAaaaaaa > 2:382407/1‑146 (MQ=255) tAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑GTTTTTTGGATGAAAAAAAAAACAAAAAAAAATAtaaaaaaaga > 2:1020036/1‑146 (MQ=255) aaGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAAT‑GGCCt < 1:773475/151‑1 (MQ=255) aGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAAT‑GGCCTa < 2:1000909/151‑1 (MQ=255) aGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑CTTTTTTGGATGAAAAAAAAAACAAGCAATAATATAATAAA‑GGCCt > 1:1195765/1‑150 (MQ=255) gACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTTGGTATTAAAGAAAAAGAAAACAATAATATAAAAAA‑TGCCTTAttt > 1:12321/1‑151 (MQ=255) aCTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTTTGAATGAAAGAAAAAGCAAGAAATAATATAATAAT‑AGGCTAAttt > 2:302387/1‑150 (MQ=255) aCTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAAT‑GGCCTAAttt < 1:483700/150‑1 (MQ=255) aCTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAAT‑GGCCTAATTTc < 1:1208773/151‑1 (MQ=255) aCTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑GTTTTTTGAATGAAAAAAAAAACAAAAAAAAATATAATAAA‑AGCCTAAttt > 2:991996/1‑150 (MQ=255) cTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTTGTAATGTAAAAAAAAGCAAAAAATAATATAATAAT‑GGGCTAAttttt > 1:1091070/1‑149 (MQ=255) tttCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑GTTTTTTGATTTTAAAAAAAAACAAGCAATAAAATAATAAT‑TGGCTAAtttttt > 1:903607/1‑151 (MQ=255) ttCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAAT‑GGCCTAATTTCtt < 1:629884/150‑1 (MQ=255) tCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑CGTTTTGGGATGAAAAAAAAAACAAAGAAAAATATAAAAAA‑AGGCTAATtttttt > 2:616985/1‑150 (MQ=255) ccGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAAT‑GGCCTAATTTCTTTGa < 1:1057164/151‑1 (MQ=255) 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aaaTCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTAttt < 1:1225137/150‑1 (MQ=255) aaaTCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑GCTTTTGGGATGAAAAAAAAAAGAAAAAATAAAATAAAAAA‑AGGCCAATTTTTTTCTAAATCATTAAACATATTATCATTGTATCttt > 2:870371/1‑150 (MQ=255) aTCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑CTTTTTTGGATGAAAAAAAAAGCAAGCAAAAAAATAAAAAA‑AGCCTAATTTTTTTTAACATCATTAAACATAACATTATCGTCTAtttt > 2:680549/1‑148 (MQ=255) tCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑GTTTTTGGAATGAAAGAAAAAGCAAACAAAAATATAATAATAGGCCAATTTTTTTTAAAAACCTTTAAG‑ATATCATCATCGTCTAtttttc > 2:1410709/1‑147 (MQ=255) cTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑GTTTTTTGAATGAAAGAAAAAACAAGCAAAAAAATAATAAA‑GGCCTAATTTTTTTTTACATCATTAAACAAATCATCATCCTCTAtttt > 2:985658/1‑146 (MQ=255) 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gggTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACg > 2:1219376/1‑151 (MQ=255) tG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCt > 2:1254873/1‑150 (MQ=255) tttAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGc > 2:1278328/1‑151 (MQ=255) ttAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGc < 1:805666/150‑1 (MQ=255) tAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGccc > 2:347203/1‑151 (MQ=255) tAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCAAACGCTGTGGcc < 1:948615/150‑1 (MQ=255) | CATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCC > NC_000913/4536047‑4536346 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |