Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,448,025 | 0 | A | G | 40.7% | 79.6 / 11.4 | 54 | G169G (GGA→GGG) | feaB | phenylacetaldehyde dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/26); new base G (22/0); total (28/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGGCTGTACGCTGAACTGGATGCGTTATACCGCCGGGTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGTTGATGATTGGTATGT‑GGAAGGTGATGCCAGCACTGGCAGCAGGCTGTTCAATCGTGATTAAGCCTT‑CGGAAACCACGCCACTGACGATGTTGCGCGTGGCGGAACTGGCCAGCGAGGCTGGTATCCC > NC_000913/1447881‑1448174 | gggCTGTACGCTGAACTGGATGCGTTATACCGCCGGGTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGATtg > 1:936318/1‑149 (MQ=255) gggCTGTACGCTGAACTGGATGCGTTATACCGCCGGGTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATtgt‑g < 1:346273/151‑1 (MQ=255) gggCTGTACGCTGAACTGGATGCGTTATACCGCCGGGTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATtgt < 2:450418/150‑1 (MQ=255) gTACGCTGAACTGGATGCGTTATACCGCCGGGTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGAAtgt‑ggcct > 2:550367/1‑146 (MQ=255) gTACGCTGAACTGGATGCGTTATACCGCCGGGTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCa < 1:33093/149‑1 (MQ=255) gTACGCTGAACTGGATGCGTTATACCGCCGGGTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑g < 2:30999/151‑1 (MQ=255) tACGCTGAACTGGATGCGTTATACCGCCGGGTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGAAtgttgcctgg > 2:943221/1‑144 (MQ=255) aCGCTGAACTGGATGCGTTATACCGCCGGGTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑gg < 2:538572/150‑1 (MQ=255) gCTGAACTGGATGCGTTATACCGCCGGGTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGaaatttggcctgg > 2:859635/1‑137 (MQ=255) aaCTGGATGCGTTATACCGCCGGGTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGATTGT‑GGCCT‑GGGAAttt > 2:160435/1‑150 (MQ=255) tGGATGCGTTATACCGCCGGGTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAAATGT‑GGCAT‑GGGAATTTTCGt > 2:491514/1‑151 (MQ=255) ggATGCGTTATACCGCCGGGTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGATTGT‑GGCGT‑GGAACttt > 2:199911/1‑146 (MQ=255) ggATGCGTTATACCGCCGGGTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGtt < 1:565773/151‑1 (MQ=255) cGTTATACCGCCGGGTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGTtgatga < 2:98652/151‑1 (MQ=255) gTTATACCGCCGGGTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGTTgatgat < 1:644497/151‑1 (MQ=255) ttATACCGCCGGGTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAAATGT‑GGCAT‑GGGAATTTTCGtttgtggtt > 2:777903/1‑144 (MQ=255) taCCGCCGGGTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGAATGT‑GGCCT‑GGGACTTTTCGtt > 2:641141/1‑141 (MQ=255) cgccgGGTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGTTGATGATTGGTAt < 2:410688/150‑1 (MQ=255) ccgGGTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGATTGT‑Gcccttgggctatcct > 1:441668/1‑121 (MQ=255) gTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGTTGATGATTGGTATGT‑GGAAg < 1:159970/151‑1 (MQ=255) aaCGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGAATTT‑GTCAC‑GGGACTTTCCCTTTCTGTTTGGTATGT‑GGGAggg > 2:1047615/1‑149 (MQ=255) gACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGATTGT‑GGCAT‑GGGACTTTTCGTTGGTGGtttggttttgggag > 2:850954/1‑133 (MQ=255) aCCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGAATGT‑GGCAA‑GGGACTTTTCCTTGGTGGTTTGGGTGT‑GGGAgggggggg > 2:181937/1‑145 (MQ=255) aaTCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAAATTT‑GCCAT‑GGGAATTTTCGTTTTTGGTTGGGGTGT‑GGGAgggg > 2:694259/1‑140 (MQ=255) cgcgGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGGTTGT‑TGCCT‑GGGAGTTTCCGTTGATGATTTGGAAGTGGGAAGGGGAGGCCacaccg > 2:359720/1‑146 (MQ=255) cgcgGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGAATGT‑GGCCT‑GGGACTTTTCCTTGGTGGTTGGGGTTT‑GGGAGGGGGTGCCAGCAccg > 1:363161/1‑149 (MQ=255) gggTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGTTGATGATTGGTATGT‑GGAAGGTGATGCCAGCACTGgca < 1:750440/151‑1 (MQ=255) gTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGTTGATGATTGGTATGT‑GGAAGGTGATGCCAGCACTGgcagc < 2:857729/151‑1 (MQ=255) aaaCGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAAATGT‑GTCCT‑GGAAATTTTCGTTGGTGATTGGTGTGG‑GGGAGGGGGTGGCAGCAACGGgagcag > 2:1165091/1‑150 (MQ=255) aaCGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGAATGT‑GGCCT‑GGAAAATTTCGGTGATGGTTGGGGTGT‑GGGAAGGGGTGGCAGCACCGGCaggagg > 2:1116836/1‑150 (MQ=255) gACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTGTCCGTTGATGATTGGTATGT‑GGAAGGTGATGCCAGCACTGGCAGCAGGCTGTTCaa < 1:333865/151‑1 (MQ=255) cTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCCT‑GGAAATTTTCGTTGGTGGTTTGGATGT‑GGAAGGGGATGCCCGCACTGGCAGCACGCTGGTTAAt > 2:838069/1‑150 (MQ=255) gTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGTTGATGATTGGTATGT‑GGAAGGTGATGCCAGCACTGGCAGCAGGCTGTTCAATCGt < 1:545388/150‑1 (MQ=255) tCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGAATGTGGCCTT‑GGAA‑TTTTCGTTTTTGGTTTGGGTGT‑GGGAGGGGGTGCCCGCCCCGGGAGCAGGCTGTTTTATCGTg > 2:1053534/1‑150 (MQ=255) tCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGAATGT‑GGCATCGAAAATTTCCTTTGTGGATTGGT‑TGT‑GGGAGGGGGAGGCAGCACCGGCAGCAGGCTGTTCaa > 2:966692/1‑145 (MQ=255) tCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGTTGATGATTGGTATGT‑GGAAGGTGATGCCAGCACTGGCAGCAGGCTGTTCAATCGTGATTaa < 1:1057552/150‑1 (MQ=255) tCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGTTGATGATTGGTATGT‑GGAAGGTGATGCCAGCACTGGCAGCAGGCTGTTCAATCGTGATTaa < 2:1076997/150‑1 (MQ=255) cccTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGGTTGT‑GGCCG‑GGGACTTTTCGCTTATGTTTTGGATGT‑GGGAGGGGGTGTCAGCACCGGGAGGAGGCCGtttatatgtgggt > 1:677105/1‑136 (MQ=255) ccTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGATTGT‑GGCCT‑GGGACTTTCCGTTGGTGGTTGGTTTGT‑GGGAGGGGATGGCCGCACTGGCAGCAGGGTGGTTAATCGTGGtttaacc > 2:1071139/1‑146 (MQ=255) ccTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGATTGT‑GCCAT‑GGGACTTTTCGTTGTTGATTGGGATTT‑GGGAGGGGGTGGCAGCACCGGGGGCAGGGTGTTTAATCGTGAtt > 2:988493/1‑146 (MQ=255) cccAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGATTTT‑GGCAT‑GGGACATTTCGTTTGTGGTTTGGGTGT‑GGGAGGGGATGCCCCCACCGGCAGCAGGCCGTTCAATCGTGAttta > 2:101748/1‑140 (MQ=255) cccAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGTTGATGATTGGTATGT‑GGAAGGTGATGCCAGCACTGGCAGCAGGCTGTTCAATCGTGATTAAGCCTT‑CGGa < 2:500999/151‑1 (MQ=255) cccAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGTTGATGATTGGTATGT‑GGAAGGTGATGCCAGCACTGGCAGCAGGCTGTTCAATCGTGATTAAGCCTT‑CGGa < 1:1116249/151‑1 (MQ=255) aGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGTTGATGATTGGTATGT‑GGAAGGTGATGCCAGCACTGGCAGCAGGCTGTTCAATCGTGATTAAGCCTT‑CGGAAACCACGCCACTGACGAt < 2:878616/151‑1 (MQ=255) ggCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGAATGT‑GGCAT‑GGGACTTTTCGTTGGTGATTTGGATGG‑GGGAGGGGATGGCAGCACTGGCAGCAGGGTGTTTAATTGTGATTAAAACTTCCGGAAAcacccccccgac > 2:702725/1‑136 (MQ=255) ggCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGTTGATGATTGGTATGT‑GGAAGGTGATGCCAGCACTGGCAGCAGGCTGTTCAATCGTGATTAAGCCTT‑CGGAAACCACGCCACTGACGATg < 1:59120/151‑1 (MQ=255) tGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGCGGGGAATTTG‑GCCGT‑GGAAATTTCACTTG‑TGATTGGGGTGG‑GGGAGGGGGAGGCAGCACCGGGCGCCGGGGGGTTTATCGTGATTTAAACTT‑CGGAAAACACCCCCCAGACGaag > 1:1132759/1‑145 (MQ=255) gACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGTTGATGATTGGTATGT‑GGAAGGTGATGCCAGCACTGGCAGCAGGCTGTTCAATCGTGATTAAGCCTT‑CGGAAACCACGCCACTGACGATGTTgcgc < 1:1036872/151‑1 (MQ=255) gACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGTTGATGATTGGTATGT‑GGAAGGTGATGCCAGCACTGGCAGCAGGCTGTTCAATCGTGATTAAGCCTT‑CGGAAACCACGCCACTGACGATGTTgcgc < 1:491380/151‑1 (MQ=255) gTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGAATGT‑GGCCT‑GGGAAATTTCGTTGTTGATTGGGATGT‑GGGAGGGGGTGCCAGCACCGGGAGCAGGGCGGTTAATCGGGGTTAAAGCCT‑CGGGAAACACCCCCCCGACGACGGTGCGCgggg > 2:141081/1‑150 (MQ=255) tAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGGATTGT‑GCCCT‑GGAAATTTTCGTTGGTGGTTGGGGTGT‑GGGAGGGGGAGCCAGCACTGGGAGCAGGGCGGTTAATTGTGGTTAAACCTT‑CGGGAAACACGCCCCCGACGATGTTgggcggggcg > 2:51966/1‑151 (MQ=255) aaaGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGTTGATGATTGGTATGT‑GGAAGGTGATGCCAGCACTGGCAGCAGGCTGTTCAATCGTGATTAAGCCTT‑CGGAAACCACGCCACTGACGATGTTGCGCGTGGCgg < 1:859398/151‑1 (MQ=255) gTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGTTGATGATTGGTATGT‑GGAAGGTGATGCCAGCACTGGCAGCAGGCTGTTCAATCGTGATTAAGCCTT‑CGGAAACCACGCCACTGACGATGTTGCGCGTGGCGGAACTGGCCa < 1:923116/151‑1 (MQ=255) tGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGTTGATGATTGGTATGT‑GGAAGGTGATGCCAGCACTGGCAGCAGGCTGTTCAATCGTGATTAAGCCTT‑CGGAAACCACGCCACTGACGATGTTGCGCGTGGCGGAACTGGCCAg < 2:439224/150‑1 (MQ=255) gggAATTGT‑GGCAT‑GGAGCTTTCCGTTGAGGAGTGGTATGT‑GGAAGGTGATGCCAGCACTGGCAGCAGGCTGTTCAATCGGGATTAAGCCTT‑GGGAAACGACGCCACTGACGATGTTGCACGTGGCGGAACCGGCCAGTGAGGCTGGTa < 1:915760/149‑1 (MQ=255) aaTTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGCTGTTGATTGGTATGT‑GGAAGGTGATGCCAGCACTGGCAGCAGGCTGTTCAATCGGGATTACGCCTT‑CGGAAACCACGCCACTGACGATGTTGCGCGTGGTGGAACTGGCCAGCGAGGATGGTATcac > 1:922075/1‑148 (MQ=255) | GGGCTGTACGCTGAACTGGATGCGTTATACCGCCGGGTTAACGACCAAAATCGCGGGTAAAACGCTGGACTTGTCGATTCCCTTACCCCAGGGGGCGCGTTATCAGGCCTGGACGCGTAAAGAGCCGGTTGGCGTAGTGGC‑GGGAATTGT‑GCCAT‑GGAACTTTCCGTTGATGATTGGTATGT‑GGAAGGTGATGCCAGCACTGGCAGCAGGCTGTTCAATCGTGATTAAGCCTT‑CGGAAACCACGCCACTGACGATGTTGCGCGTGGCGGAACTGGCCAGCGAGGCTGGTATCCC > NC_000913/1447881‑1448174 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |