| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,001,918 | 0 | A | C | 48.6% | 106.3 / 15.6 | 74 | intergenic (‑129/+192) | fliA/fliC | RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor/flagellar filament structural protein (flagellin) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/6); new base C (0/36); total (32/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.15e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGG > NC_000913/2001769‑2002065 | aGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGACGTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTACTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CA‑AGGCAGaaaaaaa > 1:176724/1‑150 (MQ=255) gCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAAcc < 2:62855/151‑1 (MQ=255) ggTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAAcccc < 1:718945/151‑1 (MQ=255) gTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCccg > 1:1081878/1‑151 (MQ=255) tCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGTAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCggg > 1:143281/1‑149 (MQ=255) tCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCgggg > 1:127898/1‑150 (MQ=255) aCGAAAAAAAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGTTTATCTGTTTCGGGAGGTTTTTAAGGCGGAAAATTAGGGGGTAAAGGGAGGGTTTTTTGGGGGGTTAAAGTAAACCC‑CC‑GGGGAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGaa < 2:325081/150‑1 (MQ=255) aaaaaCAGCCCTGCTTTATATGAGTTCTCGGCTTGTTTATCCTTTTCGGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTAAAATGGGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGAAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCAc < 2:138636/149‑1 (MQ=255) aaaCACCCCTGCTTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGAGGATTGGTGGGTAAAAGGAGGGGTTATTGGGGGGTTAAAGGTAATTT‑CC‑AGGCAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCAc < 2:472787/149‑1 (MQ=255) aaCAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCAAGtt > 1:174487/1‑151 (MQ=255) cccTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGCAGCACGTTGc > 1:719479/1‑148 (MQ=255) ccTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTg > 2:424728/1‑149 (MQ=255) ccTGCGTTATATGAGTTATCGGAATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGCGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGc > 1:870877/1‑147 (MQ=255) cTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGAc > 2:1159717/1‑150 (MQ=255) gCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCTTTTCTGCGGGTTTTTTAATGGGACGATTAGGGGGTGAAATGAGGGTTTATTGGGGGTTTACAGTTAAATC‑CC‑AGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACa < 2:1031216/149‑1 (MQ=255) ttATATGAGTTATCGGCATGATTATCCTTTTCTGCAGGGTTTTTAAGCGAACGATTAGGGGTTGAAAGGGGGGTTTATTTGGGGGTTACAGGAAAATT‑CC‑GGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAtt < 2:513929/150‑1 (MQ=255) tatGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGTTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcg < 2:1078212/150‑1 (MQ=255) tGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCtt > 2:939207/1‑151 (MQ=255) ttATCGGCATGATTATCCTTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGAGGATTAGTGGGTGAAATGAGGGTTTTTTTGGGGTTTACGGGTAAATT‑CC‑AGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTa < 2:1031405/149‑1 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCTTTTCGGCGGGTTTTTTAAGCGGACGATTGGTGGGTAAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATC‑CC‑AGGCAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGt < 2:1153326/150‑1 (MQ=255) ggCATGATTATCCGTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGTTTTTTTGGGGTTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGc < 2:76762/150‑1 (MQ=255) ttATCCGTTTCTGCGGGGTTTTAAAGCGGACGATTAGTGGGTAAAAGGAGGGGTTATTTGGGGTTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgc < 2:942051/150‑1 (MQ=255) tATCCGTTTCTGCGGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAAGGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgcg < 2:1119930/150‑1 (MQ=255) tATCCGTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTTTTTGGGGGTTAGAGGTAAATT‑CC‑GGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgcg < 1:397482/150‑1 (MQ=255) tCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgcggcg > 2:332409/1‑151 (MQ=255) tttCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTaa > 1:361570/1‑150 (MQ=255) ttCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAAc > 1:577365/1‑151 (MQ=255) ttCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAAc > 2:1088529/1‑151 (MQ=255) tGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGATGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGcc > 2:1228114/1‑151 (MQ=255) gcgggttttttAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGTTTTTTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑GGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACg < 2:755384/142‑1 (MQ=255) gCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTGAAATGAGGGTTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGcc < 2:728921/150‑1 (MQ=255) cAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCtt > 1:365986/1‑151 (MQ=255) ggttttttAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAGTTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCtt < 1:77974/146‑1 (MQ=255) ggtttttaAATCGGACGATGAGTGGGTGAAAGGGGGGTTTTTTGGGGGGTTACAGGTAAATC‑CC‑AGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGcc < 2:614988/144‑1 (MQ=255) gggTTTTTAATCGGACGATTGGGGGGTAAAATGGGGGGTTATTGGGGGGTTACAGGTAAATC‑CC‑GGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCtt < 2:826605/149‑1 (MQ=255) gggTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGTTTTTTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAAAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAAc < 1:54100/144‑1 (MQ=255) ggTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc > 2:1211499/1‑151 (MQ=255) ttttAATCGGACGCTTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGAGGCGTAAACGCCTTATcc > 1:119741/1‑149 (MQ=255) ttttAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCgg > 1:296653/1‑151 (MQ=255) tAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACCAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGACt > 1:281844/1‑151 (MQ=255) tAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCt > 2:1189993/1‑151 (MQ=255) atgcGGACGATGAGGGGGTAAAATGGGGGGTTTTTTGGGGGTTACAGGTAAATC‑CC‑AGGCAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTa < 1:1173005/148‑1 (MQ=38) aaTCGGACGTTTAGGGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGcc < 2:722890/149‑1 (MQ=255) aaTCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTTTTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTa < 1:223195/151‑1 (MQ=255) aaTCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCt > 1:989636/1‑150 (MQ=255) atatttAGTGGTTGAAATGAGGGTTTATTTGGGTGTTTGAGTGAAATT‑CC‑AGGCAAAAAAAACCTCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTATATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCATACaaaaa < 1:66513/147‑1 (MQ=37) cGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAt > 2:274199/1‑151 (MQ=255) ttggggggTAAAAGGGGGGTTTTTTTGGGGGTTACAGTTAATTC‑CC‑GGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAtg < 1:1139973/144‑1 (MQ=25) gagggggTAAAATGAGGGTTTTTTTGGGGGTTACAGGTAATTT‑CC‑AGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAtgtg < 1:614197/146‑1 (MQ=37) aGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGc > 2:142945/1‑150 (MQ=255) gggggTGAAAGGGGGGGTTATTGGGGGGTTAAAGGTAAATC‑CC‑AGGAAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCa < 2:274976/148‑1 (MQ=38) gggTGAAAGGGGGGGTTTTTTGGGGGTTACAGGAAAATC‑CC‑AGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAtgtg < 1:15518/146‑1 (MQ=38) aaaTGAGGGGTTTTTTGGGGGGTACAGTAAAATC‑CC‑GGGAAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCGCGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAAt < 1:631345/151‑1 (MQ=37) aaaGGAGGGTTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGGAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAAt < 1:705655/151‑1 (MQ=255) aaaGGAGGGGTTATTTGGGGGTAACA‑GTAAATTACC‑AGGAAAAAAAACCCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAAt < 1:294053/151‑1 (MQ=25) aaTGGGGGTTTTTTTGGGGGTTACA‑GTAAATT‑CCGAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATa < 1:884024/151‑1 (MQ=25) aTGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATa > 1:106040/1‑150 (MQ=255) gAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAAt > 2:193217/1‑151 (MQ=255) aGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAAtt > 2:780463/1‑151 (MQ=255) tttGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGAACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTc > 2:353655/1‑150 (MQ=255) ttGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCa > 2:203265/1‑150 (MQ=255) ttGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCa > 1:1134003/1‑150 (MQ=255) gggtgttaaggttAATTT‑CC‑AGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCaa < 2:361649/137‑1 (MQ=25) ttatggtgaagtt‑CC‑AGCCAGAAAACACCCCCGCCGGTGGCTGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGt < 2:996846/138‑1 (MQ=25) ttACAGATAAATT‑CC‑AGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTa < 1:977061/150‑1 (MQ=255) tACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAgg > 2:301097/1‑151 (MQ=255) aCAGGTAAATC‑CC‑AGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAgg < 1:803396/150‑1 (MQ=255) ggaaagtccc‑AGCCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGc < 2:573808/140‑1 (MQ=37) tAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGAt > 1:791695/1‑151 (MQ=255) aaaTT‑CC‑AGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGc < 1:86377/145‑1 (MQ=255) aaaTC‑CC‑AGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGAt < 1:938946/150‑1 (MQ=255) aaaTA‑CC‑AGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGcc < 2:36937/146‑1 (MQ=255) aaTT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAACACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACACCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATa > 1:1219197/1‑150 (MQ=255) tt‑CC‑AGGCAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAag < 1:320484/150‑1 (MQ=255) aGAAAAACACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagcgcagcg < 1:757421/149‑1 (MQ=255) aaaaaacCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagcgcagc < 2:1185638/146‑1 (MQ=255) aaaacCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAg < 1:843082/151‑1 (MQ=255) aaaaCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAgg > 2:1176161/1‑151 (MQ=255) | AGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CC‑AGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGG > NC_000913/2001769‑2002065 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |