Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,378,802 | 0 | A | C | 44.3% | 117.4 / 16.7 | 70 | V48G (GTA→GGA) | ampC | penicillin‑binding protein; beta‑lactamase, intrinsically weak |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/5); new base C (0/31); total (34/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.36e-15 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAA‑CCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGTCT > NC_000913/4378653‑4378951 | ccccTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAA‑CCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ac > 2:13892/1‑151 (MQ=255) cGAGCAATAGCGTCGCCCCCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAA‑CCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑accgcc < 1:663291/150‑1 (MQ=255) gAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAA‑CCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑accgcca‑c > 2:836599/1‑151 (MQ=255) aGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAA‑CCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑accgcca‑cc > 1:827489/1‑151 (MQ=255) gCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAA‑CCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑accgcca‑ccg > 1:451812/1‑151 (MQ=255) aaTAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAA‑CCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑accgcca‑ccgc < 2:1032267/150‑1 (MQ=255) aTAGCTTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAA‑CCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑Accgcca‑ccgcca < 1:520817/151‑1 (MQ=255) cGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAA‑CCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTCCCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATAc < 1:562599/150‑1 (MQ=255) ccaccaAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAA‑CCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCggg > 2:847471/1‑150 (MQ=255) caccaAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAA‑CCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGAt > 2:1065069/1‑151 (MQ=255) caggctaGTAATTGTTTTGCGTACCAAC‑CCTAACACAAACAATGTTTGTTGTGTGCGGGTTTTTTTTTTGGCTGTGC‑CGCCAGGCCCCCGGGTAAATTAATAGTGTTGCCCG‑TA‑AAAATTC‑CCCGCCG‑CCGCCATACCCGGGATCTTttg < 1:836101/144‑1 (MQ=255) aCGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAA‑CCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTttgtt > 1:1023513/1‑151 (MQ=255) cGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAA‑CCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTttgttg > 1:478062/1‑151 (MQ=255) ccAGTAATTTTTTTGCTGCCCGAC‑CCAAACTCAAACAACGTTTGGTGTGTGGCGGGCTTCTTTTTGGCGATCT‑CCGCATCGCCCCAGAAAAAGAAATAGTGTTTCCCA‑TA‑ATAATTC‑CCCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTttg < 1:524869/146‑1 (MQ=255) cAGTGAATTTTTTGCCTTCCCAACCCTACCTCAAACACGTTTTGTTGTGGGAGTGGTTTTTTTTTGGCGTTCC‑CCGCATAGCCCCAGTAAAATTAAGAGTGTTTACCT‑TA‑ATAATTT‑CCCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGc < 1:757087/150‑1 (MQ=255) agaaaaTTTTTTGCTAACGTAC‑CCTAACAAAAAAACCTTTTGTTGTGGGGGGGCTTTCTTTTTGGCGATGC‑CCGCATACCCCGAGGAAATGTAATAAGTTTTTCCA‑TG‑AAAATTG‑CCCCCCC‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGct < 2:827698/146‑1 (MQ=255) aGTAAATGTTTTGCTGACCGAA‑CCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGctct > 2:81793/1‑151 (MQ=255) gTAAATGTTTTGCTGACCGAA‑CCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑TTAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACTCGGGATCTTTTGTTGctct > 1:214183/1‑150 (MQ=255) aatttttttgcgacccGAA‑CCAAACTAAAACAGTTTTTGCTGTTTGCGGGGCTGTTTTTGGGGGATGC‑CCGCATACCCCAAGAAAAAGTAA‑AAGGTTTTCCCTTA‑ATAAATT‑CCCCCCC‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGct < 2:1140091/132‑1 (MQ=255) gACCGAA‑CCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCCCTATAAGCGGGGTAAt > 1:223882/1‑150 (MQ=255) ccGAC‑CCTACCACAAACAAGTTTTGTTGTGTGGGGGGTTGTTTTTGGTCGATGC‑CCGCATACCCCCAGGAAAAGTAAAAATTTTTCCCT‑TG‑ATAATTC‑CCCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTaa < 1:528306/147‑1 (MQ=255) cGAA‑CCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATtgtg > 2:1048145/1‑151 (MQ=255) cGAA‑CCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCACCAGGT‑AAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGc > 1:679439/1‑151 (MQ=255) aa‑CCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCg > 2:870899/1‑151 (MQ=255) aaccaaaaCACCGTTGGTGGTGTGGGGGGC‑GGTTTTTGGGGATTACCCGCAAAGCCGAAGATAAAGGAAAAGGGTTTCCCA‑TA‑AAAATTC‑ACCGCCT‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATtgt < 2:50065/138‑1 (MQ=255) aaaaaaCTTTTGCTGGGTGAGGGGCTGTTTTTTGGCGATCT‑CCGCATACCCCCAGGAAAAGAAATAAGGTTTACCC‑TA‑AAAATTC‑CCCCCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAat < 2:641269/150‑1 (MQ=255) aaaCAATGTTTGTTGTGTGACGGGCTGTTTTGTGGCGTGGT‑CCCCAGCCCCCGAGGAAAAGTAAT‑AGGTTTTCCC‑TT‑AAAAATTCCCCCCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGc < 2:803510/145‑1 (MQ=255) aaaCAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGcaca > 2:364267/1‑148 (MQ=255) acaatGTTGGCTGTGTGGGGGGCTGCTTTTGGGCGATGC‑CCACACCGCCCGAGTAAAAGTAAGAAGTTTTCCCC‑TT‑ATAAATC‑CCGGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATc < 1:666499/151‑1 (MQ=255) tttGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGAt > 2:713910/1‑151 (MQ=255) tttGCTGTGGGCGGGGTTTTTTTTTGGGGATGC‑CCGAATGCCCCCAGAAAAAGAAAAAAGTTTTCCCT‑TA‑AAAAATG‑CCCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGa < 1:765196/150‑1 (MQ=255) gttgtgtgCCGGGTTTTTTTTTGGCGATGT‑CCCCATCCCCCCAGGAAAATAAATAGGTTTTCCCT‑TA‑ATAAATT‑CCCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttg < 1:1020138/149‑1 (MQ=255) gCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttg > 2:604239/1‑151 (MQ=255) gCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttg > 1:1015371/1‑151 (MQ=255) tgtgatgcgtttctTTTGGGTGATTG‑CCTCAGACCCCCATGTAAAAT‑ATTAGTTTTCCCA‑TT‑ATTAATT‑CACGCCACCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTCATttg < 1:1129771/135‑1 (MQ=255) aCGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAgggg > 1:1057088/1‑151 (MQ=255) gggCTTTTTTTGGGCGATGC‑CCAAATACCCCCAGGAAAAGTAA‑AAGGTTTTCCCATA‑AAAAATT‑CCCCCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttgt < 2:480214/142‑1 (MQ=255) ggCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAgggg > 1:959329/1‑148 (MQ=255) ttttttttgGGCGATGT‑CCACATACCCCCAGGTAAA‑TAAATAGTTTTTCCC‑AGTATAATTT‑ACCGCCT‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGgcagc < 1:197594/146‑1 (MQ=255) gctTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCaa > 2:927076/1‑150 (MQ=255) tttttgGGGGATGC‑CCGCATCCCCCCAGAAAAAAAAATAA‑GTTTTCCC‑TT‑AAAAATTCCCCCCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCaaa < 1:17191/149‑1 (MQ=255) tttttgGGCGATGC‑CCGCATACCCCCAGGAAAAGTAAAAAGTTTTCCCT‑TA‑AAAAATT‑CCCCCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGgcagc < 2:159638/146‑1 (MQ=255) tttttGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAtg > 1:93703/1‑151 (MQ=255) ggCGATGC‑CCGCATAGCCCCAGAAAAATTAATAAGTTTTCCCG‑TA‑ATAAATC‑CCCCCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTgg < 2:363012/149‑1 (MQ=255) gATGC‑CCGCATACCCCCAGGAAAAGAAAAAAGTTTTCCCC‑TG‑ATAATTT‑CCCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCaa < 2:599454/151‑1 (MQ=255) caagcacgatatccccccAGGTAAATTAA‑AAGGTTTCCCT‑TA‑AAAATTTCCCCCCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCa < 2:204240/137‑1 (MQ=255) cATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCgg > 1:1085727/1‑150 (MQ=255) aTAGCCCGAGGAAAATAAAAAAGGTTTACCT‑TG‑AAAAATT‑CCCCCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCgg < 2:704575/149‑1 (MQ=255) aTAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGTTTTCCCT‑TA‑AAAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGta < 2:79493/151‑1 (MQ=255) tAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGta > 2:918991/1‑150 (MQ=255) tAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGta > 2:1083582/1‑150 (MQ=255) aGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGtaat > 1:531630/1‑151 (MQ=255) ccccAGGAAAAGAAATATGTTTTCCCT‑TA‑AAAATTT‑CCCCCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGtaa < 1:695553/148‑1 (MQ=255) cccAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGtaatta > 1:458602/1‑150 (MQ=255) aaataaatatGTTTTCCCC‑TA‑AAAAATC‑CCCCCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATtaata < 2:990705/141‑1 (MQ=255) aaaGTAATAATTTTTCCCT‑TA‑AAAAATC‑CCCCCCC‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAg < 1:918734/148‑1 (MQ=255) aaaGTAATAAGTTTTCCCC‑TA‑AAAAATC‑CCCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAgg < 2:1018918/149‑1 (MQ=255) aaaGTAA‑AAGGTTTTCCCATT‑ATAATTC‑CCCCCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATtaataa < 2:827720/147‑1 (MQ=255) aaGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAgg > 1:76855/1‑148 (MQ=255) aaGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAgg > 1:958889/1‑148 (MQ=255) aaGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGgcgc > 2:938761/1‑151 (MQ=255) aaGAAATAAGTTTTCCCT‑TA‑AAAAATC‑CCCCCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGgc < 2:76867/149‑1 (MQ=255) taataaGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATtaata > 1:742755/1‑142 (MQ=255) taataaGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGgcgc > 1:861014/1‑148 (MQ=255) aataaGTTTTACCT‑TA‑AAAATTT‑CCCGCCA‑CCGCCATACCCAGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCagag < 1:175705/151‑1 (MQ=255) aataaGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCag > 2:661643/1‑149 (MQ=255) ataaGTTTTCCCC‑TA‑AAAATTC‑CCCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCagag < 1:817648/150‑1 (MQ=255) ataaGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGgcgc > 1:422149/1‑146 (MQ=255) 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aaaTT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAgg > 2:11075/1‑151 (MQ=255) aaTT‑CCCGCCT‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAggg < 1:1003443/151‑1 (MQ=255) t‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGTCt > 2:626917/1‑151 (MQ=255) | CCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAA‑CCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGT‑CCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGTCT > NC_000913/4378653‑4378951 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |