| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,903,686 | 0 | G | T | 42.6% | 98.4 / 31.5 | 70 | intergenic (+312/+1061) | ygcE/queE | putative kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase; queosine biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/31); new base T (29/0); total (39/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCCTGTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTA‑GCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAAT > NC_000913/2903538‑2903832 | cccTGTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTa < 2:432815/151‑1 (MQ=255) gTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTATaaaa > 2:157747/1‑150 (MQ=255) gTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTaaaa < 1:46261/150‑1 (MQ=255) tttttACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTaaaa < 1:902995/149‑1 (MQ=255) cAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTGTTAAAACACTc > 1:551400/1‑149 (MQ=255) aaGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGATTTTTAAAAACaaatatt > 2:350291/1‑145 (MQ=255) aGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTa < 1:288539/151‑1 (MQ=255) ggAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTA‑g < 2:176396/151‑1 (MQ=255) 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tACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAAAACTccatatcccccaaaa > 2:754706/1‑135 (MQ=255) tACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAAAACACATTA‑TCCTCaaaaaa > 2:78833/1‑148 (MQ=255) cGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTA‑GCCTCAAAACAAAGAc < 1:662511/149‑1 (MQ=255) aTGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAACACCCATTT‑ACCTCCAaacaaaaac‑aaa > 1:299018/1‑150 (MQ=255) gTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAAACACACATTA‑GACTCAAAAAAAAAAC‑aaa > 1:790558/1‑148 (MQ=255) gTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTTAAAAAACTAATTT‑ACCTTaaaaaaaaaaa‑aaaa > 2:489044/1‑148 (MQ=255) tttAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAAACAAACCTTA‑AACTCAAAAAAAAAAA‑AAACTTcc > 2:757865/1‑150 (MQ=255) aGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAACACCCATTA‑AGCTCAAAAAAAAAAC‑aaaaattc > 1:12247/1‑142 (MQ=255) tAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTTAAAAAACTCATTA‑TTCTTCAAACAAAAAA‑AAAcattcaaaatt > 2:297924/1‑139 (MQ=255) aaaaGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAACCCCTCATTT‑ACCTCAAAACAaaaaa‑aaaaatccccatttttt > 1:248400/1‑137 (MQ=255) 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cTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAAAACACAATT‑CCCTCACAAAAAAAAA‑AAAATTCCAGA‑TTTTTTATTTTAACaaataaaaaaa > 2:441074/1‑141 (MQ=255) cTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTTAAAACACCCATTT‑TCCTCAAAAAAAAAAA‑AAAAATCCCGA‑TTTTTTTCTTTAACaaaaaaaaaaa > 1:637960/1‑141 (MQ=255) tATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTA‑GCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGc < 2:665075/150‑1 (MQ=255) aTCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAAACACCCATTT‑GCCTCAAAAAAAAAAA‑AAAAATCCCAA‑TTTTTTTCTTTACCAAAAAATAACaa > 1:1130429/1‑147 (MQ=255) ttttCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAAAACTCATTT‑TCCCCAAAAAAAAAAC‑AAAATTTCCAA‑TTTTTTTTTTTAACAATGAATAaaaaaaataaaa > 2:946702/1‑142 (MQ=255) 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ataGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTA‑GCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAaataa < 2:30945/150‑1 (MQ=255) taGAGGCGGTTATTTAAAAACACTCATTA‑GCCCCAAAAAAAAAAA‑AAAAATCCAGA‑ATTATTACTTAAACAAAGAATAAAAAAAATAAAAAAAATAATGTTATTTTTAAGAAAAAAATAAAAAGAATTAATTCAATATTAAAAAaataa > 2:502909/1‑149 (MQ=255) gagGCGGTTATGTAAAACCACTCATTA‑GCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGa < 2:47406/151‑1 (MQ=255) agGCGGTTATGTAAAACCACTCATTA‑GCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGa < 2:47398/150‑1 (MQ=255) gCGGTTATGTAAAACCACTCATTA‑GCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTa < 1:57990/151‑1 (MQ=255) cGGTTATGTAAAACCACTCATTA‑GCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTa > 1:1109039/1‑150 (MQ=255) tATGTAAAACCACTCATTA‑GCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAAt < 1:576527/150‑1 (MQ=255) | CCCTGTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTA‑GCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAAT > NC_000913/2903538‑2903832 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |