Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,903,715 | 0 | G | A | 43.5% | 64.0 / 50.1 | 62 | intergenic (+341/+1032) | ygcE/queE | putative kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase; queosine biosynthesis |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/26); new base A (27/0); total (36/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.45e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTA‑GCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACGATTTAAGAATCATACAAATA > NC_000913/2903569‑2903861 | cGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTA‑GCCTCAAAACAAAGAc < 1:662511/149‑1 (MQ=255) aTGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAACACCCATTT‑ACCTCCAaacaaaaac‑aaa > 1:299018/1‑150 (MQ=255) gTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAAACACACATTA‑GACTCAAAAAAAAAAC‑aaa > 1:790558/1‑148 (MQ=255) gTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTTAAAAAACTAATTT‑ACCTTaaaaaaaaaaa‑aaaa > 2:489044/1‑148 (MQ=255) tttAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAAACAAACCTTA‑AACTCAAAAAAAAAAA‑AAACTTcc > 2:757865/1‑150 (MQ=255) aGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAACACCCATTA‑AGCTCAAAAAAAAAAC‑aaaaattc > 1:12247/1‑142 (MQ=255) tAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTTAAAAAACTCATTA‑TTCTTCAAACAAAAAA‑AAAcattcaaaatt > 2:297924/1‑139 (MQ=255) aaaaGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAACCCCTCATTT‑ACCTCAAAACAaaaaa‑aaaaatccccatttttt > 1:248400/1‑137 (MQ=255) gACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTA‑GCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACtt < 1:613415/151‑1 (MQ=255) cAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTA‑GCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTaa < 1:592690/151‑1 (MQ=255) aTACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTA‑GCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAAcc < 1:465817/151‑1 (MQ=255) tACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTTAAACACATCATTATTCCCAAAAAAAAAAAA‑AAACTTCC‑GA‑TTTTTTACttta > 2:42566/1‑146 (MQ=255) tACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTGTAAAAAAACTCACTA‑TCCTCCAAAAAAAAAC‑AAAAATCCAGA‑ATTATTATTTaaac > 1:665242/1‑148 (MQ=255) 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ataGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTA‑GCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAaataa < 2:30945/150‑1 (MQ=255) taGAGGCGGTTATTTAAAAACACTCATTA‑GCCCCAAAAAAAAAAA‑AAAAATCCAGA‑ATTATTACTTAAACAAAGAATAAAAAAAATAAAAAAAATAATGTTATTTTTAAGAAAAAAATAAAAAGAATTAATTCAATATTAAAAAaataa > 2:502909/1‑149 (MQ=255) gagGCGGTTATGTAAAACCACTCATTA‑GCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGa < 2:47406/151‑1 (MQ=255) agGCGGTTATGTAAAACCACTCATTA‑GCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGa < 2:47398/150‑1 (MQ=255) gCGGTTATGTAAAACCACTCATTA‑GCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTa < 1:57990/151‑1 (MQ=255) 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aTTA‑GCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACGATTTa > 1:958519/1‑149 (MQ=255) ttA‑GCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACGATTTa > 1:500326/1‑148 (MQ=255) a‑GCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACGATTTAAGaa < 2:956009/150‑1 (MQ=255) aaaaCAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACGATTTAAGAATCATAc > 2:1074531/1‑150 (MQ=255) aaaCAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACGATTTAAGAATCATACa > 2:184812/1‑150 (MQ=255) aaCAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACGATTTAAGAATCATACaa > 2:264527/1‑150 (MQ=255) aaaGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACGATTTAAGAATCATACAAATa < 2:659198/150‑1 (MQ=255) | CGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTA‑GCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCCAGA‑TTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACGATTTAAGAATCATACAAATA > NC_000913/2903569‑2903861 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |