| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 29,496 | 0 | T | A | 40.7% | 68.3 / 30.9 | 54 | intergenic (+301/‑155) | dapB/carA | dihydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase small subunit, glutamine amidotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/6); new base A (0/22); total (26/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGA > NC_000913/29349‑29643 | aaTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaa > 2:40500/1‑150 (MQ=255) gTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaaaa > 1:335169/1‑150 (MQ=255) tAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAt > 1:739814/1‑151 (MQ=255) aaaTTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGATGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAatat > 2:466147/1‑150 (MQ=255) aaTTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATcc > 2:515682/1‑151 (MQ=255) aaTTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATcc < 1:760238/151‑1 (MQ=255) aTTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATccc > 1:152046/1‑151 (MQ=255) ccATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCAtt > 1:140543/1‑150 (MQ=255) cATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTa > 1:89077/1‑150 (MQ=255) ccttttttttCTGCTTGTTTTTATTTAATCCAATTTTTTTGCGGCAAAGGCTTTTCCA‑AGAAGAGTTTAGTGGATCTTTTTGCCGTTAAATGCCGGAAAAACATGAATGACCCAAAAAATAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACt < 1:657912/146‑1 (MQ=255) ttttttCTTCTCGTTTTTTTTTATTGCATTCTTTTTGCGGGAAAAGCTTTTCCA‑AAAACAGTTAAAATAATTTTTTTGTCTTTTAACCCCTAAAAAACATGCTTGAGCCAAAAAATAATATAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACttt < 2:436932/148‑1 (MQ=255) ttttttCTGCTCTTTTTTTTTTCATGCATTCTTCTTGCTGCGCAAGTGTTTCCA‑AAAACAGGTAAGATAATTTTTTTGTAATTTAATGCTTGTAAAACATGCATGAGCAAAAAAATAATAAAAAAATCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTa < 2:232455/150‑1 (MQ=255) ttttCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAgcg > 2:161666/1‑151 (MQ=255) tttCTGCTTTTTTTTATTTCATGAATTTTTTGTGCTGCACAACCTTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATAATTTTTTTATCGTTTATTCCGTATAAACCATGCATGAGCCAAAAAATAAAATAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAgcg < 2:508269/150‑1 (MQ=255) cTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCatat > 1:742647/1‑151 (MQ=255) tctttttttttTCATGCATTTTTCTTGCTGCGCAAGCTTTTTCC‑AGAACAGGTTAAATGATTTTTTTGTCGCTTAATGCCTGAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCata < 1:661990/146‑1 (MQ=255) ttttttttTCATGAATTCTTCTTGCTCCGAAAGCGTTTCCC‑AGAACAGTTTAGATGATTTTTTTGTCTCTTAATGCCTATAAAACATGCATGGCCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtctc < 2:428617/150‑1 (MQ=255) ttttttttCATGCATTCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTCCC‑AAAACAGTTTAGATGATTTTTTTGTCGTTTAATGCCTGAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTcc < 1:1952/150‑1 (MQ=255) tATTTCATGCATTCTTCTTGCTGCACAAGCTTTTTCA‑AAAACAGGTTAGATGATTTTTTTGCCGTTAAATGCCTGAAAAACATGCAGGAGCCAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGa < 1:235732/150‑1 (MQ=255) tGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgccgcc > 1:453097/1‑151 (MQ=255) tGCAATATTCTTGTTGCGCAAGCGGTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTACTGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAACTAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgccgc > 2:803943/1‑150 (MQ=255) gCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGccgccg > 1:343587/1‑151 (MQ=255) aaTCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGtt > 1:714427/1‑151 (MQ=255) ttttcttGCTGCGCAAGCGTTTTCA‑AAAACAGTTTAGATGTTTTTTTTGTCTTTAAATCCTTGAAAAACATGCATGAGCAAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGttt < 1:533618/148‑1 (MQ=255) cacagtgTTTTCCAAAAACAGGTAAAATATTTTTTTTTTCGTTTAATGCCTAAAAAACTTGAATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATtc < 2:507030/144‑1 (MQ=255) aaGCTTTTTCC‑AGAACGGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGAAAAACATGCATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATtcgt < 1:800303/149‑1 (MQ=255) atcttttcaaacagcAGGTTAGATCGTCTTTTTCACTCTTCTCGCCTTAAAAACATGAGGGTGCCAAAAAATAATAAAAAAACCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGaaa < 2:379568/129‑1 (MQ=255) ttttCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTa > 1:309591/1‑149 (MQ=255) 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aGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCAt > 1:129402/1‑151 (MQ=255) atgttttttttGCCGTTTAATGCCTGAAAAACATGAATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGa < 1:398988/141‑1 (MQ=255) tttttttGTCGTTTAATGCCTGAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACg < 1:164762/147‑1 (MQ=255) tttttttGTCGCTTAATGCCTGAAAAACATGCATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGt < 1:301540/148‑1 (MQ=255) ttttttGTCGCTAAATGCCTGAAAAACATGCAGGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGt < 1:647028/148‑1 (MQ=255) 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atgAGCAAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagtgag < 1:80448/151‑1 (MQ=255) aggggCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATaaa < 1:404540/142‑1 (MQ=255) tgAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGAATTGATTTACGTAATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagtgag > 1:526136/1‑150 (MQ=255) tgAACCAAAAAAAAATATAAAAATCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCaaa < 2:613971/141‑1 (MQ=255) tgAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAag < 2:10800/146‑1 (MQ=255) 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aaaaaaTAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATtct < 1:481592/151‑1 (MQ=255) aataAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTgg < 1:515807/151‑1 (MQ=255) ataaAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGa < 1:812476/151‑1 (MQ=255) | AATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGA > NC_000913/29349‑29643 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |