| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,604,237 | 0 | C | T | 40.0% | 57.7 / 11.8 | 45 | S64L (TCG→TTG) | lsrD | autoinducer 2 import system permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/19); new base T (18/0); total (26/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.10e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 | |||||||||||
TTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTA > NC_000913/1604093‑1604386 | ttATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTTGATATTTTGttt > 2:212762/1‑149 (MQ=255) gagaTTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCg < 1:391762/150‑1 (MQ=255) cGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCgg < 1:311101/150‑1 (MQ=255) gCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGcc < 2:433029/151‑1 (MQ=255) ttGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTTTTTGGTTCGTCCATCGGcccc > 2:674562/1‑147 (MQ=255) gCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGTTTTGTTCGACCATCGGCCTCTGCGcc > 1:197776/1‑150 (MQ=255) cAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATGGGTATTTTGTTTGGGTCGACCATCGGCCCCTGCGcc > 2:178577/1‑149 (MQ=255) aTTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTTGTTTTGTTCGACCATCGGCCTCCGCGCcatt > 1:269701/1‑150 (MQ=255) tAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGGTATTTTGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCCTTGCCATTGGG‑GTACtttt > 2:808707/1‑151 (MQ=255) gATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGTTTTGTTTGACCATCGGCCTCTGCGCCCTTG‑CATTTGGCGGACTGttt > 1:322505/1‑150 (MQ=255) aaTATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGTTATTTTCTTTTGTTCGACCATCGGGCTCTGCGCCCTTG‑CATTTGGGGTACTGtttttcagt > 2:662723/1‑144 (MQ=255) ttGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGTTTTGTTCGCCCCTCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGGGGGGCTGTTTTTAAGTGGggtg > 2:668319/1‑150 (MQ=255) gTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGTTTGGTTTGACCATCGGCCTCTGCGCCCTTT‑CATTGGGGGGACTGTTTCAAAGTGGGGTGCCGATg > 1:400794/1‑151 (MQ=255) gCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCt < 1:716199/151‑1 (MQ=255) ccAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGc < 2:76297/151‑1 (MQ=255) cTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGTTTGGTTCGACCATCCGCCTCTGCGCCCTTG‑CATTGGGCGGACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTc > 1:842475/1‑151 (MQ=255) tCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCCTTG‑CATTGGGCGGACTGTTTTAAAATGGTGTGCCGATGCCGCTGGGGATACTCCTGAc > 1:119143/1‑151 (MQ=255) attggcattgTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTTGTTCGACCATCGGCCCCTGGGCCATTG‑CATTTGGCGGACTGTTTTTAAGAGGGGTGCCGCTGCCCCCGGCGGTACACCTGGccct > 2:347751/1‑147 (MQ=255) ttgTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGTTATTTTGTTTGGGTTGACCAACGGGCCCTGCGGCCTTG‑CATTGGGGGTGCTTTTTCAAAGTGGGGTCCCGCTGCCGCTGGCGATACTCCCGGCCTTACTGCCCgg > 2:209853/1‑151 (MQ=255) gTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGAGCGATATTTTGTTTTGTTTGACCCTCGGCCCCTGCGCCCTTG‑CATTGGGGGGACTGTTTTCAAGTGGGGTGGCGGGGCCGCTGGCGGTACTCCTGACCCTACTGCTCGgcg > 1:135998/1‑151 (MQ=255) gCCCTTTCGCTAACGATGGTGATTGTCCGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGATGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGGCCTTACTGCTCGgcgc < 2:367516/149‑1 (MQ=255) aCCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCAACGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTTGGCGTACTGTTTTAAAAAGGGGTGCCGATGCCGCTGGCGGTACTCCTTACCCTACTGCTCGGCGCCTtgt > 1:295565/1‑149 (MQ=255) ccGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCg < 1:341796/151‑1 (MQ=255) cGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCCATATTTTCTTTTGTTCGACCCCCCGCCCCTTGGGCCTTG‑CCTTGGGGGGACTGTTTTTAAGGGGGGGGGCCGTGCCGCTTGCGGTACTCCTGACCCTTTTGCTCGGCGCCTTTTTCgg > 2:77646/1‑151 (MQ=255) cGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGAGCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGGCCTTACTGCGCGGCGCATTGTGCgg < 2:593213/151‑1 (MQ=255) cGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGCGTTCATTTTTCGTTTTTTTCGCCCAGCCGCCCCCCGGCCACTG‑CATTGGGCGTGCTCTTTTAAACTGGGGTGGCGGTGCCGCTTGCGGTACTCCTGACCTTCATGCTccg > 2:412072/1‑137 (MQ=255) cTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTTCGCCATTG‑CATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCggg < 2:456993/150‑1 (MQ=255) aaCGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGGTATTTCCTTTTGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCCTTG‑CCTTGGGCGTACTGTTTTAAAATGGTGTGGCGATGCCGCTGGCGGTACTCCTGTCCTTTCTGCTCGGGGCATTGTGgggg > 2:415273/1‑148 (MQ=255) cGATGGTGATTGTCAGTGGCTGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGCCCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGCGCTGa < 2:447437/150‑1 (MQ=255) cGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTTGTTTTGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CCTTGGGCGTACTGTTTTAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGGTACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCCTTGTGCggg > 1:483181/1‑146 (MQ=255) gATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTTGTTTGGGTCGACCATCGGCCTCTGGGCCCTTG‑CATTGGGGGGAATGTTTTTAAATGGTGGGGCGATGCCGCCGGCGAGACTCCTCACCTTACTTCTCGGCGCCTTGTGCGGGCTggt > 2:166252/1‑148 (MQ=255) aTGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCa < 1:678950/151‑1 (MQ=255) gTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACg < 2:462366/151‑1 (MQ=255) aTTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCg < 1:468994/151‑1 (MQ=255) tGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCgg < 2:20815/150‑1 (MQ=255) gTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGa < 1:668481/150‑1 (MQ=255) gTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGCTTGGGTCGACCATCCGCCTCTCCGCCATTT‑CATTTGGCGCAATTGTTTAAAGTGGGGTGCCCATGCCGCCGGCGATAACCCCGGCCTTACCTCCCGCGGCATCGTGCGGGcgcgttcacacccg > 2:62822/1‑136 (MQ=255) cAGTGTCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGatta < 2:851701/151‑1 (MQ=255) cAGTGGCGGGATCGGTATTTTGTTTTGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCCTTT‑CATTGGGGGTACTGTTTTAAAGGGGGGTGCCGATGCCGCTGGGGGTACCCCTTACCTTACTTCTCGGCGCCCTGTGCGGGGGGGTCAACCCCCGatt > 2:613941/1‑150 (MQ=255) cAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGAGCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGatta < 2:413660/151‑1 (MQ=255) cAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGatta < 1:58971/151‑1 (MQ=255) cGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATAcc > 2:482169/1‑151 (MQ=255) cGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATAcc > 2:458548/1‑151 (MQ=255) gATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATAcc > 2:839849/1‑150 (MQ=255) tCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGtt < 2:520623/150‑1 (MQ=255) cGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTa < 1:742067/150‑1 (MQ=255) | TTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑CATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTA > NC_000913/1604093‑1604386 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |