| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 635,092 | 0 | A | T | 40.5% | 49.1 / 13.3 | 37 | D95E (GAT→GAA) | ybdM | Spo0J family protein, ParB‑like nuclease domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/14); new base T (15/0); total (23/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.00e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGA‑CCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCC > NC_000913/634948‑635236 | aCGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCCTGGCCTTTTTTTcc > 2:277283/1‑148 (MQ=255) gATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTTTTCGTATGTGTGA‑Ccaca > 1:331646/1‑148 (MQ=255) ttGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTTAAAACCAACCACGATTTTCCTGGCATTTTTTTCCGTATGTGTGA‑CCACAAaggg > 1:539697/1‑147 (MQ=255) gATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGA‑CCACAAtgggttgggt < 2:288557/151‑1 (MQ=255) tACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTGTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGA‑CCACAATGGGTTGGGTaa < 2:305234/150‑1 (MQ=255) ccAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGGATTTTTTTTCGTATGTGTGA‑CCACAATGGGGTGGGTAAAAACATCTAttt > 1:77215/1‑150 (MQ=255) aGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAACATCCACGATTTTCATGGGATTTTTATCCGTATGTGTGA‑CCACAATGGGGTGGGTAAAACCATCCAttt > 2:272198/1‑148 (MQ=255) aGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTTTCCCCATGTGTGA‑CCACAAAGGGGTGGGGAAAACCATCTTTTTCAATgg > 2:376380/1‑150 (MQ=255) cACCGGCAAATAACCTTTTGAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTAACAATTTCATGGCGGTGAAAACCAGCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGA‑CCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGAttt < 1:542369/150‑1 (MQ=255) ccGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGA‑CCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTg < 1:445612/151‑1 (MQ=255) gCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAACATTCACGATTTTCATGGGATTTTTTTTCGGTTGGGTGACCCAAAAGGGGTTGGG‑AAAACCATCTATTTTAAAGGGttttt > 1:249837/1‑147 (MQ=255) aaTAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGA‑CCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGcagcag < 1:440983/151‑1 (MQ=255) aaCCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGA‑CCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGttt < 1:364315/151‑1 (MQ=255) aaCCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGA‑CCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGttt < 1:16482/151‑1 (MQ=255) aaCCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGCGAAAAAAATCCACGATTTTCATTGCATTTTTTTCCCTTTGTGTGA‑CCACAAATGGTTGGGTAAAACCACCTTTTTCAATTGAATTTTTTAGGAGttt > 1:165393/1‑151 (MQ=255) aCCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGGTTTTCAAGGCGTTTTTATTCACATTTGTTA‑GCACAAAAGGTTGGGTGAAACCATCTATTTTAATTGtttttttttccagattt > 1:509043/1‑140 (MQ=255) ttAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAACATCCACGATTTTCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGA‑CCACAATGGGGTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTTCAGCAGtttttttt > 2:384301/1‑150 (MQ=255) ttAAGCGTAACTTTAATGATGATGAGCCGGTACCAATTTCATAGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGA‑CCTCAATGGGTTGGGTAAAGCCATCTATTTCAATGTATTGTTGCATCAGttttttt < 1:124623/149‑1 (MQ=255) ttAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGGAAACCAACCACGATTTCCCTGGCATTTTTTTCCTTATGTGGGA‑CCACAATGGGGTGGGGAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTTTAGCAGTTTTTTTTTGGGGGGTGcccc > 1:128532/1‑149 (MQ=255) 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gatgatgaGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGA‑CCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACgttgt < 2:249878/151‑1 (MQ=255) gatgatgaGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGA‑CCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACgttg < 1:125351/150‑1 (MQ=255) atgatgaGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAACATCCACGATTTTCCTTGCATTTTTTTTCGTATGGGTGA‑CCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTTTTTCAATGGGTTTTTTCCGCAGTTTTTTTTCTGGTGGGGCCACgttgt > 2:512533/1‑150 (MQ=255) tACCAATTTCATGGCGGTGAAAAACAACCACCAGTTCCATGGCATTTTTTTCCCTATGTGTGG‑CCACAATGGGGTGGGTAAAACCATCTTTTTCCATGGATTTTTTCAGCAGTTTTTTTTTGGGGGGTGCCACCTTGTTTTGGTTGTTAt > 1:498021/1‑150 (MQ=255) tCATGGCGGTGAAAACCATCCACGAATTTCATGGGCTTTTTTTCCGTATGGGTGA‑ACACAATGGGTTGGGGACAACCATCTATTTCTATGGGTTTTTTCAGCAGTTTTTTTTTGGGGGGTGCCACGTTGTTTGGGGTGGAATCCTTTgg > 1:232284/1‑149 (MQ=255) aTGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGGATGTGTGA‑CCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTTGGGGGGGGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCAt > 1:182461/1‑150 (MQ=255) tGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGA‑CCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATa > 2:346753/1‑150 (MQ=255) gAAGACCATCCGCGATTTGCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGA‑CGACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTACTTCAATGGATTTTTGCAGAAGTTATATTGCGGGTGGAGCCGCGTTGGTTGGGGTGTAGTCAGTAGGCATAAGttag < 1:25533/149‑3 (MQ=255) aaaCCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGA‑CCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGt < 2:533955/151‑1 (MQ=255) cATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGA‑CCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGttttt < 2:357699/151‑1 (MQ=255) gATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGA‑CCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCcac > 1:9776/1‑151 (MQ=255) gATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGA‑CCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCcac > 1:2656/1‑151 (MQ=255) aTTTTTATCCGTATGTGTGA‑CCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATcc > 2:265041/1‑151 (MQ=255) | ACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGA‑CCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCC > NC_000913/634948‑635236 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |