| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 606,619 | 0 | T | C | 52.0% | 12.1 / 28.2 | 25 | G255G (GGA→GGG) | ybdK | weak gamma‑glutamyl:cysteine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/4); new base C (0/13); total (8/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.90e-03 | |||||||||||
CTTCAAGCCCATAGCGACAGGCCTGGAAACGGTTGAATTTATACAGCAGGTAATCTTTTTCCTGATGTTTAAAC‑GGGCGTTCCGTCAGTAACCAGTGGGCGGTAGCCTGAATTAATCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCACCGTGCCAAAATGAGGACTGGGGCGAATATCCCAGTGCAGATCTTTAATGCTGTCGATCATCGTGGTGTAACTCAGACAGCGAAA > NC_000913/606504‑606762 | cTTCAAGCCCATAGCGACAGGCCTGGAAACGGTTGAATTTATACAGCAGGTAATCTTTTTCCTGATGTTTAAAC‑GGGCGTTCCGTCAGTAACCAGTGGGCGGTAGCCTGAATTAATCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACgg > 1:122250/1‑151 (MQ=255) aacccaatggcgcCAGTCGTGAAAAGGTTTAAATTTATACAGAAGTTATTTTTTTCCTTGATTTTTAACC‑GGGGGTTCCGTCAGTACCGGGTGGGGGGTGGCCTAAATAATCCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACgg < 1:392948/138‑1 (MQ=255) ccATAGCGACAGGCCTGGAAACGGTTGAATTTATACAGCAGGTAATCTTTTTCCTGATGTTTAAAC‑GGGCGTTCCGTCAGTAACCAGTGGGCGGTAGCCTGAATTAATCCCGCCAAATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATcc > 2:56280/1‑150 (MQ=255) cAGGCGTGAAAACGTTAGAATTAACACGGCGGTTATTTTTTTTCCTGTTGTTAAAGC‑GGCCCTCCGTTCGGTAAAGGGGGGGGGGTAGCATAATTTACCCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCg < 1:279001/149‑1 (MQ=255) gccgtaaaaaCGGTTGAATTTAACCAGCAGTTATTTTTTTTCTTGTTGTTTAACC‑GGCCGTCCCTTCAGTAACCAGGGGGGGGTAGCCTGAATTACCCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAAc < 1:102382/143‑1 (MQ=255) gaaatcGGTTGATTTTATACAGAAGGTATTTTTTTTCTTGTTTTTGAAGG‑GGGCGTCCCGTCATTAACCGGTGGGGGGTAGCGTGATTCAACCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCa < 1:65652/145‑1 (MQ=255) gaaaaGGGTTAATTTTATACAGCGGGTAATTTTTTCCCTGTTGTTAAACG‑GGGCGTCCCGTCAGAACCCAGGGGGGGGTGGCTTAAATAAACCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCa < 2:195699/148‑1 (MQ=255) aaagggtaaaaTTTAAACAG‑AAGTTATTTTTTTCCTTATTTTTTAACGGGGCGTCCCGTCAGAACCCGGGGGGGGGTAGCTTAAATTAACCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCAcc < 2:214124/141‑1 (MQ=255) ggTTGAATTTATACAGCAGGTAATCTTTTTCCTGATGTTTAAAC‑GGGCGTTCCGTCAGTAACCAGTGGGCGGTAGCCTGAATTAATCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCACCGTGcc > 2:19135/1‑151 (MQ=255) ataCAGCAGGTATTTTTTTCCCTGATGTTTAACG‑GGGCGTTCCGTCAGTAACCGGGGGGCGGTGGCCTAAATAAACCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCACCGTGCCAAAATGAg < 2:6886/149‑1 (MQ=255) aCAGCAGGTATTTTTTTTCCTG‑TTTTTAAACGGGGCGTTCCTTCAGTAACCAGGGGGGGGTAGCCGGAATTAATCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCACCGTGCCAAAATGAgg < 1:189303/148‑1 (MQ=255) gTAATCTTTTTCCTGATGTTTAAAC‑GGGCGTTCCGTCAGTAACCAGTGGGCGGTAGCCTGAATTAATCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCACCGTGCCAAAATGAGGACTGGGGCg > 1:208950/1‑150 (MQ=255) ttttttCCCTATTGTTAAACGGGGCTTTCGTTAAGTAACCAGGGGGGGGTACCTAAAATTAACCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCACCGTGCCAAAATGAGGACTGGGGCGAata < 2:172518/149‑1 (MQ=255) cTTTTTCCTGATGTTTAAAC‑GGGCGTTCCGTCAGTAACCAGTGGGCGGTAGCCTGAATTAATCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCACCGTGCCAAAATGAGGACTGGGGCGAATATc > 2:278881/1‑151 (MQ=255) tttttCTTGATTTTTACCC‑GGCCGTTCCGACAGTACCGGGTGGGGGGGAGCCTAAATTACCCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCACCGTGCCAAAATGAGGACTGGGGCGAATATc < 1:322935/150‑1 (MQ=255) tttttCCTGATGTTTAAAC‑GGGCGTTCCGTCAGTAACCAGTGGGCGGTAGCCTGAATTAATCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCACCGTGCCAAAATGAGGACTGGGGCGAATATcc > 1:40740/1‑151 (MQ=255) tGATGTTTAAAC‑GGGCGTTCCGTCAGTAACCAGTGGGCGGTAGCCTGAATTAATCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCACCGTGCCAAAATGAGGACTGGGGCGAATATCCCAGTGc > 2:147958/1‑150 (MQ=255) gggCTTCCCATCAGTACCCAGGGGGCGGTGCCGTAAATAAATCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCACCGTGCCAAAATGAGGACTGGGGCGAATATCCCAGTGCAGATCTTTAATg < 2:1742/150‑1 (MQ=255) ggCGTCCCGTAAGTAACCGGGGGGGGGTAGCCTAAATTAACCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCACCGTGCCAAAATGAGGACTGGGGCGAATATCCCAGTGCAGATCTTTAATGCt < 2:209036/151‑1 (MQ=255) atcggggggtgggTAGCTTAATTTACCCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCACCGTGCCAAAATGAGGACTGGGGCGAATATCCCAGTGCAGATCTTTAATGCTGTCGatcatc < 1:35314/136‑1 (MQ=255) acgaGTGGGGGGTTCCCGGAATTCACCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCACCGTGCCAAAATGAGGACTGGGGCGAATATCCCAGTGCAGATCTTTAATGCTGTCGATCATCgtg < 1:362956/146‑1 (MQ=255) gggCGGTAGCCTAAATTAATCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCACCGTGCCAAAATGAGGACTGGGGCGAATATCCCAGTGCAGATCTTTAATGCTGTCGATCATCGTGGTGTAACt < 2:210786/151‑1 (MQ=255) tAGCCTGAATTAATCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCACCGTGCCAAAATGAGGACTGGGGCGAATATCCCAGTGCAGATCTTTAATGCTGTCGATCATCGTGGTGTAACTCAGAc > 2:137767/1‑150 (MQ=255) cttaatttATTCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCACCGTGCCAAAATGAGGACTGGGGCGAATATCCCAGTGCAGATCTTTAATGCTGTCGATCATCGTGGTGTAACTCAGACAg < 2:179720/143‑1 (MQ=255) aaTTAACCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCACCGTGCCAAAATGAGGACTGGGGCGAATATCCCAGTGCAGATCTTTAATGCTGTCGATCATCGTGGTGTAACTCAGACAGCGaaa < 2:396227/150‑1 (MQ=255) | CTTCAAGCCCATAGCGACAGGCCTGGAAACGGTTGAATTTATACAGCAGGTAATCTTTTTCCTGATGTTTAAAC‑GGGCGTTCCGTCAGTAACCAGTGGGCGGTAGCCTGAATTAATCCCGCCATATTTACTGCGTGGCTAAGGGTTAACGGGGTATCCATCACCCGAACCTCCACCGTGCCAAAATGAGGACTGGGGCGAATATCCCAGTGCAGATCTTTAATGCTGTCGATCATCGTGGTGTAACTCAGACAGCGAAA > NC_000913/606504‑606762 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |