| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 987,494 | 0 | T | G | 54.2% | 18.3 / 32.6 | 24 | intergenic (‑512/+91) | ompF/asnS | outer membrane porin 1a (Ia;b;F)/asparaginyl tRNA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/10); new base G (13/0); total (14/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.61e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.28e-05 | |||||||||||
CCAGAATGCCAAAAAATAGTATGAAAATTGTGCTATTAGCTAAGAAAAAACTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGTTGCAAATAGATTGCTTGA‑CTTAACAAACAGATAACTTGACAGAAAAGATAAAAAAAGAGCCAGCGGGCGCTGGCTCTTGAAGACGCTAAATTAGAAGCTGGCGTTACGCGGAGTACGTGGGAACGGAATCACATCACGTACGTTTTGC > NC_000913/987358‑987642 | ccAGAATGCCAAAAAATAGTATGAAAATTGTGCTATTAGCTAATAAAAAACTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTGTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGTTGCAAATAGAttt < 1:310264/150‑2 (MQ=255) aGAATGCCAAAAAATAGTATGAAAATTGTGCTATTAGCTAAGAAAAAACTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGGTGGAAATAAATTTCtt > 2:330001/1‑151 (MQ=255) gAATGCCAAAAAATAGTATGAAAATTGTGCTATTAGCTAAGAAAAAACTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGTTGCAAATAGATTGCTTg < 1:28646/151‑1 (MQ=255) aaTGCCAAAAAATAGTATGAAAATTGTGCTATTAGCTAAGAAAAAACTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGGTGGAAATAAATTGttt > 2:15600/1‑149 (MQ=255) gCCAAAAAATAGTATGAAAATTGTGCTATTAGCTAAGAAAAAACTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGGTGGAAAAAAAATTCTTGA‑ttt > 2:7376/1‑151 (MQ=255) gTATGAAAATTGTGCTATTAGCTAAGAAAAAACTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGTTGCAAATAGATTGCTTGA‑CTTAACAAACAGAt < 2:165077/151‑1 (MQ=255) tgtgCTATTAGCTAAGAAAAAACTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGGTGGAAAAAGATTGTTTTA‑CTTtaaaaaaaaaaaaatttac > 2:87427/1‑136 (MQ=255) gCTAAGAAAAAACTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGGTGGAAAAAAATTGCTTGA‑CTTAAAAAAAAAAAAAATTTACaaaaaaaaaaa > 2:163667/1‑145 (MQ=255) aGAAAAAACTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGGTGGAAAAAAATTGTTTTA‑CTTTAAAAAAAAAAAAAATTACAGAaaaaaaaaaaaa > 2:232210/1‑150 (MQ=255) aaaaaaCTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGTTGCAAATAGATTGCTTGA‑CTTAACAAACAGATAACTTGACAGAAAAGATAAAAAAaga < 2:213850/151‑1 (MQ=255) aaaCTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGTTGCAAATAGATTGCTTGA‑CTTAACAAACAGATAACTTGACAGAAAAGATAAAAAAAGAGcc < 2:356838/151‑1 (MQ=255) cAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGTTGCAAATAGATTGCTTGA‑CTTAACAAACAGATAACTTGACAGAAAAGATAAAAAAAGAGCCAGCGGGCGCTg < 2:142371/151‑1 (MQ=255) cAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGGTTCCGAAAGATTTGTTGA‑GTTGACAAACAGATAAAATTGGAGAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGCg > 2:209988/1‑144 (MQ=255) aaTAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGTTGCAAATAGATTGCTTGA‑CTTAACAAACAGATAACTTGACAGAAAAGATAAAAAAAGAGCCAGCGGGCGCTgg < 1:164113/151‑1 (MQ=255) aaTAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGGTGGGAAAAGAATGCTTGA‑CTTTAAAAAAAAATAAAATTACAGAAAAAATAAAAAAAAAACCAGCggggggcgg > 2:361801/1‑145 (MQ=255) ggATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGGTGGCAAAAAATTGGTTTACCTTTTAAAAAAAAAAACTT‑ACAGAAAAAATAAAAAAAAAGACAGCCGGGGCCTGCTCtt > 2:130342/1‑145 (MQ=255) aaaTGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGTTGCAAATAGATTGCTTGA‑CTTAACAAACAGATAACTTGACAGAAAAGATAAAAAAAGAGCCAGCGGGCGCTGGCTCTTGAAGACGCTAAATTAGAAGCTgg < 1:125848/150‑1 (MQ=255) ttGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGGTTTAAAAAAATTTGTTTA‑CTTTAAAAAAAGATAACTTTTCAGAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAGAGGGGGCGGGCTCTTTAAAAGGCCAAAATAGaaaatgggggt > 2:126055/1‑140 (MQ=255) aTGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGGTGGAAATAGAATGCTTTA‑CTTTAAAAAAAAAAAAATTTTCAGGAAAAAAAAAAAAAAAAGCAGAAGGCGCCGGGGCCTTGAGAAGCTAAAATAGAAACTgggggtaaaccg > 1:192528/1‑140 (MQ=255) atTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGGTGCAAATAAATTGCTTGA‑CTTAACAAAAAGAAAAATTTACAGAAAAAATAAAAAAAAAACCAGCGGGGGGTGGCTCTTGAAGACGCTAAAATAAAAACTGGCGGTACGCGGAGGACg > 2:264484/1‑149 (MQ=255) ccGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGTTGCAAATAGATTGCTTGA‑CTTAACAAACAGATAACTTGACAGAAAAGATAAAAAAAGAGCCAGCGGGCGCTGGCTCTTGAAGACGCTAAATTAGAAGCTGGCGTTACGCGGAGTACGTGGGa < 1:207379/151‑1 (MQ=255) aaCAGGATGATCGTTATGGCGGGGGTGGAAAAAAATTGCTTGA‑CTTTAAAAACAAAAAAATTTTAAGAAAAAATAAAAAAAAAACCAGCGGGGGCGGGGTCTTGTAGAAGCCAAATTAGAAGCTGGGGGGAAGCGGAGGACGgggggaagg > 2:112105/1‑146 (MQ=255) aGGATGATCGTTATGGCGGGGTTGCAAATAGATTGCTTGA‑CTTAACAAACAGATAACTTGACAGAAAAGATAAAAAAAGAGCCAGCGGGCGCTGGCTCTTGAAGACGCTAAATTAGAAGCTGGCGTTACGCGGAGTACGTGGGAACGGAat < 2:290083/151‑1 (MQ=255) ggTTGCAAATAGATTGCTTGA‑CTTAACAAACAGATAACTTGACAGAAAAGATAAAAAAAGAGCCAGCGGGCGCTGGCTCTTGAAGACGCTAAATTAGAAGCTGGCGTTACGCGGAGTACGTGGGAACGGAATCACATCACGTACGTTTTGc > 1:101364/1‑151 (MQ=255) | CCAGAATGCCAAAAAATAGTATGAAAATTGTGCTATTAGCTAAGAAAAAACTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGTTGCAAATAGATTGCTTGA‑CTTAACAAACAGATAACTTGACAGAAAAGATAAAAAAAGAGCCAGCGGGCGCTGGCTCTTGAAGACGCTAAATTAGAAGCTGGCGTTACGCGGAGTACGTGGGAACGGAATCACATCACGTACGTTTTGC > NC_000913/987358‑987642 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |