| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,823,664 | T→C | V422A (GTG→GCG) | spoT → | bifunctional (p)ppGpp synthetase II/ guanosine‑3',5'‑bis pyrophosphate 3'‑pyrophosphohydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,823,664 | 0 | T | C | 98.4% | 220.2 / ‑5.0 | 64 | V422A (GTG→GCG) | spoT | bifunctional (p)ppGpp synthetase II/ guanosine‑3',5'‑bis pyrophosphate 3'‑pyrophosphohydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (37/26); total (38/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
TTTGAATTTATCGAGAGCGTTAAATCCGATCTCTTCCCGGATGAGATTTACGTTTTCACACCGGAAGGGCGCATTGTCGAGCTGCCTGCCGGTGCAACGCCCGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTC > NC_000913/3823516‑3823810 | tttGAATTTATCGAGAGCGTTAAATCCGATCTCTTCCCGGATGAGATTTACGTTTTCACACCGGAAGGGCGCATTGTCGAGCTGCCTGCCGGTGCAACGCCCGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGCgg > 1:589446/1‑151 (MQ=255)tttGAATTTATCGAGAGCGTTAAATCCGATCTCTTCCCGGATGAGATTTACGTTTTCACACCGGAAGGGCGCATTGTCGAGCTGCCTGCCGGTGCAACGCCCGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGCgg > 1:731956/1‑151 (MQ=255) ttGAATTTATCGAGAGCGTTAAATCCGATCTCTTCCCGGATGAGATTTACGTTTTCACACCGGACGGGCGCATTGTCGAGCTGCCAGCCGGTGCAACGCCCGTCGACTTCGCTTATGCCGCGCATACCGATATCGGTCCTGCCTGCGCggg > 1:468777/1‑151 (MQ=255) 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tctcTTCCCGGATGAGATTTACGTTTTCACACCGGAAGGGCGCATTGTCGAGCTGCCTGCCGGTGCAACGCCCGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGCGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCg > 1:899484/1‑151 (MQ=255) tctTCCCGGATGAGATTTACGTTTTCACACCGGAAGGGCGCATTGTCGAGCTGCCTGCCGGTGCAACGCCCGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGCGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCt > 1:124258/1‑151 (MQ=255) ctTCCCGGATGAGATTTACGTTTTCACACCGGAAGGGCGCATTGTCGAGCTGCCTGCCGGTGCAACGCCCGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGCGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTAccc < 2:910734/147‑1 (MQ=255) ctTCCCGGATGAGATTTACGTTTTCACACCGGAAGGGCGCATTGTCGAGCTGCCTGCCGGTGCAACGCCCGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGCGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGc < 2:502305/149‑1 (MQ=255) cccGGATGAGATTTACGTTTTCACACCGGAAGGGCGCATTGTCGAGCTGCCTGCCGGTGCAACGCCCGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGCGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCg < 1:762017/151‑1 (MQ=255) gATGAGATTTACGTTTTCACACCGGAAGGGCGCATTGTCGAGCTGCCTGCCGGTGCAACGCCCGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGCGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGc > 2:580908/1‑151 (MQ=255) aTTTACGTTGTCACACCGGAGGGGCGCATGGTCGAGCGGCCTGCCGGTGCAACGCCCGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATCCCGATATCGGTCATGCCTGCGCGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTa < 1:137558/151‑1 (MQ=255) gTTTTCACACCGGAAGGGCGCATTGTCGAGCTGCCTGCCGGTGCAACGCCCGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGCGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCg > 1:973393/1‑151 (MQ=255) acacCGGAAGGGCGCATTGTCGAGCTGCCTGCCGGTGCAACGCCCGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGCGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCaaa < 2:899842/151‑1 (MQ=255) acacCGGAAGGGCGCATTGTCGAGCTGCCTGCCGGTGCAACGCCCGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGCGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCaa > 1:456553/1‑150 (MQ=255) 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tGCGCGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTc > 1:21879/1‑151 (MQ=255) gcgcGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAAtt < 1:1084998/149‑1 (MQ=255) | TTTGAATTTATCGAGAGCGTTAAATCCGATCTCTTCCCGGATGAGATTTACGTTTTCACACCGGAAGGGCGCATTGTCGAGCTGCCTGCCGGTGCAACGCCCGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTC > NC_000913/3823516‑3823810 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |