| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | NC_000913 | 3,377,241 | (AGCTCACGATCCACCAGGGTC)1→2 | coding (180/639 nt) | sspA ← | stringent starvation protein A, phage P1 late gene activator, RNAP‑associated acid‑resistance protein, inactive glutathione S‑transferase homolog |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3377214 = | 5 (0.110) | 38 (0.880) | 36/284 | 0.4 | 90.7% | coding (207/639 nt) | sspA | stringent starvation protein A, phage P1 late gene activator, RNAP‑associated acid‑resistance protein, inactive glutathione S‑transferase homolog |
| ? | NC_000913 | = 3377234 | 3 (0.070) | coding (187/639 nt) | sspA | stringent starvation protein A, phage P1 late gene activator, RNAP‑associated acid‑resistance protein, inactive glutathione S‑transferase homolog | |||||
TGTACCAGTCTTTTTCGATGCGATGCATGTACAGACGGCTTTCACCGCGAGCTACCGGGTAAACAGGCATCAGTGGCGGATGCGGGAAACGCTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATGGCTATAGATGTCAGTAGGACCGGAAAACA > NC_000913/3377087‑3377383 | tgtACCAGTCTTTTTCGATGCGATGCATGTACAGACGGCTTTCACCGCGAGCTACCGGGTAAACAGGCATCAGTGGCGGATGCGGGAAACGCTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACc < 1:178412‑M2/149‑2 (MQ=255) gtACCAGTCTTTTTCGATGCGATGCATGTACAGACGGCTTTCACCGCGAGCTACCGGGTAAACAGGCATCAGTGGCGGATGCGGGAAACGCTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACcagg < 1:194806‑M2/151‑5 (MQ=255) gcatgtacagacggctttcaccgcgagctaccgggtaaacaggcatcagtggcggatgcgggaaacgctcatccagatattccataatgatgcgagattcccacagggtcagctcacgatccacCAGGGTCAGCTCACGATCCACCAggg < 1:404216‑M1/26‑1 (MQ=255) aCCAGTCTTTTTCGATGCGATGCATGTACAGACGGCTTTCACCGCGAGCTACCGGGTAAACAGGCATCAGTGGCGGATGCGGGAAACGCTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACcaggg < 1:380300‑M2/150‑6 (MQ=255) acagacggctttcaccgcgagctaccgggtaaacaggcatcagtggcggatgcgggaaacgctcatccagatattccataatgatgcgagattcccacagggtcagctcacgatccacCAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAAc > 2:461930‑M1/119‑151 (MQ=255) tttttCGATGCGATGCATGTACAGACGGCTTTCACCGCGAGCTACCGGGTAAACAGGCATCAGTGGCGGATGCGGGAAACGCTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACcagggtcagctc < 1:228524‑M2/150‑13 (MQ=255) ttttCGATGCGATGCATGTACAGACGGCTTTCACCGCGAGCTACCGGGTAAACAGGCATCAGTGGCGGATGCGGGAAACGCTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACcagggtcagctc > 1:74982‑M2/1‑137 (MQ=255) acggctttcaccgcgagctaccgggtaaacaggcatcagtggcggatgcgggaaacgctcatccagatattccataatgatgcgagattcccacagggtcagctcacgatccacCAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGc < 1:47132‑M1/35‑1 (MQ=255) cggctttcaccgcgagctaccgggtaaacaggcatcagtggcggatgcgggaaacgctcatccagatattccataatgatgcgagattcccacagggtcagctcacgatccacCAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGctct > 1:390061‑M1/114‑151 (MQ=255) ggctttcaccgcgagctaccgggtaaacaggcatcagtggcggatgcgggaaacgctcatccagatattccataatgatgcgagattcccacagggtcagctcacgatccacCAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTg > 2:548449‑M1/113‑151 (MQ=255) cgatgcgatgCATGTACAGACGGCTTTCACCGCGAGCTACCGGGTAAACAGGCATCAGTGGCGGATGCGGGAAACGCTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACcagggtcagctcacgatc < 2:389929‑M2/151‑19 (MQ=255) tcaccgcgagctaccgggtaaacaggcatcagtggcggatgcgggaaacgctcatccagatattccataatgatgcgagattcccacagggtcagctcacgatccacCAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGGACGCTCTGATTCg < 2:633099‑M1/44‑1 (MQ=255) tcaccgcgagctaccgggtaaacaggcatcagtggcggatgcgggaaacgcccatccaggtattccataatgatgcgagattcccaccgggtcagcccacgcaccacCCGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGGCGGGACGCTCTGATTCg < 2:645137‑M1/44‑1 (MQ=255) 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tCACCGCGAGCTACCGGGTAAACAGGCATCAGTGGCGGATGCGGGAAACGCCCATCCAGGTATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACCGGGTCAGCCCACGCACCACccgggtcagctcacgatccaccaggggcgggacgctctgattcg < 2:645137‑M2/151‑45 (MQ=255) gcgAGCTACCGGGTAAACAGGCATCAGTGGCGGATGCGGGAAACGCTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACcagggtcagctcacgatccaccagggtcggaacgctctgattcgggttg < 1:52580‑M2/151‑50 (MQ=255) gAGCTACCGGGTAAACAGGCATCAGTGGCGGAAGCGGGAAACGATCATCCAGATAATCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCATCCCACGATCCACcaggggcatcccacgatccaccagggtcggaacgccctgattcgggtt < 1:482213‑M2/148‑49 (MQ=255) cagtggcggattcgggaaacgctcatccagatcttccataatgatgcgagattcccacagggtcagctcacgatccacCAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGGCGGGACGCCCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGCTCCTTAGGCgg < 2:324073‑M1/72‑1 (MQ=255) gtggcggatgcgggaaacgcccatccagatattccataatgatgcgagattcccacagggtcagctcacgatccacCAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGGCAATCAGATTCTGAggcggttt < 1:218649‑M1/75‑4 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |