| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,415,806 | 0 | G | T | 43.6% | 63.5 / 12.8 | 39 | N527K (AAC→AAA) | recE | Rac prophage; exonuclease VIII, 5' to 3' specific dsDNA exonuclease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/2); new base T (1/16); total (21/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.33e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGGATCGCTGCCAGCATTCTCATTGTGCGGATGTTCAGCGCC‑TTCCATTTCCTCCGG‑ATCATTTTCCTTAGCTTCAACCTGACTCTCTTCATCGAATGTTTCCTGGTATGTTGCGTCGCCCATCACCGCACCACAGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGTTTTTTCCGTTTCTGGCTGGTTCTGGTACACACAATCGCGAGTCTGGATCC > NC_000913/1415661‑1415945 | gCGGATCGCTGCCAGCATTCTCATTGTGCGGATGTTCAGCGCC‑TTCCATTTCCTCCGG‑ATCATTTTCCTTAGCTTCAACCTGACTCTCTTCATCGAATGTTTCCTGGTATGTTGCGTCGCCCATCACCGCACCACAGTCAGGGC‑AGTTAt < 1:244995/150‑1 (MQ=255) gCTGCCAGCATTCTCATTGTGCGGATGTTCAGCGCC‑TTCCATTTCCTCCGG‑ATCATTTTCCTTAGCTTCAACCTGACTCTCTTCATCGAATGTTTCCTGGTATGTTGCGTCGCCCATCACCGCACCACAGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGcc > 2:304699/1‑150 (MQ=255) aTTGTGCGGATGTTCAGCGCC‑TTCCATTTCCTCCGG‑ATCATTTTCCTTAGCTTCAACCTGACTCTCTTCATCGAATGTTTCCTGGTATGTTGCGTCGCCCATCACCGCACCACAGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGc > 2:253825/1‑150 (MQ=255) tgtgCGGATGTTCAGCGCC‑TTCCATTTCCTCCGG‑ATCATTTTCCTTAGCTTCAACCTGACTCTCTTCATCGAATGTTTCCTGGTATGTTGCGTCGCCCATCACCGCACCACAGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCAtt > 1:387183/1‑151 (MQ=255) ttCAGCCCCTTTCCTTTTCCCCCGA‑TTCTTTTTCTTAACCTCCACCCGCTCCCTCTCCATCAAATGTTCCCTGGTTTGTTCCGCCGCCCCCCCCCGCCCCAC‑GGCGGGGCAATTTACCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTa < 2:266022/150‑1 (MQ=255) ttCAGCCCC‑TTCCATTCCCCCCGG‑ATCTTTTTCCTTAGCTCCACCCTCCCTCTCTTCATCGAATGTTCCCTGGTATGTTGCGTCCCCCACCCCCGCCCCACAGTCGGGGC‑AGTTACCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTAt < 1:94228/150‑1 (MQ=255) ttCAGCCCC‑TCCCTTTCCCCCCGA‑ATCTTTTTCCTTAGCTCCACCCGGCCCCTCTTCATCGATTGTTTCCTGTTTTTTTGCGCCCCCCCCCCCCGCCCCACAGTCGGGGC‑ATTTCCCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTa < 1:39995/149‑1 (MQ=255) cgcC‑TTCCTTTCCCCCCGG‑ATTTTTTCCTTTGGCTCCACCCCGCCCCTCTTCATCGATTGTTCCCGGGTTTGTGGCGCCGCCCACCCCCCCACCACGGAGGGGGT‑TTTCACCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCg < 2:107360/150‑1 (MQ=255) tttCCTGCGA‑ATCTTTTCCCTGAGCTCCACCCGGTCTCCTTTCTTGGATTGTTTCCGGGTAGGTGGCGCCCCCCACCCCGGCCCAAGGGGGGGGGC‑ATTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCgg < 2:286685/142‑1 (MQ=255) ttCCCCCGGTATCTTTTTCCTTAGCTCCACCCTGCCTCTCTCCAGCAATTGTTTCCTGTTTTTTGGGCCCGCCCGCCCCCGCCCCACAG‑CGGGGCTTTTTACCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCg < 2:167343/141‑1 (MQ=255) tccGG‑ATCATTTTCCTTAGCTTCAACCTGACTCTCTTCATCGAATGTTTCCTGGTATGTTGCGTCGCCCATCACCGCACCACAGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCact > 1:190434/1‑150 (MQ=255) ttttCCTTTGCCTCCCCCTCCCTCTCTTCACCGATTTTTTCCTGTTTTGTCCCCCCCCCCACCCCCGCCCCACGGTCAGGGC‑TTTTCTCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCa < 2:520163/150‑1 (MQ=255) ttttCCTTAGCTCCACCCTGCCTCTCTTCATCGATTTTTTCCTGTTATGTTGCGCCCCCCACCCCCGCCCCACAGTCGGGGC‑ATTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCa < 1:429618/150‑1 (MQ=255) tAGCTTCAACCTGACTCTCTTCATCGAATGTTTCCTGGTATGTTTCGTCGCCCATCACCGCACCACAGTCTGGGC‑ATTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGTTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGAtt > 2:237098/1‑151 (MQ=255) tAGCTTCAACCTGACTCTCTTCATCGAATGTTTCCTGGTATGTTGCGTCGCCCATCACCGCACCACAGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGAtt > 1:85191/1‑151 (MQ=255) ctccaccctccctctctCCATCAATTGTTTCCTGGTATGTTGCGCCCCCCCCCCCCGCCCCACGGTCGGGGC‑ATTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCa < 2:476141/139‑1 (MQ=255) ttCAACCTGACTCTCTTCATCGAATGTTTCCTGGTATGTTGCGTCGCCCATCACCGCACCACAGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCat > 1:436522/1‑150 (MQ=255) ttCAACCTGACTCTCTTCATCGAATGTTTCCTGGTATGTTGCGTCGCCCATCACCGCACCACAGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCat > 2:350576/1‑150 (MQ=255) cTGACTCTCTTCATCGAATGTTTCCTGGTATGTTGCGTCGCCCATCACCGCACCACAGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTggg > 1:650920/1‑151 (MQ=255) tctctTCATCGAATGTTTCCTGGTATGTTGCGTCGCCCATCACCGCACCACAGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGt > 1:513747/1‑151 (MQ=255) atagAATGTTTCCTGGTTTGTTGCGCCCCCCACCCCCGCCCCACAGTCAGGGC‑ATTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGTTTTTTc < 1:549050/147‑1 (MQ=255) atttttccttgttttGTTGCGCCCCCCCCCCCCCCCCCACGGTGGGGGC‑ATTTACCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGtttttt < 1:3651/131‑1 (MQ=255) tCCTGGTATGTTGCGTCGCCCATCACCGCACCACAGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGTTTTTTCCGTTTctggct > 2:302370/1‑151 (MQ=255) tCCTGGTATGTTGCGTCGCCCATCACCGCACCACAGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGTTTTTT‑CGTTTctggct > 2:690204/1‑150 (MQ=255) ccTGGTATGTTGCGTCGCCCATCACCGCACCACAGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGTTTTTTCCGTTTctggctg > 2:188004/1‑151 (MQ=255) gTTGCGTCCCCCACCCCCCCCCCACGTTGGGGGC‑GTTTCCCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGTTTTTTCCGTTTCTGGCTGGTTCTg < 1:373641/149‑1 (MQ=255) cGTCGCCCATCACCGCACCACAGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGTTTTTTCCGTTTCTGGCTGGTTCTGGTacac > 1:407271/1‑151 (MQ=255) cGTCGCCCATCACCGCACCACAGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGTTTTTTCCGTTTCTGGCTGGTTCTGGTaca > 2:112689/1‑150 (MQ=255) cccccctcccccccccacGGTCGGGGC‑TTTTCCCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGTTTTTTCCGTTTCTGGCTGGTTCTGGTAcacaca < 2:468721/137‑1 (MQ=255) cccccaccccccccccacAGTCGGGGC‑ATTTACCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGTTTTTTCCGTTTCTGGCTGGTTCTGGTac < 1:625616/132‑1 (MQ=255) ccATCACCGCACCACAGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGTTTTTTCCGTTTCTGGCTGGTTCTGGTACACACAATc > 1:84374/1‑151 (MQ=255) aCCGCACCACAGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGTTTTTTCCGTTTctg > 1:274797/1‑124 (MQ=255) cGCACCACAGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGTTTTTTCCGTTTCTGGCTGGTTCTGGTACACACAATCGCGAGTc > 2:552823/1‑151 (MQ=255) caccacAGTGGGGGA‑ATTTACCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGTTTTTTCCGTTTCTGGCTGGTTCTGGTACACACAATCGCGAGTCt < 1:476012/150‑1 (MQ=255) caccacAGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGTTTTTTCCGTTTCTGGCTGGTTCTGGTACACACAATCGCGAGTCTg > 2:412220/1‑151 (MQ=255) ccacAGTCGGGGC‑ATTTACCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGTTTTTTCCGTTTCTGGCTGGTTCTGGTACACACAATCGCGAGTCTg < 1:67691/149‑1 (MQ=255) cacaGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGTTTTTTCCGTTTCTGGCTGGTTCTGGTACACACAATCGCGAGTCTGGAt > 1:529095/1‑151 (MQ=255) caGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGTTTTTTCCGTTTCTGGCTGGTTCTGGTACACACAATCGCGAGTCTGGATcc > 1:228823/1‑151 (MQ=255) cAGGGC‑ATTTCTCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGTTTTTTCCGTTTCTGGCTGGTTCTGGTACACACAATCGCGAGTCTGGATc < 1:176940/146‑1 (MQ=255) | GCGGATCGCTGCCAGCATTCTCATTGTGCGGATGTTCAGCGCC‑TTCCATTTCCTCCGG‑ATCATTTTCCTTAGCTTCAACCTGACTCTCTTCATCGAATGTTTCCTGGTATGTTGCGTCGCCCATCACCGCACCACAGTCAGGGC‑AGTTATCCCCGCCAGTCTGGCCGCAGGCATTGCAGGCTATTTCCGGTTCCTGTTGCACTACTGGCTCAGGTTGATTCATATCTGGGCTGGTTTTTTCCGTTTCTGGCTGGTTCTGGTACACACAATCGCGAGTCTGGATCC > NC_000913/1415661‑1415945 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |