| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,227,407 | 0 | C | A | 46.0% | 55.2 / 16.6 | 37 | Q1194K (CAA→AAA) | metH | homocysteine‑N5‑methyltetrahydrofolate transmethylase, B12‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/6); new base A (0/17); total (14/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.46e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAAAGCCACCATCTGGGAGCTGCTGGAAGTGGAAAAACACACTGGCATGAAACTCACAGAATCTTTCGCCATGTGGCCCGGTGCATCGGTTTCGGGTTGGTA‑CTTCAGCCACCCGG‑ACAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCACAAATTCAGCGCGATCAGGTTGAAGATTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTGGGGTATGACGCGGACTGATTCACAAATCTGTCACTTTTCCTTACAACAAACAGGGCGC > NC_000913/4227268‑4227551 | aaaaGCCACCATCTGGGAGCTGCTGGAAGTGGAAAAACACACTGGCATGAAACTCACAGAATCTTTCGCCATGTGGCCCGGTGCATCGGTTTCGGGTTGGTA‑CTTCAGCCACCCGG‑ACAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCACAAATTCAgcgc > 1:626061/1‑151 (MQ=255)aaaaGCCACCATCTGGGAGCTGCTGGAAGTGGAAAAACACACTGGCATGAAACTCACAGAATCTTTCGCCATGTGGCCCGGTGCATCGGTTTCGGGTTGGTA‑CTTCAGCCACCCGG‑ACAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCACAAATTCAgcgc < 1:239228/151‑1 (MQ=255) ccaccaTCTGGGAGCTGCTGGAAGTGGAAAAACACACTGGCATGAAACTCACAGAATCTTTCGCCATGTGGCCCGGTGCATCGGTTTCGGGTTGGTA‑CTTCAGCCACCCGG‑ACAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCACAAATTCAGCGCGATCa < 1:104173/151‑1 (MQ=255) accaTCTGGGAGCTGCTGGAAGTGGAAAAACACACTGGCATGAAACTCACAGAATCTTTCGCCATGTGGCCCGGTGCATCGGTTTCGGGTTGGTA‑CTTCAGCCACCCGG‑ACAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCACAAATTCAGCGCGATCAgg > 1:286340/1‑151 (MQ=255) accaTCTGGGAGCTGCTGGAAGTGGAAAAACACACTGGCATGAAACTCACAGAATCTTTCGCCATGTGGCCCGGTGCATCGGTTTCGGGTTGGTA‑CTTCAGCCACCCGG‑ACAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCACAAATTCAGCGCGATCAgg < 1:575831/151‑1 (MQ=255) tGGGAGCTGCTGGAAGTGGAAAAACACACTGGCATGAAACTCACAGAATCTTTCGCCATGTGGCCCGGTGCATCGGTTTCGGGTTGGTA‑CTTCAGCCACCCGG‑ACAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCACAAATTCAGCGCGATCAGGTTGa > 1:285641/1‑149 (MQ=255) gggAGCTGCTGGAAGTGGAAAAACACACTGGCATGAAACTCACAGAATCTTTCGCCATGTGGCCCGGTGCATCGGTTTCGGGTTGGTA‑CTTCAGCCACCCGG‑ACAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCACAAATTCAGCGCGATCAGGTTGa < 1:461187/148‑1 (MQ=255) gggAGCTGCTGGAAGTGGAAAAACACACTGGCATGAAACTCACAGAATCTTTCGCCATGTGGCCCGGTGCATCGGTTTCGGGTTGGTA‑CTTCAGCCACCCGG‑ACAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCACAAATTCAGCGCGATCAGGTTGAAg < 1:27350/150‑1 (MQ=255) ggagaggagggAAGGGGAAAAAAACACTGGCATGAAACTCACAGAATCTTTCGCCATGTGGCCCGGTGCATCGGTTTCGGGTTGGTA‑CTTCAGCCACCCGG‑ACAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCACAAATTCAGCGCGATCAGGTTGAAGAt < 2:405785/142‑1 (MQ=255) tgctgGAAGTGGAAAAACACACTGGCATGAAACTCACAGAATCTTTCGCCATGTGGCCCGGTGCATCGGTTTCGGGTTGGTA‑CTTCAGCCACCCGG‑ACAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCACAAATTCAGCGCGATCAGGTTGAAGATTATGc > 2:7444/1‑151 (MQ=255) tgctgGAAGTGGAAAAACACACTGGCATGAAACTCACAGAATCTTTCGCCATGTGGCCCGGTGCATCGGTTTCGGGTTGGTA‑CTTCAGCCACCCGG‑ACAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCACAAATTCAGCGCGATCAGGTTGAAGATTATGc > 2:107819/1‑151 (MQ=255) ggCATGAAACTCACAGAATCTTTCGCCATGTGGCCCGGTGCATCGGTTTCGGGTTGGTA‑CTTCAGCCACCCGG‑ACAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCACAAATTCAGCGCGATCAGGTTGAAGATTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGtt > 2:150694/1‑150 (MQ=255) aTGAACCCCAAAAAATCTTCCGCCATGTGGCCCGGTGCATCGGTTTGGGGTTGGTA‑CTTCACCCACCCGG‑ACAGA‑AAGTACTACGCTGTAGCAAAAATCCAGCGCGATCAGGTTGAAGATTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTAcc < 1:217136/150‑1 (MQ=255) tCACAGAATCTTTCGCCATGTGGCCCGGTGCATCGGTTTCGGGTTGGTA‑CTTCAGCCACCCGG‑ACAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCACAAATTCAGCGCGATCAGGTTGAAGATTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTg > 2:132386/1‑150 (MQ=255) cacaGAATCTTTCCCCTTGGGGCCCGGTGCGTCGTTTTGGGGTTGGTA‑CTTCACCCCCCCGG‑AAAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCAAAAATTCAGCGGGATCAGGTTGAAGATTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGtt < 2:233502/148‑1 (MQ=255) cTTTCGCCATGTGGCCCGGTGCATCGGTTTCGGGTTGGTA‑CTTCAGCCACCCGG‑ACAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCACAAATTCAGCGCGATCAGGTTGAAGATTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCgctggc > 1:382323/1‑150 (MQ=255) ttCGCCATGTGGCCGGGTGCATCGTTTTCGGTTTGGTA‑CTTCAGCCCCCCGG‑ACAGA‑AAGTACTACGCTGTAGCAAAAATTCAGCGCGATCGGTTTGAAGATTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCgctggctg < 1:230427/150‑1 (MQ=255) cccGGTGCATGGTTTTCGGGTGGGTC‑CTTCACCCCCCCGG‑ACAGA‑AAGTACTACGCTGTGGCAAAAATCCGGCGCGACCAGGTTGAAGATTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTg < 1:17857/150‑1 (MQ=255) cccGGTGCATCGGTTTCGGGTTGGTA‑CTTCAGCCACCCGG‑ACAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCACAAATTCAGCGCGATCAGGTTGAAGATTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTgg > 1:82137/1‑151 (MQ=255) cgggTGGATGGGTTGCGGGTTGGTC‑CTTC‑CCCCCCCGG‑GAAGCAAAGTACGACGCGGTACCAAAAATGCAGCGCGAACGGGTTGAAGATTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTggg < 2:260008/149‑1 (MQ=255) gtggCACCGGTTTCGGGTTGGTA‑CTCCACCCGCCGGG‑ACAGA‑AGGTCCTCCGCTGGGGCAAAAATGCAGCGCTATCGGGTTGATGGTTGTGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTGGGGt < 2:203544/148‑1 (MQ=255) tGCATCGGTTTCGGGTTGGTA‑CTTCAGCCACCCGG‑ACAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCACAAATTCAGCGCGATCAGGTTGAAGATTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTGGGGTAt > 1:571125/1‑151 (MQ=255) gCATCGGTTTCGGGTTGGTA‑CTTCAGCCACCCGG‑ACAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCACAAATTCAGCGCGATCAGGTTGAAGATTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTGGGGTATg > 1:391580/1‑151 (MQ=255) ggTTTGGGGTTGGTT‑CTCCCCCCCCCCGG‑ACAGC‑AAGTACTCCTCTGAAGAAAAAATTCGGCGCTATCGGTTTGAAAATTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTGGGGTATGAc < 2:439214/148‑1 (MQ=255) tCGGGTTTGTTCCTTCAGCCCCCGGG‑AAAAA‑AAGTCCTACGTGGAAGAAAAAATTCGGCGCGATGAGTTGGAAGGTTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTGGGGTATGACGCgg < 2:203013/149‑1 (MQ=255) gggTTGTTC‑CTTCAGCCCCCCGG‑ACAGC‑AAGTCCTCCGCTGTACCAAAAATTCAGCGCGATCAGGTTAAAGATTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTGGGGTATGACGCGGAc < 1:327061/148‑1 (MQ=255) tGGTA‑CTTCAGCCACCCGG‑ACAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCACAAATTCAGCGCGATCAGGTTGAAGATTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTGGGGTGTGACGCGGACTGATTc > 2:672500/1‑150 (MQ=255) tGGTA‑CTTCAGCCACCCGG‑ACAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCACAAATTCAGCGCGATCAGGTTGAAGATTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTGGGGTATGACGCGGACTGATTc > 1:460344/1‑150 (MQ=255) ccccccGG‑ACAAC‑AAGTACTACGTTGTAACAAAAATTCGGGGTGGTCGGGTGGAAGTTTAGGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTGGGGTATGACGCGGACTGATTCACAAATCTGt < 2:693600/146‑1 (MQ=255) cccccGGAACAGC‑AGGTCCTACGCTATAGCAAAAATTCACCGCGATCAGTTTAAAGATGATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTGGGGTATGACGCGGACTGATTCACAAATCTGt < 2:21743/147‑1 (MQ=255) ccccGG‑AAAGA‑AAGTGCTACGCTGAACCAAAAATGCAGCGGGATTGGGTTGAAGGGTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTGGGGTATGACGCGGACTGATTCACAAATCt < 2:286268/144‑1 (MQ=255) gg‑ACAGA‑AAGTCCTAGGCGGTAGCAAAATTCCAGCGCTATCGTGTTGAATGTTGTGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTGGGGTATGACGCGGACTGATTCACAAATCTGTCACTTTTc < 2:650033/151‑1 (MQ=255) ctccGCTGTAGCAAAATTCCAGCGGGATCAGTTGGAAGATTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTGGGGTATGACGCGGACTGATTCACAAATCTGTCACTTTTCCTTAcaacaa < 1:352319/146‑1 (MQ=255) ctacGCGGTACCAAAAATCCAGCCCGAGCAGTTTGAAAATTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTGGGGTATGACGCGGACTGATTCACAAATCTGTCACTTTTCCTTAcaacaa < 2:351883/149‑1 (MQ=255) tacGCTGTAGCAAAAATTCAGCGCGATCAGGTGGAAGATTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTGGGGTATGACGCGGACTGATTCACAAATCTGTCACTTTTCCTTACaacaaa < 1:558271/149‑1 (MQ=255) gTAGCACAAATTCAGCGCGATCAGGTTGAAGATTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTGGGGTATGACGCGGACTGATTCACAAATCTGTCACTTTTCCTTACAACAAACAGGgcgc > 1:116376/1‑151 (MQ=255) aGCAAAAATTCGGCGCGATCGGGTTAAAGTTTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTGGGGTATGACGCGGACTGATTCACAAATCTGTCACTTTTCCTTACAACAAACAGGgc < 2:110561/147‑1 (MQ=255) | AAAAGCCACCATCTGGGAGCTGCTGGAAGTGGAAAAACACACTGGCATGAAACTCACAGAATCTTTCGCCATGTGGCCCGGTGCATCGGTTTCGGGTTGGTA‑CTTCAGCCACCCGG‑ACAGC‑AAGTACTACGCTGTAGCACAAATTCAGCGCGATCAGGTTGAAGATTATGCCCGCCGTAAAGGTATGAGCGTTACCGAAGTTGAGCGCTGGCTGGCACCGAATCTGGGGTATGACGCGGACTGATTCACAAATCTGTCACTTTTCCTTACAACAAACAGGGCGC > NC_000913/4227268‑4227551 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |