Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,258,974 | 0 | T | G | 52.8% | 57.2 / 84.1 | 53 | G411G (GGT→GGG) | dinF | oxidative stress resistance protein; putative MATE family efflux pump; UV and mitomycin C inducible protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/20); new base G (28/0); total (33/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.63e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.49e-09 |
ACCCAGATTCAGCAGCTGGCTGACCGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTG > NC_000913/4258825‑4259120 | aCCCAGATTCAGCAGCTGGCTGACCGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCCGGtt > 1:366654/1‑151 (MQ=255) aCCCAGATTCAGCAGCTGGCTGACCGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGtt < 1:368125/151‑1 (MQ=255) cccAGATTCAGCAGCTGGCTGACCGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGtt < 1:74033/150‑1 (MQ=255) ccAGATTCAGCAGCTGGCTGACCGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGgttt > 1:133814/1‑151 (MQ=255) tCAGCAGCTGGCTGACCGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCt < 1:681161/150‑1 (MQ=255) cagcagCTGGCTGACCGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGGCCCCCCAGGGTTTTCGCTgg > 2:412379/1‑150 (MQ=255) agcagcTGGCTGACCGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGGCGCCGCAGGgttt > 2:560765/1‑143 (MQ=255) agcagcTGGCTGACCGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCCCCCCACGttt > 1:932937/1‑142 (MQ=255) ggctgACCGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTcc < 1:721168/149‑1 (MQ=255) gctgACCGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTa < 1:194182/151‑1 (MQ=255) aCCGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGc < 2:428157/150‑1 (MQ=255) atcttatctGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCCGGGTTTTCGCTGACGCCCCTTACGCTGCCggg > 1:733002/1‑149 (MQ=255) cttatctGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTTGCCGCCGCAGGGTTTGCGCTTACGCTCCTTACGCTGCCGTgg > 1:1065347/1‑150 (MQ=255) tatctGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTg < 1:454542/147‑1 (MQ=255) atctGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGGTTTTGGCTGACGCTCCCTACGCCGCCGGGGGTgg > 2:143872/1‑151 (MQ=255) ggCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCCGGGTTTGCGCTGACGCTCCTTTCGCTGCCGTGGCTggg > 1:319183/1‑148 (MQ=255) ggCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTggg < 1:960874/148‑1 (MQ=255) ggCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTa < 1:318301/150‑1 (MQ=255) gCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGGCGCAGGGTTTGCGCTGACGGTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGGaa > 2:458674/1‑150 (MQ=255) gTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATg < 2:329566/151‑1 (MQ=255) tttGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCttt < 2:926798/150‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCGGCAGGTTTTGTGCGCAAGGTCCTTACGCATGCGGGGCTGGGTGATCATGCttttt > 1:225916/1‑149 (MQ=255) tGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGGCGCCGGAGGGTTTGCCCTGGAGCGCCCTACGCCGCccgggccgggggacaaagatttgt > 2:543168/1‑136 (MQ=255) ccGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggc < 1:403458/151‑1 (MQ=255) cGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGACGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggct < 2:578096/151‑1 (MQ=255) tggtTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCCGGGTTTTCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGGAATCATGCTTTTtggctgg > 1:90955/1‑150 (MQ=255) ttGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGAGGCCGCCGCAGGGTTTTCGCTGACGCTCCCTTCGCTGCCGGGGCTGGGGAATCATGCTTTGTGGGTGGCCtt > 1:795706/1‑151 (MQ=255) ggCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCCCCGCAGGGTTTGCGCTGACGCCCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGGAATCATGCTTTTTGGCTGGCAGTa > 2:909196/1‑150 (MQ=255) cGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGGTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGGAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTTAcc > 1:320062/1‑151 (MQ=255) gTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCCGGGTTTTCGCCGACGCTCCTTACCCCGCCGTGGCTGGGGAATCAAGCTTTGTGGCTGGCATTaaac > 1:232406/1‑148 (MQ=255) gtTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCt < 1:793846/151‑1 (MQ=255) ttATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTca < 2:530622/150‑2 (MQ=255) tATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTg < 2:48069/150‑1 (MQ=255) ctgctgGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGGCGCCCCAGGGTTTTCGCTGAAGCTCCCTTCGCCGCCGTGGCTGGGGAATTATGCTTTGTGGGTGGCAATTACCCTCTTTCTTGCg > 2:716523/1‑150 (MQ=255) gctgGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTTCGCTGACGCTCCTTTCGCTGCCGTGGCTGGGGAATCATGCTTTGTGGCTGGCCTTAACCGTCTTTCTgggggt > 1:321892/1‑146 (MQ=255) gctgGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGc < 1:310412/147‑1 (MQ=255) ggACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTgcgc < 2:156659/151‑1 (MQ=255) gTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGGTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGGAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTTAACGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTtct > 1:144899/1‑151 (MQ=255) tttATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCCCAGGGTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGGGGCTGGGGAATCATGCTTTGTGGGCGGCATTTAACGTCCTTCTTGCGTTGCGCGGGCttttt > 1:1312/1‑148 (MQ=255) ttATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGGTTTTCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAAACGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCttttt > 1:984304/1‑147 (MQ=255) ttATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGGTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGGAATTATGCTTTTTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTTCGCGGGCTTTttct > 1:680483/1‑151 (MQ=255) aGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGGTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGGGGCTGGGGAATCATGCTTTGTGGCTGGGCTTTAACGTCTTTTTTGCGGTGCGCGGGGTTTTTCTgg > 1:463369/1‑149 (MQ=255) cAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGGTTTGCGCTGACGCCCCTTACGCCGCCCGGGCTGGGGAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAAACGTCTTTCTGGCGGTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTAt > 1:240936/1‑151 (MQ=255) aaCGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATc < 1:561028/151‑1 (MQ=255) cgcgTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTTGCCCCCGCCGGGTTTTCGCTCACGCTCCTTAACCTGGCGGGGGTGGGGAATCATTCTTTTTGGCTGGCAATTACCCTCTTTTTGGGGGTTCGCGGGGTTTTTCTtgcggggattt > 2:203766/1‑144 (MQ=255) cgcgTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTg < 2:507970/151‑1 (MQ=255) gTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGGCGCCGCAGGGTTTGCGCTGGCGCTCCTTACGCTGCCGTGGCGGGGGAATCATGCTTTGTGGGTGGGACTAACCGTCTTTTTTGCGGTGCGCGGGGGTTCTCTGGGGGCTATCTggcg > 2:561076/1‑151 (MQ=255) gTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCCGGTTTTGCGCTTGCGCTCCTTTCGCTGCCGCGGCTGGGTAATCATGCTTTTTGGGTGGCATTTACCCTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTTTCTTGCGGCTCTCTggcg > 1:141092/1‑151 (MQ=255) gTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGGTTTGCGCTGGCGCTCCTTAAGCTTCCGTGGGTGGGGAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAAACCCCTTTTTGGCGTTGCGCGGGCGTTCTCTCGGGGCTAt > 2:487317/1‑145 (MQ=255) cGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGGCGCCGCAGGGTTTTCGCTTACGCTCCTTACGCTGCCCTGGGTGGGGGATCCTGCTTTGTGGGTGGCATTAACCGTCTTTTTGGCGTTTCGCGGGCGTTCTCTTTCGGCGATCTGGGGGGGTCAc > 2:532337/1‑151 (MQ=255) cGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGGTTTTTGCTGACGCTCCCTACGCCGCCGTGGGTGGGGAATCATGCTTTGTGGGTGGCATTAACCCTCTTTTTTGCGGTGCGCGGGGTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGGCAc > 2:904085/1‑151 (MQ=255) gAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGGTTTGCGCTGACGCCCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGGAATCATGCTTTTTGGCTGGGATTTACCGTCTTTTTGGGGTTTCGCGGGGGTTTTCTGGGGGCTATCTGGCGGCGGCAc > 1:346471/1‑150 (MQ=255) aaTGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCCGGGTTTGCGCTGACGCTCCCTACGCTGCCGTGGGTGGGGAATCATGCTTTGTGGGTGGCATTAACCGGCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTTTCCGGCGGCTATCTTGCGGCGGCCCTgg > 1:446040/1‑151 (MQ=255) cGTAACAGTATGGCGGTGGCCCCCGCCGGGTTTGCGCCGACGCTCCCTACGCTGCCGTGGCTGGGGAATCATGCTTTGTGGCTTGCCTTAACCGTCTTTTTGGGGTTTCGCGGGCTTTTTCTGGGGGCTATCTGGGGGCGGCACTg > 2:667119/1‑146 (MQ=255) gTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCCGGGTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGGTGGGGTATCATGCTTTTTGGGCGGGCTTTACCCTCTTTTTTGGGTTTGGCGGGGTTTTTCTGGCGGCTGTCTTGCGGGGGCACCGgcg > 2:97123/1‑148 (MQ=255) gCGGTGGCCGCTGATGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGGTTTGTGGGTGGCATTAACGGTGTTTCTGGAGTTGCGCGGGCTGTCTCTGGTTGCTAGCTGGCGGCGTCACGGGCGCAATGGTACCt < 2:1058949/148‑1 (MQ=255) gccgcAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGTCGTGGCGAGGTAATCATGTTTTGCGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGATGCGCGGGCTTTCATTGGTGGCTATCTGGCGGCGGCACGGTCCCAATGGTACTTCGCTTGCCGc > 2:877770/1‑149 (MQ=255) ccgcAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAAc > 1:665186/1‑151 (MQ=255) cAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTg < 2:172761/151‑1 (MQ=255) | ACCCAGATTCAGCAGCTGGCTGACCGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTG > NC_000913/4258825‑4259120 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |