| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 869,107 | 0 | A | G | 43.9% | 55.0 / 10.9 | 41 | I530V (ATT→GTT) | gsiA | glutathione ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/20); new base G (18/0); total (21/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.52e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCATTGCCGACGAAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGTGGC‑GGTGATGT‑A‑T‑C‑T‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGGCGCG‑C‑GGTC‑TTCG‑AAAACCCGCAGCATCCTTATACGCGTAAATTACTGGCGGCAGTTCCGGTCGCTGAACCGTCCCGACAACGACCGCAG > NC_000913/868973‑869253 | tCATTGCCGACGAAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGGAGAGCGGGTTAGTCATCGTGTgg > 1:10946/1‑150 (MQ=255) ccGACGAAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGGAGAGGGGGTTAGTCATCGTGTGGC‑gggg > 1:277489/1‑147 (MQ=255) cgacgaAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGGAGAGCGGGTTAGGCATCGTGTGGC‑gggg > 1:1010975/1‑146 (MQ=255) gaAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGGGCGGGTTATTCATCTTGGGGC‑GGGGgtgt > 2:384614/1‑148 (MQ=255) gaAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGAGGGAGGGGGGGGTAGTTTTCGTGGGGC‑gggggtttt > 2:250867/1‑142 (MQ=255) gTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGTGGC‑GGTGATGT‑A‑T‑C‑T‑C‑GGGc < 2:799117/151‑1 (MQ=255) tCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGTGGC‑GGTGATGT‑A‑T‑C‑T‑C‑GGGCaa < 2:832585/150‑1 (MQ=255) ggCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGTGGC‑GGTGATGT‑A‑T‑C‑T‑C‑GGGCAAAtt < 2:36984/151‑1 (MQ=255) aTGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGGAGAGCGGGTTTGTCATCGTGTGGG‑GGGGGTGT‑T‑T‑T‑TCC‑GGGGAAATTTTTTaa > 1:1053015/1‑150 (MQ=255) tttCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGGGGTAGAGTGGGGTTGGCATCCTGTGGG‑GGGGGAGT‑A‑TGT‑T‑C‑GGGGAAATTTTTTGAAtt > 1:982797/1‑150 (MQ=255) cgcgGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGTGGC‑GGTGATGT‑A‑T‑C‑T‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGgc < 2:789895/151‑1 (MQ=255) gcgGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGTGGC‑GGTGATGT‑A‑T‑C‑T‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGgcg < 1:1195/151‑1 (MQ=255) cgGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGGGGGTTAGTCATCGTGTGGG‑GGGGGGGT‑A‑T‑G‑TCC‑GGGCAAAATTTGTAAATTGTCCCAccc > 1:362417/1‑147 (MQ=255) gggCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGTGGC‑GGTGATGT‑A‑T‑C‑T‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGgcgcg < 2:416767/151‑1 (MQ=255) ggCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGTGGC‑GGTGATGT‑A‑T‑C‑T‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGgcgcg‑c < 2:32248/151‑1 (MQ=255) tCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGGTTAGTCATCGTGTGGG‑GGGGGGGG‑A‑T‑T‑TCC‑GGGGAAATTTTTGAAATT‑GTGCCCCGCGCG‑C‑gg > 1:263637/1‑144 (MQ=255) ggtgCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGTGGC‑GGTGATGT‑A‑T‑C‑T‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGGAGCG‑C‑GGTC‑GTTG‑AAAAccc < 2:919428/148‑1 (MQ=255) ttgCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCCGGTTAGTCATCGTGTGGCGGGGGATGT‑T‑T‑T‑C‑C‑GGGGCAATTTTTTAAATTGGGCCCCGCGGCG‑C‑GGCC‑TCCG‑AAAAcc > 2:1019531/1‑149 (MQ=255) tgCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGGTGGGGGGGTTAGTAATCGTGTGGC‑GGGGGGGTGT‑T‑T‑T‑C‑GGGCAAATTTTTTAAATT‑GTGCCCCGCGCG‑C‑GGGG‑TTCG‑GAAAacc > 1:789053/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |