| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,376,505 | 0 | A | C | 44.6% | 96.7 / 13.8 | 56 | T158P (ACC→CCC) | ycjR | putative TIM alpha/beta barrel enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/5); new base C (0/25); total (26/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.73e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAAT‑GGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGG‑AACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTC > NC_000913/1376356‑1376640 | gCTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAAT‑GGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGG‑AACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAacac > 1:578932/1‑151 (MQ=255) ttACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAAT‑GGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGG‑AACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAaca < 2:877320/148‑1 (MQ=255) aCCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAAT‑GGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGG‑AACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTc < 2:52254/151‑1 (MQ=255) ccgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAAT‑GGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGG‑AACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCt < 1:757801/149‑1 (MQ=255) ccgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAAT‑GGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGG‑AACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCt < 2:373392/149‑1 (MQ=255) ccgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAAT‑GGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGG‑AACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTc < 2:617578/150‑1 (MQ=255) gccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAAT‑GGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGG‑AACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGcc < 1:290081/151‑1 (MQ=255) gccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAAT‑GGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGG‑AACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGcc > 2:222780/1‑151 (MQ=255) gATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAAT‑GGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGG‑AACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGAt > 1:25584/1‑151 (MQ=255) tGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAAT‑GGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGG‑AACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGc > 2:753430/1‑151 (MQ=255) tAGCCTGGACGGCGACCGCAAAAT‑GGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGG‑AACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACAtc > 2:136427/1‑151 (MQ=255) ccTGGACGGCCACCGCAAAAG‑GGTGGGTGATCCCCTGCGCGTACTGA‑ACCAGGTCGCCGCGCGTCCCGGAACCGTGGTGTATCTCGACCCTTTAAC‑CCGTTACCAGGATCATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACAtcgtc < 1:101325/151‑1 (MQ=255) ggccGGCGCCCAAAAAAT‑GGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGG‑AACAGGTCGCCGCGCGTCCCGGACCGGGGGTGTATCTCGAACCTTTAAC‑CCGCTATCAGAATAATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACAtcgtc < 2:632448/145‑1 (MQ=255) ggACGGCGACCGCAAAAT‑GGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGG‑AACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGa > 1:844391/1‑150 (MQ=255) cGGCGACCGCAAAAT‑GGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGG‑AACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAAc > 1:338955/1‑151 (MQ=255) ggCGACCGCAAAAG‑GGTGAGTGATCCCCTGCGCGTCCGGG‑AACGGGTCGCCGCGCGTACCGGACCCGTGGTTTATCTCGACCCGTTAAC‑CCGCTATCAGGATCATATGATCACCCCCCCCCCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAAc < 1:981266/150‑1 (MQ=255) ggCGACCGAAAAAG‑GGTGGGTGTTTCCCTGCGCGTACTGG‑AACAGTTCGCCGCGCGTACCGGACCCGTGGTTTATCCCGACCCTTAAAC‑CCGCTATCAGGATAATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGaaa < 2:920407/148‑1 (MQ=255) ccaaaaaTGGGTGAGTGTTCCCCTGCGCGTACGGG‑AACGGGGCCCCGCGCGCCCGGGCCCCGTGGTATCTCTCGACCCGTAAAC‑CCGCTATCAGGACAATAAGCAAAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGa < 1:238782/144‑1 (MQ=255) gCAAAAT‑GGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGG‑AACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTa > 1:997079/1‑150 (MQ=255) aaaT‑GGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGG‑AACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAAc > 2:420417/1‑150 (MQ=255) ggTGAGTGTTCCCCTGCGC‑TTCTGGAAACGGGTCGCGGCGCGCCCCGGACCGGTGTTTTATCCCGACCCTTTAAC‑CCGTTACCAGGACCAAATAAACAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATg < 1:620905/149‑1 (MQ=255) tggggtaTTCCCGCCGCTTATTGA‑AACACTTCGCGGCGCGTACCGAAACTGTGTTTACTCTCAACCTGTAAAC‑CCGTTACACGAAACTTATATTCATCCCCCTCGCTGATTCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTa < 1:770568/143‑1 (MQ=255) agtgaTTCCCTGCGCGTACTGG‑AACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTAc > 2:195952/1‑148 (MQ=255) cccTGCGCGTACGGG‑AACAGGTCGCCGCGCGTCCCGGAACCGTGGTGTATCCCGACCCGTCAAC‑CCGTTACCAGGATCATATGAACCACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATc < 1:265986/149‑1 (MQ=255) gcgTACGGG‑AACGGGTCGCCGCGCGTACCGGACCCGTGGTGTATCTCGACCCGTAAAC‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCg < 2:426722/147‑1 (MQ=255) gtatggaaaCGGGTGGCCGCGCTTACGGGAACCGGGGTGTATCTCGACCCGTTAAC‑CCGCTATAAGGATCATAAGAACAACCCCCTCGCCGTTGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGAttt < 1:996130/142‑1 (MQ=255) tGG‑AACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATc > 2:292202/1‑150 (MQ=255) gaaaCAGGTCGCCGCGCGTCCCGAACCGGTGTTTTATCTCGACCCGTTAAC‑CCGCTATCAGGATCATATGATCACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATcac < 2:206982/149‑1 (MQ=255) aaCGGGTCGCCGCGCTTCCCGGACCCGTGTTTTATCTCAAACCGTTAAC‑CCGCTATCGGGATCATATGATAAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATcaca < 2:902928/150‑1 (MQ=255) aaCAGGTCGCTGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACAt > 2:622030/1‑151 (MQ=255) cAGGTCGCCGCGCGTACCGGACCCGTGGTTTACCTCGACCCGTAAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGACCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGa < 2:6174/151‑1 (MQ=255) ggTCGCCGCGCGTACCGGACCCGTGGTGTATCTCGAACCGTAAAC‑CCGCTATCAGGATCATATAATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGa < 2:560568/149‑1 (MQ=255) cgccgcGCGTAGCGGAACCGTGTTGTATCTCGAACCGTTAAC‑CGGCTATAGGGATCATATAATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAata < 2:553733/149‑1 (MQ=255) gccgcGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCg > 2:919648/1‑151 (MQ=255) ccgcGCGTCCCGGACCCGTTGTGTATCTCAACCCGTAAAC‑CCGTTATAAGGATCATATGATCAACCCCCGCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCga < 1:332681/151‑1 (MQ=255) gcgcgTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCga > 2:690502/1‑149 (MQ=255) gcgcgTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCga > 2:562185/1‑149 (MQ=255) cgcgTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCga > 2:809209/1‑148 (MQ=255) cgcgTACCGAACCCGTGTTTTACCCCAACCCGTTAAC‑CCGTTATCAGAATCATATAACAAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaag < 1:32725/150‑1 (MQ=255) gcgTACCGGACCCGTGGTGTATCTCAACCCTTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGACCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaaga < 2:632803/150‑1 (MQ=255) gTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaaga > 2:907365/1‑148 (MQ=255) gaccccGTGGTGTTTCTC‑AACCCTTAAACCCGTTATAAGGATAATATGATCAACCCCCGCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAAc < 1:2748/146‑1 (MQ=255) aaCCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTg > 1:910029/1‑151 (MQ=255) cGTGTTGTATCCCGACCCGTAAAA‑CCGTTATCGGGATAATATAAAAACCCCCCGCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATaa < 1:724624/144‑1 (MQ=255) gttgtATCTCGACCCTTAAAC‑CCGCTATAAGAATAATATGACAACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGgcgc < 1:703505/147‑1 (MQ=255) tATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGgcgc > 1:694689/1‑151 (MQ=255) tATCCCGACCCGTAAAC‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCTCGCCGAGGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGgc < 2:201037/149‑1 (MQ=255) acccGTTAAC‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCt < 2:524283/143‑1 (MQ=255) aCCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGAc > 2:663155/1‑151 (MQ=255) gTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAAc > 1:722288/1‑151 (MQ=255) ttAAC‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAAc < 2:143847/150‑1 (MQ=255) ccGTTATCAGGATCATATAAACACCCCCCTCGCCGAGGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGa < 1:940540/150‑1 (MQ=255) gCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCt > 2:1066/1‑151 (MQ=255) cTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTg > 2:621563/1‑151 (MQ=255) cTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTg > 1:594792/1‑151 (MQ=255) aTCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCt > 2:618310/1‑151 (MQ=255) ggATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGt > 1:250896/1‑151 (MQ=255) gATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTc > 1:255332/1‑151 (MQ=255) | GCTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAAT‑GGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGG‑AACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTC > NC_000913/1376356‑1376640 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |