| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,903,715 | 0 | G | A | 37.5% | 66.8 / 23.0 | 48 | intergenic (+341/+1032) | ygcE/queE | putative kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase; queosine biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/26); new base A (18/0); total (22/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACGATTTAAGAATCATACAA > NC_000913/2903571‑2903858 | aTGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAACACTCATTATACT‑CAAAAAAAAAACaaa > 2:490080/1‑150 (MQ=255) gTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACtt < 2:3619/151‑1 (MQ=255) ttAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAAAAAATCCTTAGCCC‑CAAAAAAAAAACaaaaat > 2:585400/1‑144 (MQ=255) aGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGa < 1:454299/150‑1 (MQ=255) aaaaGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAGCTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCATCAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATttatt < 1:124767/151‑1 (MQ=255) aaaaGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATttatt < 2:573870/151‑1 (MQ=255) aaGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAAACACTCATTATCCT‑CAAAAAAAAAAAAAAAATCCCGATttatt > 2:326555/1‑149 (MQ=255) aCAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGCTCTTTTAAACCACTACTTATCCT‑CAAAACAAAAAAAAAACTCCaaggtttat > 1:142251/1‑138 (MQ=255) cGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAAAAACCCTTAACCT‑CAAAAAAAAAAAAAACCTCCCAAtttttttatttaacaa > 2:246581/1‑140 (MQ=255) gAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTGTTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATg < 2:685769/151‑1 (MQ=255) gAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAAACACTCATTAGCCT‑CCAAAAAAAAAAAAAAATCCAGATTTATTACTTAACCaa > 2:499791/1‑149 (MQ=255) aaTCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAAAAAACCATTAGACC‑CAAAAAAAAAACAAAATTTCAGATTTATTTTTTTACCaa > 2:548967/1‑148 (MQ=255) cGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAAt < 1:487432/150‑1 (MQ=255) aTCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAAACACACATTAAACT‑CCAAAAAAAAAAAAACTTCCAGAATTATTTATTTACCCAAGAAAAAAAAACtt > 2:567024/1‑151 (MQ=255) cAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAAAACCCATTTAACT‑CAAAAAAAAAAAAAACCTCCCAATTTTTTTCTTTACCAAAGaaaaaaaaacct > 2:240830/1‑145 (MQ=255) aCTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTATAAACACTCCTTAAACT‑CAAAACAAAGAAAAAATTTCAGATTTTTTAATTAAACAAAGAATAAAAAACCTAAAAAaaat > 1:27338/1‑150 (MQ=255) cTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTATAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGATAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAatat < 1:630777/149‑1 (MQ=255) aaGTATGAACTAGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGAGTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGtt < 1:483243/151‑1 (MQ=255) gTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTAt < 2:19186/151‑1 (MQ=255) aTGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTAtt < 2:625929/150‑1 (MQ=255) aTGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAAACACTCCTTAAACT‑CAAAAAAAAAACAAAATTCCAGATTTATTTCTTTAACAATGAAAAAAAAACATTAAAAAAATAATGTtttt > 2:546660/1‑150 (MQ=255) tGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAACAAAACATTATCCC‑CAAAAAAAAAAAAAAATTTAACAGTTATTATATTACCAATAAATAAAAAAATTAAAAAATAAAATGTtttt > 1:630128/1‑149 (MQ=255) gAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTTAAAAAAATCATTAGACT‑TAAAAAAAAAAAAAAACTTCACATTTATTTCTTAACACATAAAAAAAAAAACTAAAAAataaaatttttttt > 1:517661/1‑138 (MQ=255) aCTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTaaa < 1:532895/151‑1 (MQ=255) tatCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAAACACAAATTATCCT‑TCAAACAAAAACAAAAATACAAATTTTTTTCTTTAACAATTAAAAACAAACTTCAAAAAAATAATGTTTTTTTTAaaaaaa > 1:122934/1‑150 (MQ=255) atCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGaaaaa < 2:615511/150‑1 (MQ=255) atCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGCTATGTAAAAACAACCATTATTCTCCAAAAAAAAAAAAAATTTCCCAATTT‑TTAATTAAACAATAAAAAAACAACTTTAAAAAAATAATTTTTTTCTTAACaaaaa > 2:396275/1‑150 (MQ=255) tttATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAACACCCATTAACCT‑CAAAAAAAAAAAAAAATTTCCGATTTTTTTATTAAACAAAGAAAAAAAAACTTAAAAAAAATAATGTTTTTTTaaaaaaaaaa > 2:203509/1‑148 (MQ=255) tATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTGAAAAACACTCAATATCCC‑CAAAAAAAAAAAAAAAATCCAAATTTTTTATTTAAACAAAAAAAAAAAAAATTAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTAAAAAAAAAATa > 1:323635/1‑149 (MQ=255) tATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAAAGAATAACAAGCTTAAAAAATAAACTGTTATTCTAAAGAAAAAAtt < 1:116782/148‑1 (MQ=255) tCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAg < 2:104467/150‑1 (MQ=255) atgaGAACTATACATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACa < 2:681639/144‑1 (MQ=255) aaGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCAt < 2:513724/150‑1 (MQ=255) aGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTa < 2:132023/151‑1 (MQ=255) aCTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAATCCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTaa < 1:646542/149‑1 (MQ=255) ttCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACCCCTTTATCC‑CAAAAAAAAAAAAAAATTTCAAATTTATTACCTAAACAATTAAAAAAAAAAATAAAAAAACTACTTTTTATTTTAACAAAAAAATAAAAAGCAATaa > 1:471623/1‑145 (MQ=255) catcaACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACACATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACGTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAata < 1:400408/150‑1 (MQ=255) ataGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAaataa < 2:620311/150‑1 (MQ=255) agagGCGGTTATGTAAAACCACCCATTAGCCT‑CCAAAAAAAAACAAACATCCAGGTTTATTACTTAAACAACGAATAAAAAACCTAAAAAAAATAATTTTATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAATAATTAAATAATaaaaaaaaaa > 1:116700/1‑148 (MQ=255) aagCGGTTATGTAAAACTACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTACCACATTTATTTCTTAACCAATAAATAACAACTTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACATTCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAgg < 1:138358/148‑2 (MQ=255) gCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGAtt > 1:85104/1‑150 (MQ=255) gCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTa < 2:113478/151‑1 (MQ=255) cGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTaa < 2:137474/151‑1 (MQ=255) ggTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTaaa < 2:683223/151‑1 (MQ=255) cATTAGCCT‑CCAAACACAGACAAAATTCCAGATTTATTACTTAACCCATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAACATAATAGATTAAAATTTCTTAACGATTTa > 1:644630/1‑150 (MQ=255) t‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGAGTAAAATTTCTTAACGATTTAAg < 1:629351/144‑1 (MQ=255) aaaCAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACGATTTAAGAATCATACaa < 1:326358/151‑1 (MQ=255) aaaCAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACGATTTAAGAATCATACa > 1:78390/1‑150 (MQ=255) | ATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑CAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACGATTTAAGAATCATACAA > NC_000913/2903571‑2903858 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |