| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 303,121 | Δ1 bp | coding (131/615 nt) | yagU → | DUF1440 family inner membrane acid resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 303,119 | 0 | C | . | 98.8% | 402.5 / ‑0.8 | 84 | coding (129/615 nt) | yagU | DUF1440 family inner membrane acid resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base . (43/40); total (44/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
TACAAGCAGGGTAGATATGAATATATTTGAACAAACTCCACCGAACCGCAGACGTTATGGTCTTGCTGCATTCATTGGGCTGATTGCTGGCGTTGTTTCCGCATTCGTGA‑AGTGGGGGGCTGAAGTTCCATTGCCGCCACGTAGCCCGGTGGATATGTTTAATGCAGCGTGTGGCCCGGAATCATTAATCAGGGCTGCAGGCCAAATTGATTGCTCGCGTAATTTTCTCAATCCACCGTATATTTTTCTTCGAGACTGGTTGGGGCTGACAGATCCCAATGCGGCTGTTTA > NC_000913/302975‑303265 | tACAAGCAGGGTAGATATGAATATATTTGAACAAACTCCACCGAACCGCAGACGTTATGGTCTTGCTGCATTCATTGGGCTGATTGCTGGCGTTGTTTCCGCATTCGTGA‑AGTGGGGGGCTGAAGTTCCATTGCCGCCACGTAG‑CCGGTgg > 2:740672/1‑151 (MQ=255) aCAAGCAGGGTAGATATGAATATATTTGAACAAACTCCACCGAACCGCAGACGTTATGGTCTTGCTGCATTCATTGGGCTGATTGCTGGCGTTGTTTCCGCATTCGTGA‑AGTGGGGGGCTGAAGTTCCATTGCCGCCACGTAG‑CCGGTgg < 1:1349125/150‑1 (MQ=255) aCAAGCAGGGTAGATATGAATATATTTGAACAAACTCCACCGAACCGCAGACGTTATGGTCTTGCTGCATTCATTGGGCTGATTGCTGGCGTTGTTTCCGCATTCGTGA‑AGTGGGGGGCTGAAGTTCCATTGCCGCCACGTAG‑CCGGTgg < 2:1007160/150‑1 (MQ=255) 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aaCAAACTCCACCGAACCGCAGACGTTATGGTCTTGCTGCATTCATTGGGCTGATTGCTGGCGTTGTTTCCGCATTCGTGA‑AGTGGGGGGCTGAAGTTCCATTGCCGCCACGTAG‑CCGGTGGATATGTTTAATGCAGCGTGTGGCCCGGaa < 2:303903/151‑1 (MQ=255) aaCAAACTCCACCGAACCGCAGACGTTATGGTCTTGCTGCATTCATTGGGCTGATTGCTGGCGTTGTTTCCGCATTCGTGA‑AGTGGGGGGCTGAAGTTCCATTGCCGCCACGTAG‑CCGGTGGATATGTTTAATGCAGCGTGTGGCCCGGaa < 2:202537/151‑1 (MQ=255) aCAAACTCCACCGAACCGCAGACGTTATGGTCTTGCTGCATTCATTGGGCTGATTGCTGGCGTTGTTTCCGCATTCGTGA‑AGTGGGGGGCTGAAGTTCCATTGCCGCCACGTAG‑CCGGTGGATATGTTTAATGCAGCGTGTGGCCCGGAAt < 1:579068/151‑1 (MQ=255) cTCCACCGAACCGCAGACGTTATGGTCTTGCTGCATTCATTGGGCTGATTGCTGGCGTTGTTTCCGCATTCGTGA‑AGTGGGGGGCTGAAGTTCCATTGCCGCCACGTAG‑CCGGTGGATATGCTTAATGCAGCGTGTGGCCCGGAATCAtt > 2:73615/1‑150 (MQ=255) aCCGAACCGCAGACGTTATGGTCTTGCTGCATTCATTGGGCTGATTGCTGGCGTTGTTTCCGCATTCGTGA‑AGTGGGGGGCTGAAGTTCCATTGCCGCCACGTAG‑CCGGTGGATATGTTTAATGCAGCGTGTGGCCCGGAATCATTAATCa < 2:1302277/151‑1 (MQ=255) 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gAAGTTCCATTGCCGCCACGTAG‑CCGGTGGATATGTTTAATGCAGCGTGTGGCCCGGAATCATTAATCAGGGCTGCAGGCCAAATTGATTGCTCGCGTAATTTTCTCAATCCACCGTATATTTTTCTTCGAGACTGGTTGGGGCTGACa < 1:42283/149‑1 (MQ=255) aaGTTCCATTGCCGCCACGTAG‑CCGGTGGATATGTTTAATGCAGCGTGTGGCCCGGAATCATTAATCAGGGCTGCAGGCCAAATTGATTGCTCGCGTAATTTTCTCAATCCACCGTATATTTTTCTTCGAGACTGGTTGGGGCTGACAGAt < 2:873048/151‑1 (MQ=255) aaGATCCATTTCCGCCACGCAG‑CCGGTGGATATGTTTAATGCAACGTGTGGCCCGGAATCATTAATCACGGCTGTAGGCCAAACTGATTGCTCGCGTAATTTTCTCATTACACCGTATATTTTTCTTCGGGACTGGTCGGCGCTg > 1:821090/1‑145 (MQ=255) tCCATTGCCGCCACGTAG‑CCGGTGGATATGTTTAATGCAGCGTGTGGCCCGGAATCATTAATCAGGGCTGCAGGCCAAATTGATTGCTCGCGTAATTTTCTCAATCCACCGTATATTTTTCTTCGAGACTGGTTGGGGCTGACAGATccc > 1:1093582/1‑150 (MQ=255) tCCATTGCCGCCACGTAG‑CCGGTGGATATGTTTAATGCAGCGTGTGGCCCGGAATCATTAATCAGGGCTGCAGGCCAAATTGATTGCTCGCGTAATTTTCTCAATCCACCGTATATTTTTCTTCGAGACTGGTTGGGGCTGACAGATccc > 1:436788/1‑150 (MQ=255) cATTGCCGCCACGTAG‑CCGGTGGATATGTTTAATGCAGCGTGTGGCCCGGAATCATTAATCAGGGCTGCAGGCCAAATTGATTGCTCGCGTAATTTTCTCAATCCACCGTATATTTTTCTTCGAGACTGGTTGGGGCTGACAGATCCCAAt > 2:885506/1‑151 (MQ=255) tGCCGCCACGTAG‑CCGGTGGATATGTTTAATGCAGCGTGTGGCCCGGAATCATTAATCAGGGCTGCAGGCCAAATTGATTGCTCGCGTAATTTTCTCAATCCACCGTATATTTTTCTTCGAGACTGGTTGGGGCTGACAGATCCCAATGCg > 2:1075333/1‑151 (MQ=255) gccgccACGTAG‑CCGGTGGATATGTTTAATGCAGCGTGTGGCCCGGAATCATTAATCAGGGCTGCAGGCCAAATTGATTGCTCGCGTAATTTTCTCAATCCACCGTATATTTTTCTTCGAGACTGGTTGGGGCTGACAGATCCCAATGCgg < 1:740046/151‑1 (MQ=255) cACGTAG‑CCGGTGGATATGTTTAATGCAGCGTGTGGCCCGGAATCATTAATCAGGGCTGCAGGCCAAATTGATTGCTCGCGTAATTTTCTCAATCCACCGTATATTTTTCTTCGAGACTGGTTGGGGCTGACAGATCCCAATGCGGCTGtt > 2:583708/1‑151 (MQ=255) aCGTAG‑CCGGTGGATATGTTTAATGCAGCGTGTGGCCCGGAATCATTAATCAGGGCTGCAGGCCAAATTGATTGCTCGCGTAATTTTCTCAATCCACCGTATATTTTTCTTCGAGACTGGTTGGGGCTGACAGATCCCAATGCGGCTGttt < 1:988850/151‑1 (MQ=255) cGTAG‑CCGGTGGATATGTTTAATGCAGCGTGTGGCCCGGAATCATTAATCAGGGCTGCAGGCCAAATTGATTGCTCGCGTAATTTTCTCAATCCACCGTATATTTTTCTTCGAGACTGGTTGGGGCTGACAGATCCCAATGCGGCTGTTta < 1:1234621/151‑1 (MQ=255) | TACAAGCAGGGTAGATATGAATATATTTGAACAAACTCCACCGAACCGCAGACGTTATGGTCTTGCTGCATTCATTGGGCTGATTGCTGGCGTTGTTTCCGCATTCGTGA‑AGTGGGGGGCTGAAGTTCCATTGCCGCCACGTAGCCCGGTGGATATGTTTAATGCAGCGTGTGGCCCGGAATCATTAATCAGGGCTGCAGGCCAAATTGATTGCTCGCGTAATTTTCTCAATCCACCGTATATTTTTCTTCGAGACTGGTTGGGGCTGACAGATCCCAATGCGGCTGTTTA > NC_000913/302975‑303265 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |