| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,376,505 | 0 | A | C | 39.7% | 123.0 / 19.8 | 75 | T158P (ACC→CCC) | ycjR | putative TIM alpha/beta barrel enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/7); new base C (0/29); total (37/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTG > NC_000913/1376355‑1376652 | cGCTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGACGCGCGTACCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAaca < 2:523202/151‑1 (MQ=255) cTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACAcc > 2:1153295/1‑151 (MQ=255) ttACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAacac < 2:461229/149‑1 (MQ=255) aCCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACTCCCTc < 2:209301/151‑1 (MQ=255) gccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGcc < 1:722207/151‑1 (MQ=255) aTGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATg > 1:1305887/1‑151 (MQ=255) aTGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATg < 2:530264/151‑1 (MQ=255) ccTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAG‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGccc < 1:11010/150‑1 (MQ=255) ccgcGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGGGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCCCCGATGCCCGCCGtt > 1:1386100/1‑151 (MQ=255) gcgTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTAc > 2:959154/1‑151 (MQ=255) ggCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACg > 1:108364/1‑151 (MQ=255) aCCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCt > 2:1389325/1‑151 (MQ=255) aCCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCt > 1:1079784/1‑151 (MQ=255) aCCGAAAAAGGGTGAGTGTTTCCCTGCGCTTATTGAAACAGGTCGCCGCGTGTCGCGGAACGGTGG‑TGTATCTCGAACGGTTAAC‑CCGCTATCAGGTTCATTTGATCAACACCCTCCCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGAt < 2:43664/149‑1 (MQ=255) ccGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTCCCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCTTTAAC‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCt < 2:238607/150‑1 (MQ=255) ccGAAAAGTGGTGAGTGATCCCCTGCGCGTCCTGGAACGGGCCGCCGCGCGTACCGGAACGGGGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAC‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCtt < 2:1244359/151‑1 (MQ=255) aaatgggTGAGTGATTCCCGGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTCCCGGACCCGTGG‑TGTATCCCGACCCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAAc < 2:36123/146‑1 (MQ=255) aaaTGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAAc > 1:979741/1‑150 (MQ=255) 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tccccTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTCCCGGACCCGTGG‑TTTATCTCGAACCTTTAAC‑CCGCTATAAGGATAATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTAt < 2:585051/148‑1 (MQ=255) cccTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCgg > 1:405462/1‑151 (MQ=255) cccGGCGCTTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTCCCGGAACCGTGG‑TTTATCTCGAACCGTTAAC‑CCGCTATCAGGATCATATGATAAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCg < 2:90393/150‑1 (MQ=255) gcgcGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTCCCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGACCCGTTAAC‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGAt < 2:1307909/151‑1 (MQ=255) gcgcGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGAt > 2:1075914/1‑151 (MQ=255) gcgTACTGGAACAGGCCGCCGCGCGTACCGGACCCGGGG‑TGTATCCCGACCCGTTAAC‑CCGCTATCAGGATCATATGATCACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGAttt < 2:324287/151‑1 (MQ=255) cTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATc > 2:748609/1‑151 (MQ=255) ggAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGACCCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATca < 2:298612/150‑1 (MQ=255) cAGGCCGCCGCGGACCCCGGACCCGGGG‑TGTACCCCG‑ACCGTTAAACCCTCTAAAAGGATAATAGAACCACCCCCCTGGCCGTTGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATca < 1:196715/146‑1 (MQ=255) acgTCGCCCCGCGTCCGGGAGCTGTGT‑TTTACCTCAAACTTTTAAC‑CCGCTATAGGGATAATAGAAACACCCCCCTCCAAGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATg < 1:222082/147‑1 (MQ=255) ggTCGCCGCGCGTCCGGGACCCGTGG‑TGTATCTCGACCTGTTAAA‑CCGCTATCAGGATATTATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAat < 2:1107060/151‑1 (MQ=255) gTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAat > 1:935910/1‑150 (MQ=255) ccgcGCGTACCGGAACGGTGG‑TGTATCTCGACCCTTTAAC‑CCGCTATCAGAATCATATGACCACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAata < 2:526528/147‑1 (MQ=255) cgcgcgTACCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCga > 1:686828/1‑150 (MQ=255) gcgctTCCCGGACCCGTGG‑TTTATCT‑AAACCCTTAAACCCCCTATCAGGATAATTTAACCACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCg < 2:950340/148‑1 (MQ=255) 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ccGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATa > 2:13631/1‑150 (MQ=255) cGGAACCCTTGTTGTATCTCGAA‑CGTTAAACCCGTAACCAGGATAAGATGAAAAACCCCCCCGCCGAGGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGAt < 1:765945/149‑1 (MQ=255) ggaccggtgg‑tgTATCTCCACCCGTTAAC‑CCCCTACCAGATTCATATAATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGAt < 2:1223651/141‑1 (MQ=255) ggAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAAcc > 1:914233/1‑151 (MQ=255) ggAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAAcc > 1:1388347/1‑151 (MQ=255) 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ggATAATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTc < 2:1306749/148‑1 (MQ=255) gATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTc > 2:396813/1‑151 (MQ=255) tCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAt > 1:988781/1‑151 (MQ=255) cATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAtg > 1:643685/1‑151 (MQ=255) atatGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAtgt > 1:923300/1‑151 (MQ=255) 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CGCTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGG‑TGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTG > NC_000913/1376355‑1376652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |