| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,481,804 | 0 | G | A | 37.0% | 146.1 / 34.1 | 92 | P125S (CCA→TCA) | emrY | putative multidrug efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/12); new base A (0/34); total (46/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAG‑CAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGAC‑AGTGGAATT‑AACGGCC‑CCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACC > NC_000913/2481656‑2481953 | atCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAG‑CAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGAC‑AGTGGa < 2:1006000/150‑1 (MQ=255) aGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAG‑CAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGAC‑AGTGGAATT‑AACGGcc‑c > 2:318659/1‑151 (MQ=255) tAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAG‑CAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGAC‑AGTGGAATT‑AACGGCC‑CCGc > 2:696131/1‑151 (MQ=255) aaaGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAG‑CAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGAC‑AGTGGAATT‑AACGGCC‑CCg < 1:1220033/149‑1 (MQ=255) ttATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAG‑CAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGAC‑AGTGGAATT‑AACGGCC‑CCGCCAtt > 2:855196/1‑150 (MQ=255) cacaAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAG‑CAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGAC‑AGTGGAATT‑AACGGCC‑CCGCCATTAAc > 2:870310/1‑149 (MQ=255) caAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAG‑CAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGAC‑AGTGGAATT‑AACGGCC‑CCGCCATTAACCCCt > 2:760071/1‑151 (MQ=255) aaTATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAG‑CAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGAC‑AGTGGAATT‑AACGGCC‑CCGCCATTAATCCCTg > 2:342374/1‑150 (MQ=255) tataACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAG‑CAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGAC‑AGTGGAATT‑AACGGCC‑CCGCCATTAACCCCTGAAc > 2:1063020/1‑151 (MQ=255) ataACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAG‑CAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGAC‑AGTGGAATT‑AACGGCC‑CCGCCATTAACCCCTGAACg > 2:100062/1‑151 (MQ=255) taACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAG‑CAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGAC‑AGTGGAATT‑AACGGCC‑CCGCCATTAACCCCTGAACg > 1:784020/1‑150 (MQ=255) aaCCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAG‑CAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGAC‑AGTGGAATT‑AACGGCC‑CCGCCATTAACCCCTGAACGAc > 2:763659/1‑151 (MQ=255) cccccccAATACCGGCCCACATATCGGAGCAATATCCACGGTCATTGACCATAATGCCGGTG‑AAAATTTTTTTTTTTCTGGCGGATATTCCTTTAATAATAACCTCTGTAAA‑AGTGGAATT‑ACCGCCC‑CCGCCATTAACCCCTGAACGAct < 2:200793/147‑1 (MQ=255) ccGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAG‑CAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGAC‑AGTGGAATT‑AACGGCC‑CCGCCATTAACCCCTGAACGActc > 2:1129983/1‑151 (MQ=255) cccccaatcggggCCCACATCTCGGAGAGATAACCCGGCTCTTTGCCAAAAACGCCGAAA‑AAAATTTTCTTTTTTGGGGCGGTTAATTCCTTAATAAGAACCGCTGAAAC‑AGT‑GTATT‑ACCCGCCACCGCCATTAACCCCTGAACGActc < 2:737139/139‑1 (MQ=255) ccccAATACCGCCCCACATATCGGAGCGATAACCCCGGTAATTGCCCATAATCCAAGAG‑AAAATTTTTTTTTTTCGGGCGGATATTTCTTTAAAAATAAACTCTGTGAC‑GGTGAAATT‑AACGGCC‑CCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTa < 2:1385363/150‑1 (MQ=255) cccAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAG‑CAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGAC‑AGTGGAATT‑AACGGCC‑CCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTa > 2:784562/1‑150 (MQ=255) ccAATATCGGCCCACATATGGGAGCGATAATCGCGGTCATTGACAATAATGCAAGAG‑AAAATGTTTTTTTTTCTGGCGGATAATCCATAAAAAAAAACCTCTGGGAC‑GGTGAAATT‑ACCGCCC‑CCGCCATTAACCCCTGAACGActct < 1:128663/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |